Ngày 06/06/2003, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 62/2003/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp. Với Nghị định số 62/2003/NĐ-CP, Trung tâm tin học - Bộ Tư pháp đã chính thức được thành lập với chức năng xây dựng, phát triển, nghiên cứu ứng dụng và khai thác công nghệ thông tin phục vụ hoạt động của Bộ, ngành Tư pháp.
Trong giai đoạn ban đầu, vượt qua nhiều khó khăn, thách thức cùng với sự lớn mạnh của Bộ, ngành và xu thế phát triển mạnh mẽ của công nghệ thông tin, Trung tâm Tin học đã bước đầu đáp ứng được các yêu cầu về tin học hóa và ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động của Bộ, ngành Tư pháp. Sau 5 năm hoạt động (2003-2008), để phục vụ tốt hơn nhiệm vụ chính trị của Bộ, ngành và phù hợp với xu thế phát triển chung, Cục Công nghệ thông tin được thành lập thay thế cho Trung tâm tin học (Nghị định số 93/2008/NĐ-CP ngày 22/8/2008 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp). Trên cơ sở đó, ngày 04/12/2008, Bộ trưởng Bộ Tư pháp đã ký Quyết định 2276/QĐ-BTP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Công nghệ thông tin.
Trải qua 15 năm cùng với sự phát triển của Bộ, ngành Tư pháp, Cục Công nghệ thông tin ngày càng lớn mạnh cả về chất và lượng, với nhiệm vụ được giao ngày càng được mở rộng và nặng nề hơn. Nếu như số lượng cán bộ ban đầu chỉ vỏn vẹn chưa đến 10 người thì đến nay, số lượng cán bộ công chức Cục Công nghệ thông tin đã tăng lên gần 30 người. Về cơ cấu tổ chức, Cục Công nghệ thông tin có 4 phòng và 1 Trung tâm gồm: Văn phòng Cục, Phòng Thông tin điện tử, Phòng Hệ thống thông tin và Cơ sở dữ liệu, Phòng Hạ tầng kỹ thuật và đảm bảo an toàn thông tin cùng Trung tâm kỹ thuật và chuyển giao công nghệ. Nhằm đáp ứng những đòi hỏi ngày càng cao trong giai đoạn mới, Cục Công nghệ thông tin đang sắp xếp lại cơ cấu tổ chức theo hướng tinh gọn, hiện đại, hiệu quả với 3 phòng và 1 trung tâm.
Về chức năng và nhiệm vụ được giao, từ lúc ban đầu là giúp Bộ trưởng tổ chức việc thực hiện xây dựng một số cơ sở dữ liệu cụ thể thì hiện nay, Cục Công nghệ thông tin đang được giao tham mưu giúp Bộ trưởng tổ chức thực hiện toàn bộ việc ứng dụng công nghệ thông tin trong tất cả các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ, ngành Tư pháp; quản lý, xây dựng, phát triển và khai thác cơ sở dữ liệu quốc gia trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ, ngành theo quy định của pháp luật.
Thực hiện việc ứng dụng công nghệ thông tin trong các lĩnh vực Bộ Tư pháp quản lý, Cục Công nghệ thông tin đã xây dựng và cung cấp nhiều phần mềm ứng dụng phục vụ việc quản lý nhà nước và thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn, tiêu biểu như: Hệ thống thư điện tử; Hệ thống giao ban điện tử đa phương tiện; Phần mềm Quản lý văn bản, điều hành và hồ sơ lưu trữ; Phần mềm Quản lý cán bộ và các chức danh tư pháp; Phần mềm Quản lý Lý lịch tư pháp; Phần mềm quản lý công tác thi đua – khen thưởng; Phần mềm Quản lý Hộ tịch; Phần mềm quản lý Quốc tịch; Phần mềm Quản lý Hồ sơ ủy thác tư pháp; Phần mềm theo dõi chế độ báo cáo Thống kê ngành Tư pháp; Phần mềm quản lý đăng ký tài sản nhà nước, Phần mềm Số hóa văn bản. Bên cạnh đó là các ứng dụng CNTT phục vụ người dân và tổ chức tiêu biểu như: Cơ sở dữ liệu quốc gia về văn bản pháp luật, Cơ sở dữ liệu quốc gia về thủ tục hành chính; Phần mềm Quản lý Đăng ký giao dịch bảo đảm, cho thuê tài chính; Cơ sở dữ liệu về Hỏi đáp và Tư vấn pháp luật...
Bên cạnh đó là đơn vị được giao quản lý, duy trì Cổng thông tin điện tử Bộ Tư pháp, trong thời gian qua, Cổng thông tin điện tử đã thực hiện tốt chức năng của mình là kênh thông tin chính thức của Bộ Tư pháp, thường xuyên cung cấp các thông tin hoạt động trên tất cả các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Bộ, ngành. Cổng thông tin điện tử được tích hợp nhiều trang thông tin, ứng dụng, dịch vụ phục vụ đắc lực công tác chỉ đạo, điều hành của Lãnh đạo Bộ, hoạt động chuyên môn nghiệp vụ của các đơn vị thuộc Bộ cũng như nhu cầu tra cứu, khai thác của cá nhân, tổ chức.
Trong 15 năm qua, tập thể Lãnh đạo, cán bộ, công chức, viên chức Cục Công nghệ thông tin đã bền bỉ phấn đấu và nỗ lực không ngừng hoàn thành tốt các nhiệm vụ chính trị mà Lãnh đạo Bộ giao phó, đáp ứng ngày càng tốt hơn yêu cầu về ứng dụng công nghệ thông tin trong lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành và thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn của Bộ, ngành Tư pháp. Có thể thấy 15 năm là một chặng đường không dài nhưng những nỗ lực của Cục Công nghệ thông tin đã góp phần vào thành công chung của Bộ, ngành Tư pháp. Những nỗ lực, đóng góp đó đã được Đảng, Chính phủ và Bộ, ngành ghi nhận với nhiều Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ cho tập thể và cá nhân trong đơn vị.