Trình bày lại tiến trình vụ việc, Tổng cục Hải quan cho biết:
Ngày 21/4/2017, Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang (gọi tắt là Công ty) có địa chỉ tại thôn Đắc Ôốc, xã La Dêê, huyện Nam Giang, tỉnh Quảng Nam đăng ký tờ khai số 101368983925/A12 tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà để nhập khẩu kinh doanh mặt hàng đường mía khối lượng 120 tấn, đơn giá khai báo 500 USD/tấn, trị giá lô hàng: 60.000 USD, xuất xứ từ Lào (có C/O form S) khai báo mã số HS: 1701.14.00 với thuế xuất nhập khẩu: 2,5% (ưu đãi giảm 50% thuế suất thuế nhập khẩu ATIGA theo phụ lục I Nghị định 124) và thuế VAT: 5% với tổng số tiền thuế khai báo là 103.578.000 đồng.
Sau khi hệ thống phân luồng vàng, Chi cục kiểm tra hồ sơ và thực hiện đánh dấu nghi ngờ về giá đối với tờ khai nêu trên, đồng thời nâng luồng kiểm tra thực tế hàng hóa và đề nghị chuyển cửa khẩu về địa điểm kiểm tra của Chi cục.
Ngay sau khi lô hàng được vận chuyển và tập kết tại bãi cảng Kỳ Hà vào ngày 24/4/2017, Chi cục kiểm tra về trị giá và rà soát nhận thấy có vướng mắc về chính sách thuế đối với mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào chưa quy định rõ mức thuế áp dụng trong hạn ngạch hay ngoài hạn ngạch thuế quan tại Nghị định số 124/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ nên đã báo cáo sự việc về Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam.
Ngày 26/4/2017, Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam có công văn hỏa tốc đến Tổng cục Hải quan báo cáo vướng mắc để Tổng cục Hải quan hướng dẫn thực hiện, đồng thời Chi cục làm việc, hướng dẫn doanh nghiệp trong khi chờ hướng dẫn của cấp có thẩm quyền, tạm thời thực hiện khai bổ sung mức thuế suất ngoài hạn ngạch (80%) đối với mặt hàng đường để thông quan theo quy định, tuy nhiên doanh nghiệp không đồng ý khai bổ sung theo hướng dẫn của Chi cục.
Tiếp đó, ngày 28/4/2017, Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam có công văn gửi Bộ Tài chính (Vụ Chính sách thuế) đề nghị hướng dẫn việc áp dụng thuế suất nhập khẩu đối với mặt hàng đường từ Lào. Cùng ngày, Chi cục căn cứ hồ sơ, tổ chức tham vấn, bác bỏ trị giá khai báo của Công ty (500 USD/tấn), Công ty đồng ý với cơ sở bác bỏ trị giá khai báo của cơ quan Hải quan và thực hiện khai bổ sung với mức giá 520 USD/tấn vào ngày 30/4/2017.
Ngày 30/4/2017, theo đơn đề nghị, Chi cục tạo điều kiện cho Công ty tiến hành chuyển đổi hàng hóa sang container khác, đồng thời giám sát, kiểm tra thực tế hàng hóa với tỷ lệ kiểm tra 10% theo quy định.
Ngày 04/5/2017, để tránh phát sinh chi phí, thiệt hại cho Công ty, để được thông quan hàng hóa nhanh chóng, Chi cục hướng dẫn cho Công ty: Thực hiện nộp thuế hoặc có bảo lãnh của tổ chức tín dụng để bảo lãnh số tiền thuế với mức thuế suất ngoài hạn ngạch (80%); Trường hợp cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn mặt hàng đường nhập khẩu của Công ty là 2,5% thì cơ quan Hải quan thanh toán chi phí bảo lãnh cho Công ty.
Tuy nhiên, Công ty không đồng ý theo hướng dẫn của cơ quan Hải quan.
Ngày 05/5/2017 và 12/5/2017, Công ty có văn bản đề nghị giải phóng hàng với mức thuế 2,5% và cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật nếu có bất kỳ sai sót nào về nghĩa vụ thuế sau khi có văn bản chính thức của cơ quan có thẩm quyền. Đối chiếu với quy định hiện hành, Chi cục chưa đủ cơ sở để giải phóng hàng đồng thời tiếp tục hướng dẫn Công ty thực hiện nộp thuế hoặc có bảo lãnh của tổ chức tín dụng để bảo lãnh số tiền thuế với mức thuế suất ngoài hạn ngạch (80%).
Ngày 22/5/2017, Bộ Tài chính có công văn số 6579/BTC-CST gửi Bộ Công thương xin ý kiến, theo đó lượng đường mà Công ty đã nhập khẩu được xác định là lượng đường nhập khẩu ngoại hạn ngạch thuế quan và áp dụng mức thuế suất ngoài hạn ngạch là 80%.
Ngày 23/5/2017, căn cứ công văn số 3386/TCHQ-TXNK của Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam có công văn số 567/HQQNa-NV đề nghị Công ty liên hệ Chi cục để giải quyết lô hàng.
Theo đó, trong khi chờ văn bản của Bộ Tài chính, để tránh ách tắc hàng hóa tại cửa khẩu, đề nghị doanh nghiệp thực hiện áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch 80% (đối với đường thô), 85%,100% (đối với đường tinh) theo quy định tại Nghị định số 122/2016/NĐ-CP của Chính phủ.
Trường hợp doanh nghiệp được Bộ Công Thương giao quyền sử dụng hạn ngạch thuế quan năm 2017 đối với mặt hàng đường và đáp ứng được các điều kiện về vận chuyển và xuất xứ quy định tại Khoản 2 Điều 4 Nghị định số 124/2016/NĐ-CP thì được xử lý số thuế nộp thừa theo quy định.
