Theo nhận định của một số nhà nghiên cứu thì bộ tượng Di Đà Tam Tôn chùa Thầy có nhiều đặc điểm độc đáo không chỉ ở ngôn ngữ biểu hiện của hình khối, bố cục mà nhất là phong cách tạo hình mới. Bộ tượng này chú trọng yếu tố trang trí bằng kiểu hạt tròn kết thành tràng chạy trên y phục, bao gồm các dạng hệ hạt tròn kết chuỗi (nằm theo bố cục hàng lối và xen kẽ chia thân tượng thành từng ô), hạt tròn kết hình bông hoa (nằm xen kẽ trong chuỗi hạt bảo châu), các biểu tượng “bát cát tường” của Phật giáo Mật tông và hoa nhiều cánh.
Với cách bài trí các hạt trên tượng Đại Thế Chí ta thấy chúng còn sắp xếp theo cặp hạt (mỗi cặp có hạt âm, hạt dương), tổng số có 427 cặp hạt được cho là trùng với số lượng 427 câu chú Phật đỉnh Thủ lăng nghiêm tuyên đọc như nói lên dấu tích của Phật giáo Mật tông còn lại ở chùa Thầy (Thiên Phúc tự). Kiểu trang trí đặc biệt độc đáo này không tìm thấy trong trang trí tượng Phật giáo trong chùa Việt các thế kỷ trước và sau này.
Đồng thời ở pho tượng Đại Thế Chí mái tóc tượng xõa xuống vai, được tết theo hình dải thắt nút không đầu không cuối, mềm mại, có nhịp điệu của bàn trường cũng là một trong tám biểu tượng cát tường của Mật tông. Dân gian thường gọi là dải đồng tâm, coi đó là biểu tượng của hạnh phúc. Nhóm tượng Di Đà Tam Tôn bao gồm Bồ Tát Đại Thế Chí – A di đà – Bồ Tát Quan Âm.
Ba tượng này có thế ngồi tọa thiền kiết già, khiến tâm không thể lay động. Điểm đặc biệt ở ba pho tượng này là phong cách tạo hình mới chú trọng yếu tố trang trí bằng hệ thống hạt nổi, bao gồm những hạt tròn to nhỏ khác nhau, kết hợp với hoa cúc mãn khai kết năm hàng dọc, ba hàng ngang bao quanh thân tượng. Chưa có tượng nào trước và sau này lại có nhiều hạt như vậy.
“Đó là hàng hạt kỳ ảo, được chạm theo một qui luật bắt nguồn từ ý nghĩa của Mật Tông (gọi là bí mật giáo, một Phật phái tin vào linh phù, châu ngôn, pháp ấn) tạo ra cái linh thiêng”, GS. Trần Lâm Biền viết trong cuốn sách “Đồ thờ trong di tích của người Việt”.
Tất cả những yếu tố nói trên đã đưa bộ tượng Di Đà Tam Tôn chùa Thầy đạt đến những chuẩn mực về tạo hình Phật giáo đầu thế kỷ XVII cũng như giá trị chuyển tải tư tưởng Phật giáo trong văn hóa Việt Nam. Và trong lịch sử Phật giáo Việt Nam thì tư tưởng Phật giáo Mật tông lưu truyền vào Việt Nam từ khá sớm. “Theo Thiền Uyển Tập Anh”, vào thế kỷ thứ VI, ngài Tỳ Ni Đa Lưu Chi, người Ấn Độ, đã đến Việt Nam và dịch kinh Đại thừa phương quảng tổng trì tại chùa Pháp Vân. Đây là một bộ kinh của Mật giáo, và liên hệ rất nhiều đến Thiền. Vào thời Đinh và Tiền Lê, Mật tông đã khá thịnh hành tại Việt Nam.
