Theo Báo cáo Kiểm toán Nhà nước năm 2015 đối với các tập đoàn, tổng công ty nhà nước cho thấy, hiệu quả hoạt động của nhiều doanh nghiệp giảm sút (Vinaconex, Tổng công ty Lâm nghiệp...). Có 5 trong tổng số 38 tập đoàn, tổng công ty có dấu hiệu kinh doanh thua lỗ, quản lý nợ và nợ khó đòi lớn – thậm chí lớn hơn cả vốn chủ sở hữu.
Cụ thể, Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) lỗ gần 3.500 tỷ đồng, Tổng công ty 15 lỗ 471 tỷ, Vinaincom lỗ 132 tỷ, Tổng công ty Mía đường II lỗ 15 tỷ đồng, Công ty TNHH một thành viên In Đắc Lắc lỗ 3 tỷ đồng. Công ty TNHH Một thành viên Công nghiệp Tàu thủy Dung Quất thua lỗ triền miên, dẫn đến âm vốn chủ sở hữu hơn 1.108 tỷ đồng. Công ty Cổ phần Đầu tư tài chính Công đoàn Dầu khí lỗ 71,2 tỷ đồng
Kiểm toán Nhà nước cũng nhận định nhiều đơn vị có hiệu quả đầu tư thấp, vốn góp của các đơn vị vào nhiều doanh nghiệp hiện trong tình trạng xấu, có nguy cơ ngừng hoạt động hoặc phải giải thể. Cụ thể, tại Vinalines, 51 trong tổng số 63 đơn vị có vốn đầu tư của công ty mẹ thua lỗ hoặc hiệu quả thấp, cổ tức thu được năm 2014 chỉ bằng 0,46% vốn đầu tư. Công ty mẹ - COMA có lợi nhuận được chia từ các công ty con bằng 1,05% vốn đầu tư, trong đó có tới 4 trong tổng số 10 công ty con mất vốn, 2 đơn vị khác cũng thua lỗ.
Không chỉ COMA, cổ tức, lợi nhuận được chia năm 2014 của EVN cũng chỉ bằng 0,75% tổng giá trị đầu tư dài hạn. Tập đoàn Dầu khí đầu tư 800 tỷ đồng vào Oceanbank mất toàn bộ quyền, lợi ích và tư cách cổ đồng. Tổng công ty Dầu Việt Nam được chia cổ tức 112 tỷ đồng, chỉ bằng 1,73% giá trị đầu tư, trong khi khoản trích lập dự phòng tới 1.900 tỷ đồng đối với 14 doanh nghiệp có lỗ lũy kế.
Hàng loạt đơn vị trực thuộc Tổng công ty Mía đường II tính đến cuối năm 2014 cũng lỗ hàng chục tỷ đồng. Trong đó, Công ty cổ phần Mía đường Hiệp Hòa đến cuối năm 2014 lỗ gần 100 tỷ đồng, cao hơn vốn chủ sở hữu.Hầu hết, các tập đoàn, tổng công ty có hoạt động đầu tư xây dựng kinh doanh bất động sản còn dự án dự chậm tiến độ, một số dự án phải tạm dừng triển khai, gây lãng phí vốn đầu tư.
Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước cũng cho biết, hoạt động kinh doanh của nhiều tập đoàn, tổng công ty chủ yếu dựa vào vốn vay của các tổ chức tín dụng, vốn chiếm dụng, dẫn đến hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở hữu cao.
Tại COMA, hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở của công ty mẹ là 12 lần, COMAEL (13 lần), Công ty TNHH Một thành viên Trung đại tu ôtô và thiết bị máy mỏ Quảng Ninh (4,79 lần), Công ty TNHH Một thành viên Duyên Hải Quảng Ninh (8,47 lần), Công ty TNHH Một thành viên xuất nhập khẩu 2/9 (4,13 lần).
Ngoài ra nhiều công ty khác cũng có nợ cao so với vốn chủ sở hữu như Tổng công ty Lũng Lô là 5 lần, công ty mẹ Tổng công ty Sông Đà (4,36 lần).
Trong khi đó, Vinalines cho 3 công ty con vay theo chủ trương của Chính phủ, khó thu hồi 457,8 tỷ đồng, bảo lãnh và tiếp nhận bảo lãnh cho các đơn vị kinh doanh thua lỗ 6.204 tỷ đồng, 151,8 triệu USD và 69,2 triệu EUR tiềm ẩn rủi ro.
Báo cáo của Kiểm toán Nhà nước cũng nêu, hầu hết các tập đoàn, tổng công ty phản ánh không đúng doanh thu, chi phí. Mobifone chưa thực hiện đầy đủ các quy định về khuyến mại, về xác định và báo cáo giá thành, giá cước dịch vụ viễn thông.
Một số tập đoàn, tổng công ty chưa sử dụng hết diện tích đất đang quản lý, sử dụng không hiệu quả, không đúng mục đích, bị lấn chiếm, tranh chấp, chưa đầy đủ hồ sơ pháp lý và chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính về đất. Ví dụ,Tổng công ty Lâm nghiệp giao khoán đất chưa đầy đủ hồ sơ, còn tình trạng lấn chiếm, chặt phá rừng nhưng việc xử lý gặp nhiều khó khăn và chưa biết khi nào mới có thể khắc phục được hoàn toàn./.
