Theo đó, Thủ tướng giao CMSC, Bộ GTVT, VNR và các cơ quan liên quan tiếp tục phối hợp chặt chẽ để xử lý các vướng mắc trong hoạt động của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam. Thủ tướng yêu cầu CMSC khẩn trương trình Đề án cơ cấu lại VNR tổng hợp đầy đủ các khó khăn, vướng mắc phát sinh trong thời gian tới của VNR và đề xuất giải pháp phù hợp.
Trong tháng 4/2020, để tránh lặp lại những vướng mắc liên quan đến việc giao dự toán chi ngân sách nhà nước cho bảo trì kết cấu cấu hạ tầng đường sắt như trong thời gian qua, Bộ GTVT đề nghị CMSC cần sớm rà soát trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Đề án tái cơ cấu VNR, trong đó cần có sắp xếp cơ cấu bộ máy phù hợp với quy định pháp luật về bảo trì, khai thác cũng như sớm nghiên cứu tách bạch kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt và kinh doanh vận tải.
Trước đó, giữa tháng 2/2020, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ GTVT và Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp đánh giá toàn diện những ưu điểm và nhược điểm của việc đưa VNR về lại Bộ GTVT theo kiến nghị của một số chuyên gia và Đại biểu Quốc hội.
Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Ngọc Đông cho rằng việc chuyển giao VNR về lại Bộ GTVT tại thời điểm này có ưu điểm là cơ bản không phải điều chỉnh hệ thống hoạt động đường sắt, tận dụng hệ thống cơ cấu bộ máy hiện hữu quản lý, điều hành của VNR đối với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt.
Đồng thời, với việc VNR là đơn vị trực thuộc sẽ đem lại sự thuận lợi trong chỉ đạo, thực hiện quy hoạch, đầu tư và hoạt động đường sắt, vì Bộ GTVT thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của đại diện chủ sở hữu đối với tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Bộ GTVT cũng thừa nhận nếu đưa VNR về lại bộ này sẽ đồng nghĩa với việc không phù hợp với chủ trương của Đảng và Nhà nước về tiếp tục đẩy mạnh cơ cấu lại doanh nghiệp Nhà nước.
Đầu tháng 4/2020, ông Nguyễn Hoàng Anh, Chủ tịch CMSC, có văn bản kiến nghị Thủ tướng Chính phủ không điều chuyển VNR về lại Bộ GTVT. Theo lãnh đạo CMSC, những vấn đề của VNR không phải là việc doanh nghiệp này thuộc Ủy ban hay Bộ GTVT quản lý mà là xuất phát từ những hạn chế trong nguồn lực đầu tư; bất cập trong cơ chế quản lý, mô hình hoạt động của Tổng công ty nhưng lại chưa có cơ chế để tháo gỡ, tạo điều kiện cho doanh nghiệp tự chủ trong hoạt động sản xuất kinh doanh.
