Theo đó, Đoàn giám sát đánh giá việc thực hiện các dự án BOT giao thông đường bộ trong những năm qua đã tạo sự chuyển biến rõ rệt đối với diện mạo hệ thống giao thông Việt Nam. Cụ thể như đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai, cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây, ước tính giảm 50% thời gian đi lại...
Trong các dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT đã đi vào khai thác, nhiều nhà đầu tư hài lòng với lợi nhuận đạt được từ dự án. Có dự án cả doanh thu và lợi nhuận đều vượt trội cao so với dự kiến do tốc độ phương tiện tham gia giao thông tăng cao. Cụ thể như, dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1 đoạn Hà Nội - Bắc Giang, dự án đầu tư nâng cấp tuyến đường Pháp Vân – Cầu Giẽ...
Trong bối cảnh nguồn lực ngân sách nhà nước hạn chế và nguồn ODA thu hẹp dần, việc huy động thông qua hình thức hợp đồng BOT được cho là "hướng đi đúng đắn".
Tuy nhiên, Đoàn giám sát cũng chỉ ra hàng loạt hạn chế, bất cập của mô hình dự án BOT.
Nhiều dự án hạn chế sự lựa chọn của người dân: Trong hơn 100 dự án BOT chỉ có hai dự án hàng không và hai dự án đường thủy nội địa, chưa có dự án đường sắt.
Hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông tuy được cải thiện song vận tải Bắc - Nam hiện nay vẫn chủ yếu bằng đường bộ, các phương thức vận tải hiệu quả cao hơn (đường sắt, đường thủy...), chưa được quan tâm một cách đúng mức; chưa thu hút được nhà đầu tư nước ngoài.
Hiện nhiều dự án giao thông đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT là dự án cải tạo, nâng cấp được lập trên các tuyến đường huyết mạch, độc đạo (các tuyến quốc lộ và đường Hồ Chí Minh), hạn chế sự lựa chọn của người dân.
Việc lập, thẩm định, phê duyệt dự án còn bất cập: Việc lập một số dự án chưa được nghiên cứu kỹ nên phải bổ sung thay đổi ảnh hưởng đến thời gian hoàn thành, ví dụ như dự án Quốc lộ 1 đoạn qua thị trấn Cai Lậy, tỉnh Tiền Giang…
Theo quy định, tổng mức đầu tư trong hợp đồng BOT trừ chi phí xây dựng bao gồm: chi phí dự phòng, lãi vay, lợi nhuận định mức của nhà đầu tư, chi phí quản lý dự án, chi phí giải phóng mặt bằng. Những yếu tố này chiếm tỷ lệ lên đến 20 - 30% tổng mức đầu tư dẫn đến tăng thời gian và phí (giá) sử dụng dịch vụ, gây bức xúc trong dư luận.
Năng lực nhà đầu tư hạn chế: Thực tế hầu hết các dự án BOT đều được chỉ định thầu. Tuy nhiên, một số dự án sau khi được chấp thuận chủ trương chỉ định thầu phải mất một thời gian dài mới lựa chọn được nhà đầu tư, không đáp ứng yêu cầu cấp bách của dự án. Đơn cử, dự án đầu tư xây dựng cầu Cổ Chiên – Quốc lộ 60, Bộ Giao thông đề nghị Thủ tướng chỉ định nhà đầu tư BOT khi chưa có báo cáo thẩm định của Bộ Kế hoạch theo quy định, thực tế sau khi được Thủ tướng đồng ý chỉ định nhà đầu tư thì ba năm sau Bộ Giao thông mới chính thức lựa chọn nhà đầu tư…
Các nhà đầu tư còn thiếu kinh nghiệm, năng lực chưa cao dẫn đến một số dự án phải bổ sung, điều chỉnh và chất lượng công trình không bảo đảm. Có công trình vừa mới đưa vào khai thác đã gặp những vấn đề về chất lượng như lún, nứt…phải sửa chữa, ảnh hưởng đến hiệu quả khai thác.
Tiềm ẩn rủi ro cho ngân hàng: Với đặc thù của các dự án giao thông đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT thường có vòng đời dự án dài tới 15 đến 20 năm, trong khi vốn ngân hàng chủ yếu là vốn ngắn hạn. Sự chênh lệch kỳ hạn này nếu công tác quản trị rủi ro của ngân hàng không tốt hoặc dự án không thu hồi vốn được theo kế hoạch thì rủi ro cho ngân hàng là rất lớn.
Hơn nữa, việc cấp tín dụng cho các dự án BOT cũng tiềm ẩn rủi ro khi các dự án bị chậm tiến độ. Tính đến nay có 17 dự án bị chậm tiến độ với tổng số tiền cam kết cấp tín dụng là hơn 18.260 tỷ đồng, dư nợ đến 31/12/2016 là 8.603 tỷ đồng.
