Đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, được Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng chỉ đạo, giám sát với tinh thần “Tuân thủ theo quy định pháp luật, không chịu bất kỳ một sức ép nào của bất cứ tổ chức, cá nhân nào, bảo đảm nghiêm minh, đúng người, đúng tội”.
Từ giai đoạn 1 của vụ án, đã có những ý kiến cho rằng Phạm Công Danh phạm tội trong bối cảnh, hoàn cảnh vì muốn cứu Ngân hàng Đại Tín (sau này là Ngân hàng Xây Dựng), do phải đổ tiền để chăm sóc khách hàng, Phạm Công Danh rút tiền ngân hàng trái phép không vì mục đích cá nhân … Nếu không làm rõ các vấn đề này, thì sẽ không thể thấy được “bộ mặt thật” của Phạm Công Danh.
Tháng 7/2012, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước kết luận Ngân hàng Đại Tín lỗ hơn 6.000 tỷ, mất hết vốn điều lệ và âm tiếp gần 3.000 tỷ, chủ yếu do sai phạm của nhóm Hứa Thị Phấn gây ra. Tháng 2/2013, nhóm Phạm Công Danh tiếp quản Ngân hàng Đại Tín, báo cáo tài chính năm 2012 của ngân hàng này do chính Phan Thành Mai ký với tư cách Phó Tổng Giám đốc thường trực, được kiểm toán bởi Công ty kiểm toán Ernst & Young, thể hiện rất rõ tình hình tài chính yếu kém của ngân hàng.
Công ty Kiểm toán Ernst & Young nêu “Ngân hàng phát sinh khoản lỗ thuần trong năm là 8.930 tỷ đồng và bị âm vốn chủ sở hữu là 5.711 tỷ đồng tại ngày 31/12/2012... Các vấn đề nêu trên gây ra sự hoài nghi về khả năng tiếp tục hoạt động kinh doanh của ngân hàng ...”.Biết rõ thực trạng, Phạm Công Danh, Phan Thành Mai vẫn lập phương án tái cơ cấu ngân hàng trình Ngân hàng Nhà nước và vẫn thực hiện mua cổ phần của nhóm Hứa Thị Phấn.Với số lỗ như của Ngân hàng Đại Tín, không tăng vốn thì không thể tồn tại, đây là điều kiện và cũng là giải pháp do chính Phạm Công Danh đặt ra khi mua ngân hàng.
Công ty Thiên Thanh của Phạm Công Danh chưa bao giờ lớn mạnh, lợi nhuận hàng năm chưa đến 100 triệu đồng, các chỉ số tài chính đều yếu kém. Trước khi mua Ngân hàng Đại Tín, Phạm Công Danh đã nợ hàng ngàn tỷ đồng tại các ngân hàng mà nếu không làm chủ ngân hàng để rút được tiền thì sẽ khó có thể trả được các khoản nợ này. Cái mà Phạm Công Danh gọi là “Tập đoàn Thiên Thanh” thực chất chỉ là Công ty Thiên Thanh và hơn chục Công ty “ma” do Phạm Công Danh, Phạm Công Trung lập ra nhằm tạo hồ sơ khống rút tiền của các ngân hàng.
Hơn 3.600 tỷ trả cho Hứa Thị Phấn, số tiền 4.500 tỷ đồng tăng vốn từ 3.000 tỷ đồng lên 7.500 tỷ đồng đều được Phạm Công Danh rút trực tiếp hoặc gián tiếp từ Ngân hàng Xây Dựng. Thực chất, vốn góp của Phạm Công Danh là vốn khống.Sau khi kiểm soát toàn bộ ngân hàng, rút được hàng chục ngàn tỷ, Phạm Công Danh, Phan Thành Mai làm ra vẻ không biết gì, nêu bị “sốc”, bị lừa khi mua Ngân hàng Đại Tín.Phạm Công Danh đã cố tình bị lừa và lại cố ý đi lừa Ngân hàng Nhà nước để mua được ngân hàng.
Trong vụ án Oceanbank, Hà Văn Thắm và Nguyễn Xuân Sơn đã thu phí hơn 69 tỷ đồng của nhiều khách hàng thông qua Công ty BSC và Nguyễn Xuân Sơn đã sử dụng. Trong toàn bộ số tiền hơn 1.500 tỷ đồng bị chi trái pháp luật tại Oceanbank, hơn 240 tỷ đồng được cơ quan pháp luật chứng minh Nguyễn Xuân Sơn đã nhận.
Mặc dù nhiều lời khai cho rằng đây là tiền chăm sóc khách hàng, do không chứng minh được địa chỉ cụ thể, Nguyễn Xuân Sơn cùng Hà Văn Thắm đã bị xét xử về tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản, tham ô tài sản với hình phạt tử hình cho Nguyễn Xuân Sơn và chung thân cho Hà Văn Thắm. Tại Oceanbank, vốn góp của nhóm Hà Văn Thắm lên đến gần 63%. Hầu hết các khoản bị chi trái phép đều có theo dõi, chuyển cho các chi nhánh của Oceanbank.
Tại Ngân hàng Xây Dựng, Phạm Công Danh không góp bất cứ đồng tiền nào của mình vào ngân hàng. Phạm Công Danh rút tiền trái phép hơn 18.000 tỷ đồng, có nhiều tỷ không xác định được Phạm Công Danh chi tiêu vào việc gì. Tại giai đoạn 1 của vụ án, Phạm Công Danh và Phan Thành Mai từ chối khai về cách thức chi chăm sóc khách hàng, sổ sách ghi chép, tính toán về việc chăm sóc khách hàng
Không những thế, Phạm Công Danh còn sử dụng tiền rút ra trả các khoản nợ riêng từ trước như: rút tiền vay từ Sacombank trả nợ 2.600 tỷ đồng tại một ngân hàng khác liên quan đến sân vận động Chi Lăng; rút tiền từ Ngân hàng Xây Dựng thông qua hợp đồng khống thuê trụ sở trả nợ 154 tỷ đồng của Công ty Hải Tiến; rút tiền vay trả nợ 100 tỷ đồng của Công ty Hải Tiến, trả 37,9 tỷ đồng lãi vay của Công ty Thiên Thanh tại các ngân hàng khác, trả nợ cá nhân Danh với bà Nguyễn Thị Thiện Tâm 40 tỷ đồng; rút tiền vay trả nợ 623 tỷ đồng của Công ty Hải Tiến. Đặc biệt, có nhiều khoản được dùng trả lương cho nhân viên Công ty Thiên Thanh, mua rượu.
Toàn bộ tiền rút ra của Phạm Công Danh đều sử dụng cho mục đích cá nhân được chia thành 3 loại: mua cổ phần Ngân hàng Xây Dựng; trả nợ chi tiêu cá nhân; không xác định được địa chỉ. Phạm Công Danh không có tiền và không bỏ ra bất cứ đồng tiền nào để cơ cấu Ngân hàng Xây Dựng. Phạm Công Danh mua Ngân hàng Xây Dựng chỉ để rút tiền.
Nhiều luật sư cho rằng cần xử lý hành vi có dấu hiệu chiếm đoạt tài sản của Phạm Công Danh.