NQTM và chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN giống nhau ở điểm cả hai đều có hoạt động chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng sở hữu trí tuệ, đều có bên giao và bên nhận. Tuy nhiên, đây là hai hoạt động kinh doanh hoàn toàn khác nhau, có thể dựa vào các tiêu chí sau để phân biệt:
Thứ nhất, đối tượng hợp đồng NQTM rộng hơn so với hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN. Nếu như hoạt động chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN chỉ dừng lại ở việc chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng SHCN thì ở nhượng quyền thương mại, quyền sử dụng các đối tượng SHCN chỉ là một phần của việc chuyển giao. Bên cạnh đó, còn là sự chuyển giao về cách thức, bí quyết tiến hành kinh doanh, khẩu hiệu kinh doanh.
Thứ hai, bên nhận chuyển giao chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN ngoài việc sử dụng đối tượng SHTT của bên giao thì không còn mối quan hệ nào với chủ thể giao chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN.
Ngược lại, trong hợp đồng NQTM, mối quan hệ giữa các chủ thể rất chặt chẽ, bên nhận quyền phải tuân theo các quy định tiêu chuẩn kỹ thuật do bên nhượng quyền đặt ra, đồng thời phải chịu sự kiểm soát của bên nhượng quyền. Đổi lại, bên nhượng quyền có nghĩa vụ giúp đỡ, hỗ trợ cho bên nhận quyền trong suốt thời gian có hiệu lực của hợp đồng.
Thứ ba, phí trong thời gian hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN là phí trả cho từng đối tượng chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền sở hữu công nghiệp cụ thể, còn phí trong HĐ NQTM chính là khoản tiền trả cho việc sử dụng tổng hợp mọi quyền SHTT được giao bởi bên nhượng quyền.
Điểm khác biệt là trong hợp đồng NQTM, bên nhượng quyền cho phép bên nhận quyền được tiến hành các hoạt động sản xuất kinh doanh theo những cách thức của bên nhượng quyền để sản xuất, kinh doanh. Nhưng với hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN, bên nhận chuyển giao chỉ được quyền sử dụng các đối tượng SHTT để tiến hành kinh doanh và không nhận được sự trợ giúp nào từ bên chuyển giao quyền sử dụng các đối tượng của quyền SHCN, nếu có thì cũng chỉ là sự hỗ trợ ban đầu khi chuyển giao các đối tượng SHCN.
