Kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ cho biết: Thực hiện quyết định số 177/2007 của Thủ tướng về việc phê duyệt “Đề án phát triển nhiên liệu sinh học đến năm 2015, tầm nhìn đến năm 2025” với mục tiêu đến năm 2015 là “xây dựng và phát triển các cơ sở sản xuất và sử dụng nhiên liệu sinh học trên phạm vi cả nước”.
Từ tháng 10/2007 đến tháng 3/2009, PVN đã quyết định chủ trương đầu tư, chỉ đạo các đơn vị thành viên góp vốn thành lập 2 Cty cổ phần và 1 Cty liên danh để thực hiện 3 dự án sản xuất ethanol nhiên liệu tại 3 miền Bắc, Trung, Nam gồm nhà máy tại Phú Thọ, Khu kinh tế Dung Quất (Quảng Ngãi) và tỉnh Bình Phước, công suất mỗi nhà máy 100 triệu lít/năm, nguồn vốn do các cổ đông đóng góp 30%, vay tín dụng thương mại 70%. Với 3 dự án này, tổng mức đầu tư ban đầu được phê duyệt là hơn 4.300 tỷ đồng, sau đó đội vốn lên gần 5.880 tỷ đồng và hơn 3,8 triệu USD.
Cụ thể, Dự án Phú Thọ do Cty CP Hóa dầu và nhiên liệu sinh học Dầu khí (PVB) làm chủ đầu tư tổng mức đầu tư 1.317,5 tỷ đồng, sau điều chỉnh lên gần 2.500 tỷ đồng (tăng tổng mức đầu tư 1.167,43 tỷ đồng), trong đó vốn vay là 771 tỷ đồng. Dự án đã dừng thi công từ tháng 11/2011 do nhà thầu PVC không đủ năng lực và hiện đã trong tình trạng xuống cấp nghiêm trọng. Tổng số tiền đã thanh toán cho dự án là 1.534,5 tỷ đồng.
Dự án Dung Quất do Cty CP Nhiên liệu sinh học Dầu khí miền Trung (PCB) làm chủ đầu tư với tổng mức đầu tư 1.493 tỷ đồng, sau điều chỉnh lên gần 1.887 tỷ đồng (tăng ần 394 tỷ đồng). Tổng số vốn của dự án là 1.225,87 tỷ đồng, trong đó vốn vay là 945,7 tỷ đồng. Dự án đã đầu tư xong, đã thanh toán 2.124 tỷ đồng nhưng chưa quyết toán và hầu như không vận hành thương mại. Năm 2014, nhà máy này lỗ 164 tỷ đồng.
Dự án Bình Phước do Cty TNHH nhiên liệu sinh học Phương Đông làm chủ đầu tư, với tổng mức đầu tư 1.492,653 tỷ đồng (80,684 triệu USD), sau đội vốn lên 84,533 triệu USD, tăng hơn 3,8 triệu USD. Tổng số tiền đã thanh toán của dự án là gần 1.743 tỷ đồng, dự án đã đầu tư xong nhưng hầu như không vận hành thương mại.
Theo kết luận thanh tra, tính đến tháng 3/2013, nhà máy chỉ hoạt động 5 đợt, sản xuất được 16,286 triệu lít ethanol với giá thành lên tới 21.500 đồng/lít, tăng 10.459 đồng/lít (tăng 95%) so với giá thành khi lập dự án đầu tư. Giá quá cao khiến nhà máy hầu như đắp chiếu, nhưng vẫn lỗ mỗi năm khoảng 200 tỷ đồng khấu hao tài sản cố định, lãi vay và chi phí quản lý, bảo dưỡng máy móc, bảo hiểm, bảo vệ...
