Theo quy định tại khoản 2 Điều 15 của Nghị quyết số 42, khi xử lý tài sản để thi hành án, các bên tham gia giao dịch vẫn phải nộp các khoản thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Theo đó, khi tài sản đã được xử lý thì người phải thi hành án phải nộp thuế thu nhập do có thu nhập phát sinh từ việc chuyển nhượng tài sản.
Cùng với đó, điểm a.3 khoản 3 Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 cũng quy định rõ cơ quan quản lý bất động sản chỉ làm thủ tục chuyển quyền sở hữu, quyền sử dụng bất động sản khi đã có chứng từ nộp thuế thu nhập cá nhân hoặc xác nhận của cơ quan thuế về khoản thu nhập từ việc chuyển nhượng bất động sản thuộc trường hợp được miễn thuế hoặc tạm thời chưa thu thuế.
Các quy định trên đã dẫn đến vướng mắc trong việc chuyển quyền sở hữu, sử dụng tài sản cho người mua khi số tiền thu được từ việc xử lý tài sản bảo đảm không đủ hoặc chỉ đủ để thanh toán cho khoản nợ xấu của tổ chức tín dụng và người phải thi hành án không còn tài sản nào khác. Vướng mắc này đã tạo tâm lý bức xúc cho người mua trúng đấu giá hoặc người được thi hành án do không được chuyển quyền sở hữu, sử dụng vì chưa được thanh toán tiền thi hành án khi chưa chuyển giao tài sản cho người mua.
Từ đó dẫn đến khiếu nại, tố cáo, thậm chí có thể phải hủy kết quả bán đấu giá, bồi thường thiệt hại. Cơ quan thi hành án dân sự (THADS) mặc dù đã xử lý xong tài sản bảo đảm nhưng không kết thúc được hồ sơ, hiệu quả từ việc bán tài sản thi hành để thu hồi các khoản nợ xấu của các tổ chức tín dụng bị giảm sút do tâm lý e ngại mua tài sản vì sợ không giao được hoặc không thể làm thủ tục chuyển sở hữu, sử dụng.
Xét về hợp đồng mua bán tài sản thì khi người mua đã nộp đủ tiền cũng như các loại thuế và phí thì được nhận tài sản. Nếu người mua không đồng ý thì không thể buộc họ phải nộp thuế thay người phải thi hành án. Mặt khác, ngoài việc phải có chứng từ nộp thuế thu nhập cá nhân nếu được làm thủ tục thì điểm a.3 khoản 3 Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 cũng quy định về phương án linh hoạt là được làm thủ tục chuyển nhượng nếu có xác nhận của cơ quan thuế về việc tạm thời chưa thu thuế. Nếu vận dụng được quy định này thì sẽ góp phần đảm bảo quyền lợi của các bên và ngân sách nhà nước cũng không bị thất thu.
Liên quan tới việc đăng ký biến động đất đai, theo quy định tại Điều 104 Luật THADS thì sau lần giảm giá thứ hai trở đi mà không có người tham gia đấu giá, trả giá hoặc bán đấu giá không thành thì người được thi hành án có quyền nhận tài sản để trừ vào số tiền được thi hành án. Còn Điều 106, Luật THADS quy định người mua được tài sản thi hành án, người nhận tài sản để trừ vào tiền được thi hành án được pháp luật công nhận và bảo vệ quyền sở hữu sử dụng đối với tài sản; cơ quan nhà nước có thẩm quyền có trách nhiệm làm thủ tục, đăng ký, chuyển quyền sở hữu, sử dụng cho người mua, người nhận… Do đó, khi tổ chức tín dụng nhận tài sản thi hành án theo quy định này thì cơ quan THADS có trách nhiệm cung cấp đầy đủ những văn bản, giấy tờ theo quy định cho người nhận tài sản.
Trong trường hợp này, việc nhận tài sản để trừ vào tiền được coi là giao dịch chuyển giao tài sản từ người khác phải thi hành án sang người được thi hành án nên về nguyên tắc phải thực hiện việc chuyển quyền sở hữu, sử dụng tài sản và có trách nhiệm nộp các khoản thuế, phí phát sinh theo quy định. Việc tổ chức tín dụng đề nghị rút ngắn thủ tục hành chính đăng ký biến động tài sản khi tổ chức tín dụng nhận tài sản thi hành án và sau đó chuyển nhượng cho người thứ ba thì chỉ làm thủ tục chuyển nhượng tài sản từ người phải thi hành án sang cho người thứ ba là thiếu cơ sở.
Ngoài ra, các cơ quan THADS còn gặp nhiều vướng mắc liên quan tới án phí khi áp dụng Nghị quyết số 42. Đối với trường hợp khi xử lý tài sản bảo đảm cho khoản nợ xấu của các tổ chức tín dụng mà số tiền thu được từ việc xử lý tài sản không đủ hoặc chỉ đủ thanh toán nghĩa vụ có bảo đảm của khoản nợ xấu thì khoản án phí dân sự coi như đã được thi hành xong. Tuy nhiên, về nguyên tắc thì cơ quan THADS phải thi hành theo đúng nội dung bản án, quyết định. Việc xác định khoản thi hành đã xong dựa trên kết quả thực hiện của đương sự hoặc khoản đó đã được miễn, giảm theo quy định. Do đó, cần sự thống nhất của các bộ, ngành có liên quan đối với những trường hợp nêu trên để thực hiện đảm bảo, thống nhất trong toàn hệ thống THADS.