Theo kết luận của Thanh tra tỉnh Khánh Hòa, Trường này đã thu các khoản lệ phí trái pháp luật và lạm thu học phí, thu vượt mức trần Chính phủ quy định, chi sai nhiều tỷ đồng. Các sai phạm xảy ra trong thời gian làm Hiệu trưởng của hai ông Trương Quang Thuận (từ tháng 3/2017 trở về trước) và Vũ Viết Sơn (từ tháng 4/2017 đến nay).
Thanh tra xác định, từ 2016 – 6/2018, công tác quản lý tài chính của Trường không chặt chẽ, xảy ra nhiều sai sót tổng cộng hơn 28 tỷ đồng. Cụ thể, từ 2016 - 2018, Trường lạm thu học phí số tiền hơn 18 tỷ đồng; số tiền thu các loại phí sai quy định hơn 1,46 tỷ đồng (thu "lệ phí khám sức khỏe", "lệ phí học lại", "lệ phí thi lại", "lệ phí tốt nghiệp, làm bằng tốt nghiệp"...”. Bên cạnh đó, còn có việc chi sai hơn 4,7 tỷ; chi phụ cấp ưu đãi ngành không đúng gần 1 tỷ…
Thanh tra xác định số tiền thu sai của sinh viên 1,46 tỷ là bỏ ngoài sổ sách. Trước đó, đơn có nội dung tố cáo lãnh đạo Trường chi sai chế độ, ứng tiền chi ngoại giao không qua sổ sách… là đúng một phần. Ông Sơn cùng ông Lê Đức Hiền và bà Bùi Thị Xuân Thái (Trưởng và Phó phòng Kế hoạch - Tài chính) đã nhiều lần tự ý tạm ứng, chiếm dụng ngân sách nhà nước và tùy tiện rút quỹ trường để chi đối ngoại.
Tổng số tiền mà các cá nhân đã tạm ứng quỹ trường theo dạng kể trên trong hơn hai năm (từ 2017 – 3/2019) là hơn 4,13 tỷ. Trong đó chi ngoại giao là 2,464 tỷ, trong số này giao cho ông Sơn 2,341 tỷ.
Theo Thanh tra, khoản thu ngoài sổ sách 1,46 tỷ; xác định trách nhiệm của ông Trương Quang Thuận (Hiệu trưởng cũ) thu sai 970 triệu đồng, ông Vũ Viết Sơn gần 490 triệu đồng.
Thanh tra cũng cho rằng các bảng kê, chứng từ mà thanh tra thu giữ thể hiện việc chi ngoại giao 2,46 tỷ đã được ông Sơn hoàn ứng. Dù ông Sơn không thừa nhận nhưng các cá nhân liên quan (kế toán, thủ quỹ) đã xác nhận dùng nguồn thu ngoài để hoàn quỹ. Do không ghi chép sổ sách; và chứng từ liên quan bị tiêu hủy nên không có căn cứ xác định nguồn thu ngoài có nội dung gì, chi cho ai.
Thanh tra cho rằng việc ông Sơn tạm ứng kéo dài từ năm 2017 là hành vi chiếm dụng tiền ngân sách. Đồng thời, việc thu sai quy định, để ngoài sổ sách, sử dụng tùy tiện, không theo dõi trên sổ kế toán, không phản ánh báo cáo tài chính, tiêu hủy chứng từ… là sai phạm nghiêm trọng, có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Việc hình thành, sử dụng nguồn thu có nội dung không rõ ràng, bất bình thường, mâu thuẫn trong lời khai, cần được cơ quan điều tra làm rõ.