Đồng thời, Chi cục đã làm việc với Công ty theo nội dung thông báo số 401/TB-KH để thực hiện áp dụng mức thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch 80% trong khi chờ hướng dẫn của cấp có thẩm quyền theo công văn số 3386 của Tổng cục Hải quan.
Tuy nhiên Công ty không đồng ý khai bổ sung mức thuế 80% do đang gặp khó khăn về tài chính và kiến nghị được tạm giải phóng hàng mới mức thuế suất 2,5% và cam kết sẽ thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế sau khi có ý kiến chính thức của Bộ Tài chính.
Ngày 25/5/2017, Bộ Tài chính có công văn số 6836/BTC-CST gửi Công ty, trong đó đề nghị Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam tiếp tục hướng dẫn Công ty thực hiện theo công văn số 3386 của Tổng cục Hải quan trong khi chờ ý kiến chính thức của Bộ Công Thương. Cùng ngày, Tổng cục Hải quan có công văn số 3489/TCHQ-TXNK gửi Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam, đồng thời báo cáo Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính về việc áp dụng thuế suất mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào. Trong đó, Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam tiếp tục hướng dẫn Công ty thực hiện theo công văn số 3386.
Ngày 30/5/2017, Bộ Công Thương có công văn số 4724/BCT-XNK đồng ý với đề xuất của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn thuế nhập khẩu đường có xuất xứ từ Lào đối với trường hợp Công ty TNHH Thương Mại Hoàng Nam Giang tại công văn số 6579/BTC-CST.
Đến ngày 31/5/2017, sau 05 ngày kể từ ngày Chi cục thông báo về việc khai bổ sung, nhưng doanh nghiệp không thực hiện, Chi cục đã ban hành Quyết định ấn định thuế số 24/QĐ-KH đối với hàng hóa nhập khẩu của tờ khai nêu trên theo thuế suất 80% với tổng số tiền ấn định 1.257.335.040 đồng (lệch 1.149.613.920 đồng so với mức thuế suất 2,5%).
Ngày 7/6/2017, Bộ Tài chính có công văn số 7486/BTC-CST về việc thuế suất thuế nhập khẩu đối với mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào gửi Công ty, theo đó hướng dẫn Công ty “tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu số 101368983924 ngày 21/4/2017, Công ty TNHH Hoàng Nam Giang không xuất trình được văn bản thông báo giao quyền sử dụng hạn ngạch thuế quan nhập khẩu đường của Bộ Công Thương với Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà, vì vậy, Công ty thực hiện nộp thuế theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch trước khi thông quan hàng hóa (mức thuế suất thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch 80% đối với đường thô; 85%, 100% đối với đường tinh theo quy định tại Nghị định số 122/2016/NĐ-CP của chính phủ)”.
Ngày 12/6/2017, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà có công văn số 432/KH-NV về việc giải quyết thủ tục hải quan đối với mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào gửi Công ty và đề nghị Công ty chấp hành quyết định ấn định thuế số 24/QĐ-KN để được thông quan lô hàng.
Ngày 15/6/2017, qua trao đổi với TAND tỉnh Quảng Nam, Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam được biết Công ty đã gửi đơn khởi kiện đến Tòa án khởi kiện Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Kỳ Hà liên quan đến việc ra Quyết định ấn định thuế đối với vụ việc nhập khẩu 120 tấn đường từ Lào.
Từ các diễn biến trên Tổng cục Hải quan khẳng định: Ngay khi Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang có vướng mắc, Bộ Tài chính, cơ quan Hải quan đã khẩn trương nắm bắt thông tin, báo cáo các cấp thẩm quyền, giải quyết vướng mắc cho doanh nghiệp như: tạo điều kiện cho doanh nghiệp tiến hành chuyển đổi hàng hóa sang container khác nhằm giảm chi phí lưu kho.
Cơ quan Hải quan đã nhiều lần hướng dẫn, đề nghị doanh nghiệp thực hiện áp dụng mức thuế nhập khẩu ngoài hạn ngạch. Tuy nhiên, doanh nghiệp đã không đồng ý theo hướng dẫn của cơ quan Hải quan, dẫn đến việc hàng hoá tồn đọng tại cảng là thuộc trách nhiệm của doanh nghiệp vì theo quy định tại Điều 41 Luật Quản lý thuế quy định trách nhiệm của người nộp thuế trong việc nộp số thuế ấn định như sau: “Người nộp thuế phải nộp số thuế ấn định theo thông báo của cơ quan quản lý thuế. Trường hợp không đồng ý với số thuế do cơ quan quản lý thuế ấn định thì người nộp thuế vẫn phải nộp số thuế đó, đồng thời có quyền yêu cầu cơ quan quản lý thuế giải thích hoặc khiếu nại, khởi kiện về việc ấn định thuế.”
Tổng Cục Hải quan cũng khẳng định: Đối với nội dung thông tin trên một số trang tin điện tử phản ánh việc: “Văn phòng Chính phủ đã có công văn chuyển kiến nghị của Công ty TNHH Thương mại Hoàng Nam Giang về việc chưa được thông quan lô hàng của công ty do có vướng mắc về hạn ngạch thuế quan đến Bộ Tài chính để xem xét, xử lý và trả lời doanh nghiệp... Tuy nhiên đến nay Quý Bộ vẫn chưa có văn bản trả lời doanh nghiệp” là không chính xác.
Cụ thể: Ngày 25/5/2017, Bộ Tài chính có công văn số 6836/BTC-CST gửi Công ty, cùng ngày, Tổng cục Hải quan có công văn số 3489/TCHQ-TXNK gửi Cục Hải quan tỉnh Quảng Nam, đồng thời báo cáo Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính về việc áp dụng thuế suất mặt hàng đường nhập khẩu từ Lào.
