Báo cáo dẫn số liệu của Ủy hội sông Mekong quốc tế cho thấy trước 2012, tác động từ thượng nguồn đến vùng còn nhỏ, dòng chảy gần với quy luật tự nhiên.
Song đến 2024, các quốc gia đã xây dựng 128 hồ (13 hồ trên dòng chính, 115 hồ trên dòng nhánh) với dung tích khoảng 88 tỷ m3, dự kiến tăng lên 90 - 95 tỷ m3 vào năm 2030 và sẽ đạt 120 tỷ m3 khi hoàn thành 231 hồ theo quy hoạch giai đoạn 2040 - 2060.
Trong tương lai, khi các nước ở thượng nguồn hoàn thành hồ chứa theo quy hoạch, cùng với nước biển dâng, biến đổi khí hậu, hạ thấp lòng dẫn sông, xâm nhập mặn có xu thế gay gắt, bất thường hơn. Mức độ xâm nhập sâu vào đất liền phổ biến cao hơn trung bình nhiều năm 5 - 7km; các đợt hạn mặn nghiêm trọng như mùa khô năm 2015 - 2016, 2019 - 2020 xuất hiện thường xuyên hơn.
Xâm nhập mặn có xu hướng ảnh hưởng đến nguồn nước ngọt tại ĐBSCL sớm hơn trước đây 1 - 1,5 tháng. Trước 2012, mặn thường đến từ tháng 2 đến tháng 4, đỉnh mặn vào cuối tháng 3 - 4, là tháng có dòng chảy kiệt nhất. Hiện nay, vào những năm dòng chảy thượng nguồn về thấp, xâm nhập mặn xuất hiện từ cuối tháng 12 năm trước, đỉnh mặn vào tháng 2 hoặc đầu tháng 3.
Từ tháng 4/2024 đến nay, xâm nhập mặn vùng ven biển gia tăng, một số thời điểm độ mặn tăng cao đột biến. Như ngày 18 - 22/4, tại cầu Cái Tư (sông Cái Lớn) độ mặn hơn 3 - 4g/lít, tại Bắc Hồng Dân hơn 10g/lít, ảnh hưởng lấy nước cho sản xuất nông nghiệp tại các tỉnh Kiên Giang, Hậu Giang, Bạc Liêu, Sóc Trăng.
Cục Thủy lợi lý giải nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là nguồn nước thượng lưu về ĐBSCL tháng 4/2024 ở mức thấp, kết hợp nắng nóng kéo dài, lượng nước bốc hơi cao. Các địa phương đồng loạt xuống giống vụ Hè Thu làm mực nước nội đồng giảm nhanh.
Bên cạnh đó, công trình phân ranh nguồn nước nội vùng chưa hoàn thiện, nước mặn từ Biển Đông qua hệ thống thủy lợi Quản Lộ - Phụng Hiệp phục vụ nuôi trồng thủy sản cho tỉnh Bạc Liêu đã làm gia tăng độ mặn nguồn nước của hệ thống Cái Lớn - Cái Bé.
Nhìn chung, so với các đợt xâm nhập mặn lịch sử năm 2015 - 2016, 2019 - 2020, chiều sâu ranh mặn 4g/lít của đợt mặn 2023 - 2024 ở mức thấp hơn. Nhưng do thiếu hụt lượng mưa, đặc biệt nhiều nơi cả tháng không có mưa, kết hợp nắng nóng liên tục, đã làm gia tăng tác động ở một số địa phương, nhất là Cà Mau.
Dự báo, ở vùng các cửa sông Cửu Long, từ tháng 5 xâm nhập mặn giảm, không còn ảnh hưởng đến nguồn nước phục vụ sản xuất nông nghiệp từ đầu tháng 6. Ở vùng sông Vàm Cỏ, xâm nhập mặn có xu hướng tăng, khả năng đạt đỉnh cao nhất vào 23 - 27/4 hoặc 6 - 10/5 và duy trì ở mức cao đến hết tháng 5. Từ cuối tháng 6, hạn mặn giảm nhanh.