Ngôi chùa này được sáng lập bởi thiền sư Liễu Thông (1754 – 1840) vào đầu thế kỷ 19, dưới triều vua Gia Long. Chùa được xây dựng trên nền móng của một ngôi chùa Khmer cổ kính đã bị hoang phế và nằm trên một đồi nhỏ bên ao Bàu Chuông, trước đây có trồng sen. Tuy nhiên, hồ sen đã trải qua thời gian và công trình trùng tu nên đã mất đi.
Tích sử chùa có ghi lại rằng vào thời vua Gia Long, người Khmer quyết định bỏ chùa đi. Khi rời đi, mọi người đem theo tượng Phật và chuông bằng đồng.
Các vật dụng này được người Khmer chất lên lưng một con voi trắng. Không may, khi voi di chuyển được một đoạn thì bất ngờ bị sụt chân xuống ao sen quanh chùa khiến tượng Phật, chuông đồng rơi xuống nước.
Sau này, người ta vớt được tượng Phật rồi đem vào chùa thờ. Tuy nhiên, có chiếc chuông dù đã khổ công tìm kiếm nhưng vẫn không thấy. Sau đó, vào những ngày lành mỗi tháng, dân quanh vùng thường nghe tiếng chuông từ dưới bàu nước ấy vang lên. Thấy sự lạ, người dân đặt tên cho bàu nước có chuông rơi xuống là Bàu Chuông.
Sau này, người dân lấn chiếm đất, đổ chất thải xuống Bàu Chuông nên ao nước này bị ô uế. Từ đó, không còn ai nghe thấy tiếng chuông vọng lên nữa.
Để nhắc nhớ giai thoại này, Phụng Sơn tự được xây dựng, thờ tượng voi trắng cõng trên lưng tượng Phật, chuông đồng trong khuôn viên chùa. Bên cạnh tượng này có tấm bia ghi lại nội dung giai thoại nói trên.
 |
Bức tượng tái hiện giai thoại voi trắng chở tượng Phật, chuông đồng (Ảnh: Vietnamnet) |
Thiền sư Liễu Thông đã chọn nơi này với cảnh trí thanh tịnh, thích hợp cho việc tu hành và đặt tên chùa là "Gò". Sau đó, một con chim phụng đậu trên cây ngô đồng trước am và cất tiếng gáy, thiền sư xem đó là điềm lành và quyết định đổi tên thành Phụng Sơn Tự.
Hiện nay, chùa Phụng Sơn vẫn rợp bóng cây xanh với nhiều cây cổ thụ có tuổi đời ngoài trăm năm. Tuy nhiên, nổi tiếng hơn cả là cây bạch mai được trồng từ năm 1909.
Theo lịch sử, vào năm 1909, nhà sư Huệ Minh mang về chùa một giống mai quý hiếm để trồng. Đến nay, một cây mai cổ thụ vẫn hiện diện tại bên hông chùa Phụng Sơn, là bảo vật lịch sử của nơi này.
Cây bạch mai cổ tại Phụng Sơn tự vút cao khỏi mái chùa. Tuy nhiên, hiện cây không còn nhiều cành, nhánh lớn vì đã được cắt, tỉa gọn gàng.
Phía trên thân cây lớn khoảng 1 người ôm là những nhánh nhỏ, xanh tốt, phủ lên một góc mái chùa. Do già cỗi, một phần gốc cây mục ruỗng khiến cây nghiêng, đổ về phía mái chùa. Trước tình hình này, chùa đã họp bàn với chính quyền địa phương tìm cách bảo vệ, chăm sóc cây.
 |
Cây đã được cắt tỉa gọn gàng (Ảnh: Vietnamnet) |
Bên trong chùa, các cột ở chính điện được làm từ gỗ tốt, đã trở nên đen bóng qua thời gian. Chùa được thiết kế theo kiểu "tiền Phật, hậu Tổ" với nhiều tượng Phật xưa được chế tác tinh xảo bằng gỗ và trang trí bằng vàng. Chùa có khoảng 40 pho tượng thờ, nhiều trong số đó được thợ từ Sa Đéc chế tác vào những năm đầu theo lời mời của hòa thượng Huệ Minh (trụ trì chùa giai đoạn 1904 – 1915). Nhiều tượng thờ có giá trị lịch sử và nghệ thuật cao như bộ Di Đà Tam Tôn, bộ Ngũ Hiền thượng kỳ thú, toát lên nét đặc sắc của Phật giáo.
 |
 |
| Chùa có nhiều pho tượng Phật (Ảnh: phattuvietnam.net) |
 |
| Gian thờ bên trong chùa (Ảnh: phattuvietnam.net) |
Mặc dù đã được trùng tu một số lần, chùa vẫn giữ nguyên kiến trúc cổ với bộ khung gỗ và mái ngói âm dương.
 |
Chùa vẫn giữ nguyên kiến trúc cổ sau nhiều lần tu sửa (Ảnh: phattuvietnam.net) |