Việc thu phí (giá) sử dụng dịch vụ còn nhiều bất cập: Theo quy định, trạm thu phí phải phù hợp với quy hoạch đường gắn với dự án và khoảng cách giữa các trạm bảo đảm tối thiểu 70 km, trường hợp nhỏ hơn 70 km Bộ Giao thông phải thống nhất ý kiến với UBND cấp tỉnh và Bộ Tài chính.
Tuy nhiên trên thực tế xảy ra tình trạng trạm thu phí đặt ngoài phạm vi dự án. Cụ thể, BOT tuyến tránh thành phố Vĩnh Yên lại đặt trạm Bắc Thăng Long – Nội Bài; trạm thu phí tuyến tránh Thanh Hóa đặt tại Bỉm Sơn; trạm thu phí tuyến tránh Hà Tĩnh đặt tài Cầu Rác.
Cấp có thẩm quyền cho phép nhà đầu tư thu phí cả tuyến đường ngoài BOT chạy song song với tuyến đường được đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT, để bảo đảm phương án tài chính của dự án, như: Dự án đường cao tốc Hà Nội – Hải Phòng và đường Quốc lộ 5 cũ...
Ngoài ra, khoảng cách giữa nhiều trạm thu phí là dưới 70 km, ví dụ từ trạm thu phí hầm Đèo Ngang đến trạm thu phí BOT gần nhất chỉ khoảng 15 km...
Các địa phương trong quá trình góp ý về vị trí trạm thu phí chưa tham vấn, lấy ý kiến người dân gần trạm, tổ chức xã hội nghề nghiệp, các đối tượng thường xuyên sử dụng đường, khiến cho người dân bức xúc, phản đối kéo dài trong thời gian qua (dự án cầu Hạc Trì; dự án Quốc lộ 6 Hòa Lạc – Hòa Bình…). Sau khi người dân bức xúc, khiếu kiện mới giải quyết bằng cách miễn, giảm phí (giá) sử dụng dịch vụ.
Việc kiểm soát doanh thu đối với các dự án chỉ bao gồm: Báo cáo doanh thu hàng tháng, hàng quý, sáu tháng và hàng năm; thanh tra, kiểm tra đột xuất, định kỳ hàng năm... Trong thực tế, kể cả trong trường hợp báo cáo đầy đủ thì đó cũng chỉ là con số của nhà đầu tư báo cáo, khó có thể kiểm soát được toàn bộ.
Qua báo cáo của Bộ Giao thông tại các trạm thu phí BOT, kết quả doanh thu thu phí trong thời gian giám sát có dự án tăng hơn so với thời gian tương đương của các tháng trước đó. Bên cạnh đó, quá trình kiểm tra phát hiện một số hoạt động tiêu cực làm thất thoát doanh thu thu phí.. Cụ thể như, trạm thu phí BOT Pháp Vân- Cầu Giẽ, khi các cổ đông kiện nhau, Tổng cục đường bộ đã kiểm tra và phát hiện số thu bình quân là 1,97 tỉ đồng/ngày, nhưng theo báo cáo của nhà đầu tư chỉ là 1,2 tỷ đồng/ngày; Quốc lộ 18 gian lận vé tại trạm thu phí Đại Yên; Quốc lộ 5 phát hiện gian lận vé tại trạm thu phí Km18+100.
Ngoài các nội dung trên, Đoàn giám sát còn chỉ ra một số hạn chế, bất cập khác, trong đó có việc cơ sở dữ liệu và công tác truyền thông, công khai thông tin chưa được quan tâm đúng mức.
Đoàn giám sát đưa ra 16 kiến nghị, đầu tiên là tiếp tục khẳng định tính đúng đắn và triển khai thực hiện chủ trương huy động nguồn lực xã hội, trong đó chú trọng hình thức PPP (đối tác công tư) để đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng; nghiên cứu trình Quốc hội ban hành Luật đối tác công tư để khắc phục các hạn chế, vướng mắc của hệ thống pháp luật hiện hành.
Trong khi chưa ban hành Luật, Chính phủ cần chủ động nghiên cứu sửa đổi, điều chỉnh quy định hiện hành theo hướng chặt chẽ về trình tự, thủ tục đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư; trách nhiệm, nghĩa vụ của các bên liên quan...
Giai đoạn 2011-2016, Bộ Giao thông đã huy động khoảng hơn 169 nghìn tỷ đồng đầu tư vào 57 dự án BOT giao thông đường bộ. Đến nay, đã hoàn thành đưa vào vận hành khai thác 55 dự án với tổng mức đầu tư hơn 137 nghìn tỷ đồng.
Tại 43 tỉnh, thành đã huy động được hơn 80.000 tỷ đồng cho các dự án BOT. Nhiều công trình trọng điểm, có tính kết nối cao giữa các vùng miền đã được đầu tư bằng nguồn vốn xã hội hóa (mở rộng Quốc lộ 1, đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên...).