Hai nhà lãnh đạo nhất trí cho rằng chuyến thăm là sự kiện có ý nghĩa lịch sử, tạo dấu mốc quan trọng, tăng cường tin cậy chính trị, củng cố quan hệ hữu nghị, thúc đẩy hợp tác thực chất, tạo lập bước phát triển mới, làm sâu sắc hơn quan hệ đối tác chiến lược giữa hai nước.
Nhận định quan hệ thương mại giữa hai nước những năm gần đây ngày càng phát triển, Tổng thống Joko Widodo cũng nhấn mạnh ưu tiên 3 lĩnh vực hợp tác với Việt Nam, đó là hàng hải, đánh bắt thủy sản; thương mại, đầu tư và các vấn đề khu vực và quốc tế. Hai nhà lãnh đạo đã trao đổi và nhất trí về các phương hướng, biện pháp nhằm thúc đẩy toàn diện và làm sâu sắc hơn quan hệ đối tác chiến lược giữa hai nước trong thời gian tới, vì lợi ích của nhân dân hai nước, đóng góp tích cực cho hòa bình, ổn định, hợp tác, phát triển ở khu vực và trên thế giới, góp phần củng cố, tăng cường sự đoàn kết, thống nhất và vững mạnh của ASEAN.
Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và Tổng thống Joko Widodo cũng đánh giá cao và cho rằng hợp tác trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh là một điểm sáng trong quan hệ giữa hai nước thời gian qua và là trụ cột hợp tác rất quan trọng hiện nay cần được tăng cường.
Trên cơ sở đó, hai bên cam kết phối hợp chặt chẽ với nhau trong vấn đề chống khủng bố, tội phạm mạng và công nghệ cao, buôn bán người, ma túy và tội phạm xuyên quốc gia; tích cực đẩy nhanh và sớm kết thúc đàm phán phân định vùng đặc quyền kinh tế, tiến tới giải pháp mang tính tổng thể, bao gồm cả xử lý những vấn đề liên quan đến tàu cá, ngư dân trên tinh thần nhân đạo, hữu nghị và đoàn kết trong ASEAN, phù hợp với quan hệ đối tác chiến lược, tôn trọng độc lập, chủ quyền của mỗi nước.
Tại cuộc hội đàm, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và Tổng thống Joko Widodo đã trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm. Hai nhà lãnh đạo tái khẳng định tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định trong khu vực, bảo đảm an ninh, an toàn, tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông, giải quyết hòa bình các tranh chấp, tuân thủ luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước Liên Hợp quốc về Luật Biển 1982 (UNCLOS); thực hiện đầy đủ và hiệu quả Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC) và sớm đạt được Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC). Hai bên cũng cam kết tiếp tục phối hợp giải quyết tốt các vấn đề chung, trong đó có chống khủng bố, cướp biển, chạy đua vũ trang, phổ biến vũ khí hạt nhân…
Trước đó, vào chiều 22/8, tại trụ sở Quốc hội Cộng hòa Indonesia ở thủ đô Jakarta, được sự ủy quyền của Chủ tịch Hội đồng Hiệp thương Nhân dân Indonesia Zulkifli Hasan, Phó Chủ tịch Evert Ernest Mangin Dan và Phó Chủ tịch Hidayat Nur Wahdid đã có cuộc hội kiến với Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng.