Theo các tài liệu, khi Hitler chính thức lên nắm quyền, một hợp đồng chính thức giữa chính quyền Đức Quốc xã và IG Farben được ký kết để mở rộng nhà máy sản xuất của IG Farben cũng như việc sản xuất xăng IG Farben. Auschwitz khi đó được xác định không chỉ là một trại tập trung mà còn là một môi trường thí nghiệm y khoa lý tưởng cho công ty IG Auschwitz trực thuộc IG Farben. Auschwitz khi đó trở thành khu phức hợp lớn nhất trên thế giới sản xuất xăng và cao su, cũng là nơi IG Farben thử nghiệm sản phẩm của mình. 

Các tù nhân được coi là ứng viên phù hợp sẽ được điều đến nhà máy IG Auschwitz. Ở đó, tù nhân đã trở thành đối tượng trong các thí nghiệm những loại vaccine mới đang được phát triển trên con người. Những người có thể nói là không may mắn còn lại đã bị đưa đến những buồng khí được giữ bí mật cho một phát minh khác của IG Farben - đó là khí gas tổng hợp gọi là Zyklon-B. Nhà máy IG Auschwitz không phải là nơi duy nhất tiến hành những cuộc thử nghiệm trên người đối với tù nhân bởi tập đoàn này cũng có trại tập trung của riêng mình. 

Tại đó, họ tiến hành thử nghiệm vaccine và hóa chất trên cơ thể cả người ốm và người khỏe mạnh. Các loại thuốc cũng bao gồm đủ dạng, từ thuốc tiêm, thuốc viên, thuốc bơm thụt vào ruột cho đến thuốc bột. Chính những thử nghiệm vô nhân đạo đó đã khiến nhiều người bị bệnh nặng hoặc tử vong. Một số ghi chép cho hay, IG Farben đã bỏ tiền để “mua” số lượng lớn các tù nhân từ trại tập trung Auschwitz của Đức Quốc xã để phục vụ cho những thử nghiệm của chúng.

Những bức thư viết tay trao đổi qua lại giữa những người quản lý các trại tập trung của Đức Quốc xã và IG Farben được tìm thấy sau này cho thấy có thỏa thuận mua 150 tù nhân nữ để sử dụng để thử nghiệm một loại thuốc ngủ mới do hãng trên sản xuất. Những tù nhân nữ này được mua với giá 170 RM (Reichsmark) mỗi người.

Những tù nhân trong trại Auschwitz trở thành con mồi để Bayer thử nghiệm thuốc

Hồ sơ mật của IG Farben xác định những nữ tù nhân này là những người đáp ứng điều kiện thí nghiệm dù khi đó họ đã gầy còm, hốc hác do bị tra tấn và ngược đãi. Các thư tay tiếp theo cho thấy tất cả các tù nhân đã chết và IG Farben cần phải mua một số lượng tù nhân khác để phục vụ cho thí nghiệm của họ. 

Theo lời một người từng sống trong trại tập trung Auschwitz, tại khu vực này có một khu bệnh lớn dùng để “điều trị” cho tất cả các bệnh nhân lao. IG Farben đã gửi các loại thuốc không bao bì hay nhãn mác đến khu bệnh này. Điều đáng nói ở đây là tát cả các bệnh nhân đều đã tử vong sau khi được tiêm những thứ thuốc đó.

Các chi nhánh khác liên quan đến dược phẩm của IG Farben cũng tiến hành các thí nghiệm, bao gồm cả sốt phát ban và tất cả đều không thành công. Theo một số nhận định, các thử nghiệm đó đã trở nên vô hiệu và gây thiệt hại lớn về tính mạng con người do các đối tượng được thử nghiệm đều trong tình trạng sức khỏe quá kém và điều kiện các phòng thí nghiệm không lý tưởng.

Sau khi chiến tranh kết thúc, các phiên tòa Nuremberg đã kết án 24 thành viên hội đồng quản trị và các giám đốc điều hành của IG Farben về tội giết người hàng loạt và chiếm hữu nô lệ cùng nhiều tội danh khác. Tuy nhiên, tất cả những người này sau đó đều phải nhận những án tù mà đều sớm được thả ra để tiếp tục công việc trong ngành dược phẩm Đức. 

Về phần Bayer, Sau Chiến tranh thế giới II, quân Đồng minh đã giải thể IG Farben, chia thành 12 công ty mới. Bayer tái xuất hiện vào năm 1951 với tên gọi Farbenfabriken Bayer AG. Công ty này vẫn nằm dưới sự kiểm soát của quân Đồng minh từ những năm 1950 đến 1970. Công ty này cũng có thiện chí với chính phủ Đức để thành lập một quỹ giúp đỡ những tù nhân đã phải chịu đựng những tổn thương do các hành động mà Đức Quốc xã gây ra, trong đó họ đóng góp cho quỹ hơn 50 triệu USD.