Những trụ đá được phát hiện tại Hoa Lư, Ninh Bình vào các năm 1963, 1964, 1978 - dựng vào năm 973, thời Đinh; có trụ dựng năm 995, thời Lê Đại Hành - đều khắc bản kinh Phật đỉnh Tôn thắng Đà La Ni (Usnisavijaya dharani), một bản kinh rất phổ biến của Mật giáo, đã chứng minh cho điều đó. Dĩ nhiên Mật tông thịnh hành tại nước ta không chỉ do mỗi ngài Tỳ Ni Đa Lưu Chi, mà còn từ Phật giáo Chiêm Thành, những Tăng sĩ ngoại quốc và những vị sư Việt Nam thọ học từ Ấn Độ. Trong đó, ngài Mahamaya, gốc Chiêm Thành, thuộc đời thứ 10 của thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi, từng theo học với ngài Pháp Thuận - Pháp hành sám và trì tụng chú Đại bi, người rất nổi tiếng về pháp thuật.
Trong “Thiền Uyển Tập Anh” cho rằng ông đắc pháp Tổng trì Tam muội, thi triển nhiều pháp thuật khiến cho vua Lê Đại Hành và dân chúng đều nể phục. Một thiền sư Việt, ngài Sùng Phạm (mất năm 1087), đời thứ 11 của thiền phái Tỳ Ni Đa Lưu Chi (Ti-ni-đa-lưu-chi), đã đến Ấn Độ chín năm, sau mở trường dạy tại chùa Pháp Vân. Đệ tử của ngài có Thiền sư Từ Đạo Hạnh nổi tiếng về phù chú và sư Trì Bát cũng thấm nhuần Mật giáo.
Thiền sư Từ Đạo Hạnh chính là thế hệ thứ 12 thuộc dòng Thiền Ti-ni-đa lưu-chi này. Là một Thiền sư, Đạo Hạnh luôn gắn đạo với đời, Phật giáo với dân tộc. Ông luôn lo lắng cho vận mệnh của đất nước khi có tà đạo lũng loạn làm mê hoặc lòng người, phá rối chính pháp.
Việc Đạo Hạnh chặn lại tiến trình thác thai của Giác Hoàng (là một đứa trẻ 3 tuổi nhưng chuyện gì cũng biết – là kiếp đầu thai của một pháp sư có tên là Đại Điên thời Lý, khi đầu thai nhằm mê hoặc dân chúng, lũng loạn triều đình) là biểu hiện của một nhà sư có trách nhiệm với dân với đạo. Mặc cho sau đó bản thân ông bị ghép vào trọng tội. Ông chỉ thoát chết, khi Sùng Hiền Hầu đứng ra giải cứu. Đó là hành vi can đảm của Đạo Hạnh, khi dám chấp nhận sự hy sinh của cá nhân để cứu lấy những sinh mạng con trẻ.
Tương truyền, ông không chỉ là một nhà sư có phép thuật cao cường, ẩn cư ở núi Phật Tích. Chuyện Thiền sư đầu thai qua vợ Sùng Hiền Hầu và chữa bệnh ly kỳ của Minh Không cho Lý Thần Tông, dù ai đó có cho là phi lý, huyễn hoặc đi nữa thì cũng không thể phủ nhận được vai trò của nhà chùa trong việc chữa trị bệnh cho dân (kể cả bệnh vô sinh) khi mà y học còn kém phát triển trong giai đoạn lịch sử ấy.
Bên cạnh đó, truyền thuyết về những lần trút xác của Thiền sư Từ Đạo Hạnh thành vua Lý Thần Tông, thì thông qua vị vua này, ông đã làm cho: “Sản xuất nông nghiệp phát triển. Dân no đủ nên giặc giã cũng ít”. Tất cả những điều đó cho thấy được những điều tốt đẹp mà Thiền sư Từ Đạo Hạnh dùng Phật giáo đem lại cho dân tộc. Đồng thời khẳng định mối liên hệ chặt chẽ và mật thiết giữa đạo và đời.
