Tuy nhiên, qua thực tiễn hơn 3 năm thi hành Luật Tố tụng Hành chính cho thấy, một số quy định của Luật đã bộc lộ những hạn chế, bất cập, đòi hỏi phải sửa đổi để hạn chế tình trạng án hành chính bị sửa, bị hủy.
Những hạn chế, bất cập đáng chú ý hơn cả là quy định về nội dung, đặc điểm của quyết định hành chính chưa rõ ràng dẫn đến việc đánh giá, nhận diện quyết định hành chính có thuộc đối tượng khởi kiện vụ án hành chính hay không còn có những cách hiểu và vận dụng khác nhau; các quy định về thẩm quyền xét xử của từng cấp Tòa án chưa thực sự hợp lý.
Đây là một trong những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tình trạng các bản án, quyết định hành chính bị sửa, bị hủy chiếm tỷ lệ cao, đặc biệt là các bản án, quyết định của TAND cấp huyện trong việc giải quyết các khiếu kiện đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của Chủ tịch và UBND cấp huyện khiến cho công tác xét xử các vụ án hành chính của TAND chưa đáp ứng được sự mong đợi của người dân và toàn xã hội.
Vì vậy, để khắc phục những tồn tại trên, đồng thời đảm bảo phù hợp với quy định của Luật Tổ chức TAND năm 2014, Dự án Luật Tố tụng Hành chính (sửa đổi) dự kiến sửa đổi, bổ sung quy định về những khiếu kiện thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án.
Chẳng hạn, sửa đổi Khoản 1 Điều 28 Luật Tố tụng Hành chính năm 2010 như sau: “Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính, trừ các quyết định, hành vi sau đây: a) Quyết định hành chính, hành vi hành chính thuộc phạm vi bí mật nhà nước trong các lĩnh vực quốc phòng, an ninh, ngoại giao theo quy định của luật; b) Quyết định, hành vi của TAND trong việc áp dụng biện pháp xử lý hành chính, xử lý các hành vi cản trở hoạt động tố tụng; c) Quyết định hành chính, hành vi hành chính mang tính nội bộ của cơ quan, tổ chức hoặc hệ thống cơ quan, tổ chức”.
Liên quan đến nội dung sửa đổi này, nhiều ý kiến cho rằng Luật Tố tụng Hành chính được ban hành năm 2010 đã mở rộng thẩm quyền giải quyết của TAND đối với các khiếu kiện hành chính. Do đó, cần giữ như quy định hiện hành, nhưng cần bổ sung quy định việc loại trừ cả quyết định xử lý hành chính của TAND để bảo đảm tính khả thi.
Tuy nhiên, các ý kiến này cũng đề nghị cụ thể hóa vào Luật Tố tụng Hành chính danh mục các quyết định hành chính, hành vi hành chính thuộc phạm vi bí mật nhà nước trong các lĩnh vực quốc phòng, an ninh, ngoại giao không thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án để phù hợp với Khoản 2 Điều 14 Hiến pháp 2013 về việc quyền con người, quyền công dân chỉ có thể bị hạn chế theo quy định của luật.
Một số ý kiến lại đề nghị cần mở rộng hơn nữa thẩm quyền của Tòa án đối với khiếu kiện hành chính. Cụ thể là, Toà án có thẩm quyền giải quyết cả khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính mang tính nội bộ của cơ quan, tổ chức, kể cả các quyết định kỷ luật đối với cán bộ, công chức (mà không chỉ giới hạn quyết định kỷ luật buộc thôi việc như hiện nay), Có như vậy mới đề cao trách nhiệm của cơ quan, tổ chức trong việc quản lý, chỉ đạo, điều hành hoạt động nhiệm vụ, công vụ.