Thanh tra Chính phủ kết luận: Trong quá trình đầu tư, PVN, các chủ đầu tư, nhà thầu và các đơn vị liên quan đã để xảy ra những khuyết điểm, vi phạm sau: Địa điểm xây dựng đã được lựa chọn mà không khảo sát công tác giải phóng mặt bằng, do đó không giải phóng được mặt bằng khi thực hiện đầu tư. Việc chỉ định thầu thực hiện gói thầu EPC dự án Phú Thọ và Dung Quất khi các nhà thầu hạn chế về năng lực, chưa có kinh nghiệm thực hiện dự án nhiên liệu sinh học vi phạm quy định của Luật Đấu thầu và chỉ đạo của Thủ tướng, dẫn đến thi công dự án chậm tiến độ, gây hậu quả cho các chủ đầu tư, đặc biệt nhà thầu PVC đã dừng thi công dự án Phú Thọ gần 5 năm, vi phạm hợp đồng, gây hậu quả nghiêm trọng: toàn bộ máy móc, thiết bị lắp đặt đã han gỉ, vốn đã đầu tư 1.534 tỷ đồng chưa được phát huy, tăng chi phí vốn vay và các chi phí khác... đến nay vẫn chưa có giải pháp khắc phục. Dự án đang trong tình trạng bế tắc, tiềm ẩn nguy cơ khó tiếp tục thực hiện.
Trong đàm phán, ký kết và điều chỉnh giá trị hợp đồng, tại dự án Dung Quất, chủ đầu tư và nhà thầu đã ký phụ lục hợp đồng tăng hơn 3,24 triệu USD không có căn cứ. Trong điều chỉnh tổng mức đầu tư, chủ đầu tư PVB đã lập, phê duyệt điều chỉnh dự án Phú Thọ từ 1.327,5 tỷ đồng thành 2.484,9 tỷ đồng không đúng quy định của Chính phủ. Dự án Dung Quất chậm tiến độ 24 tháng, làm tăng chi phí cho chủ đầu tư.
Chủ đầu tư PVB đã sử dụng vốn cho dự án Phú Thọ vượt tổng mức đầu tư 217 tỷ đồng, PCB sử dụng vốn cho Dung Quất vượt tổng mức đầu tư 237 tỷ đồng. Sau khi thực hiện xong dự án, các nhà máy đi vào hoạt động đều thua lỗ lớn và hầu như không vận hành thương mại, toàn bộ vốn đầu tư vào 3 dự án tính đến tháng 11/2014 là 5.401 tỷ đồng chưa có hiệu quả.
Thanh tra Chính phủ đã chuyển hồ sơ sang Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật đối với các sai phạm trong quá trình đầu tư xây dựng dự án nhiên liệu sinh học Phú Thọ và Dung Quất có dấu hiệu cố ý làm trái và/hoặc thiếu tinh thần trách nhiệm trong việc lựa chọn địa điểm xây dựng (dự án Dung Quất), trong chỉ định thầu, trong ký kết và thực hiện các hợp đồng EPC, dẫn đến những hậu quả nghiêm trọng.
Từ 3/10/2014 đến 5/1/2015, đoàn Thanh tra đã tiến hành thanh tra tại các dự án nhiên liệu sinh học gồm: Cty Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí (PVB), Cty CP Nhiên liệu sinh học dầu khí miền Trung (PCB) và Cty TNHH Nhiên liệu sinh học Phương Đông. Sau khi có báo cáo kết quả thanh tra vào ngày 31/12/2015, Thanh tra Chính phủ đã có dự thảo kết luận báo cáo Thủ tướng.
Đến tháng 6/2016, Văn phòng Chính phủ đã có thông báo ý kiến kết luận của Thủ tướng về việc hoàn thiện kết luận thanh tra và đến tháng 8/2016, Phó thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình đã có yêu cầu Thanh tra Chính phủ kết luận rõ trách nhiệm của PVN và tập thể, cá nhân để xảy ra vi phạm trong việc: chỉ định thầu, đàm phán về giá hợp đồng EPC; miễn bảo lãnh thực hiện hợp đồng, bảo lãnh tiền tạm ứng cho các nhà thầu và các vi phạm khác.
