Thay thế Thông tư số 55/2007/TT-BTC ngày 29/5/2007 của Bộ Tài chính và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/8/2016, Thông tư 96 hướng dẫn chi tiết để thực hiện các quy định tại Quyết định 06/2016/QĐ-TTg ngày 22/02/2016 của Thủ tướng Chính phủ về việc miễn thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam.
Theo bà Nguyễn Thị Hạnh, Vụ trưởng Vụ Quản lý thuế TNCN, Tổng cục Thuế, Thông tư 96 chỉ hướng dẫn về hồ sơ, thủ tục miễn thuế TNCN đối với Chuyên gia nước ngoài trực tiếp thực hiện các hoạt động của chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam. Các nội dung về chính sách miễn thuế TNCN cho các đối tượng nêu trên thực hiện theo quy định tại Quyết định 06/2016/QĐ-TTg ngày 22/2/2016 của Thủ tướng Chính phủ gồm: phạm vi, đối tượng được miễn thuế; điều kiện miễn thuế; thu nhập miễn thuế.
Về hồ sơ, thủ tục miễn thuế, nếu như trước đây, không hướng dẫn cụ thể các tài liệu liên quan đến thu nhập được miễn thuế của chuyên gia nước ngoài, cũng như không hướng dẫn thời hạn nộp hồ sơ miễn thuế và chuyên gia nước ngoài có trách nhiệm gửi hồ sơ miễn thuế đến cơ quan thuế (CQT), Thông tư 96 đã quy định cụ thể về vấn đề này. Cụ thể:
Về hồ sơ miễn thuế bao gồm: Xác nhận Chuyên gia nước ngoài và đề nghị miễn thế TNCN của Cơ quan chủ quản (đối với trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Cơ quan chủ quản) hoặc của Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài (đối với trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc ký hợp đồng với Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài) đối với thu nhập từ việc trực tiếp thực hiện chương trình, dự án phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam của Chuyên gia nước ngoài (theo mẫu 01/XNCG-ĐNMT ban hành kèm theo Thông tư này); Các tài liệu liên quan: Bản sao Quyết định phê duyệt chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài tại Việt Nam; Bản sao Văn kiện chương trình, dự án được cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam phê duyệt; Bản sao hợp đồng ký giữa Chuyên gia nước ngoài với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc với Cơ quan chủ quản hoặc với Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài.
Về thời hạn nộp hồ sơ miễn thuế: Chậm nhất là ngày thứ 30 kể từ ngày Hợp đồng Chuyên gia nước ngoài có hiệu lực, Cơ quan chủ quản hoặc Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài gửi hồ sơ miễn thuế đến CQT.
Về địa điểm nộp hồ sơ miễn thuế: Quy định trước đây là Cục Thuế tỉnh hoặc TP nơi Ban Quản lý dự án hoặc Chủ dự án đặt trụ sở, theo hướng dẫn mới, địa điểm nộp thuế tùy từng trường hợp phát sinh. Trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Cơ quan chủ quản: nơi nộp hồ sơ miễn thuế là Cục Thuế tỉnh, TP trực thuộc Trung ương nơi Cơ quan chủ quản đặt trụ sở; Trường hợp Chuyên gia nước ngoài ký hợp đồng với Tổ chức phi Chính phủ nước ngoài hoặc ký hợp đồng với Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài, nơi nộp hồ sơ miễn thuế là Cục Thuế tỉnh, TP trực thuộc TW nơi Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài đặt trụ sở.
Về thủ tục miễn thuế: Trước đây không hướng dẫn về thời hạn CQT ban hành Xác nhận miễn thuế và không hướng dẫn về việc CQT ban hành thông báo về việc không đủ điều kiện được miễn thuế, theo hướng dẫn mới, trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo hướng dẫn tại Thông tư này, CQT ban hành Xác nhận miễn thuế TNCN đối với thu nhập từ việc thực hiện chương trình, dự án viện trợ phi Chính phủ nước ngoài (theo mẫu 02/XNMT ban hành kèm theo Thông tư này) hoặc thông báo về việc không đủ điều kiện được miễn thuế (theo mẫu 03/TB-KMT ban hành kèm theo Thông tư này).
Thông tư 96 cũng lưu ý, trường hợp có thay đổi Chuyên gia nước ngoài so với xác nhận Chuyên gia nước ngoài và đề nghị miễn thuế TNCN đã gửi CQT thì Cơ quan chủ quản hoặc Chủ khoản viện trợ phi Chính phủ nước ngoài gửi hồ sơ miễn thuế như đối với Chuyên gia nước ngoài lần đầu thực hiện miễn thuế.
Theo đại diện Tổng cục Thuế, việc ban hành Thông tư 96 đáp ứng yêu cầu hoàn thiện thể chế, pháp luật nhằm khuyến khích thu hút nguồn vốn phi Chính phủ nước ngoài, đồng thời đảm bảo quản lý chặt chẽ việc nhận tài trợ, viện trợ phi Chính phủ nước ngoài của các tổ chức, cá nhân trong nước.
