Theo Quyết định 579/QĐ-TTg ngày 17/5/2019 của Thủ tướng Chính phủ, cơ cấu vốn đầu tư dự án cao tốc Hòa Bình - Mộc Châu gồm: Vốn BOT của nhà đầu tư huy động 17.294 tỷ, vốn nhà nước tham gia bằng giá trị quyền sử dụng đất 5.000 tỷ từ quỹ đất (Sơn La 4.100 tỷ, Hòa Bình 900 tỷ) theo hình thức hợp đồng BT.
Thủ tướng giao UBND tỉnh Sơn La đề xuất thêm phương án tham gia của Nhà nước trong dự án bằng nguồn vốn NSTW, vốn ngân sách địa phương (NSĐP) với mục đích để giảm chi phí sử dụng công trình cho nhân dân và tăng tính hấp dẫn, tăng tính khả thi của dự án.
Tại Thông báo 274/TB-VPCP ngày 2/8/2019 của VPCP Kết luận tại cuộc họp Thường trực Chính phủ về việc triển khai một số dự án quan trọng, Thủ tướng sau đó đã đồng ý với kiến nghị của UBND tỉnh Sơn La tại Văn bản số 2467/UBND-TH ngày 5/7/2019.
Tại Văn bản này, Sơn La đề xuất phương án khác so với phương án được duyệt ban đầu: Nhà nước tham gia bằng quỹ đất đối ứng trị giá 5.000 tỷ và góp vốn, hỗ trợ từ NSTW, NSĐP khoảng 5.000 tỷ. Trong đó, cân đối trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025 khoảng 5.000 tỷ (các nguồn vốn NSTW, ngoài phần kế hoạch trung hạn giai đoạn 2021-2025 của tỉnh).
Tại Tờ trình 157/TTr-UBND ngày 27/7/2020, UBND tỉnh Sơn La lại thay đổi phương án đã được Thủ tướng đồng ý trước đó. Lần này Sơn La đề xuất phương án điều chỉnh cấu phần vốn BT của Nhà nước tham gia dự án thanh toán bằng giá trị quyền sử dụng đất như nói trên sang hình thức Nhà nước góp vốn và hỗ trợ thực hiện một số hạng mục dự án như: Giải phóng mặt bằng, tái định cư, xây dựng công trình phụ trợ và một phần công trình… với số tiền 9.950 tỷ từ nguồn ngân sách nhà nước.
Trong đó, 5.000 tỷ từ nguồn thu chuyển quyền sử dụng đất, cho thuê đất từ quỹ đất của các địa phương hiện đang dự kiến đối ứng cho dự án và 4.850 tỷ còn thiếu (Sơn La đã được bổ sung 100 tỷ từ nguồn dự phòng NSTW năm 2019) bố trí trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025, bổ sung ngoài hạn mức NSTW cho tỉnh.
Trong văn bản cho ý kiến với đề xuất điều chỉnh của Sơn La, Bộ Tài chính cho biết: Ngày 8/7/2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết 973/2020/UBTVQH14 quy định về nguyên tắc, tiêu chí và định mức phân bổ vốn đầu tư công của Nhà nước tham gia thực hiện dự án PPP. Trên cơ sở đó, Thủ tướng đã ban hành Quyết định 26/QĐ-TTg ngày 14/9/2020 quy định chi tiết thi hành một số điều Nghị quyết trên.
Vì thế, để có cơ sở báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định; đề nghị UBND tỉnh Sơn La phối hợp UBND tỉnh Hòa Bình bổ sung một số nội dung: Làm rõ cơ sở, căn cứ đề xuất điều chỉnh tăng phần vốn tham gia dự án từ nguồn NSTW so với phương án Nhà nước góp vốn đã được Thủ tướng phê duyệt tại QĐ 579/QĐ-TTg ngày 17/5/2019.
Về kiến nghị của Sơn La bố trí 4.850 tỷ trong kế hoạch vốn đầu tư trung hạn 2021-2025, ngoài phần kế hoạch trung hạn giai đoạn 2021-2025 của địa phương này, Bộ Tài chính đề nghị UBND tỉnh căn cứ Luật Đầu tư công, Nghị quyết 973/NQ/UBTVQH14, Chỉ thị 20/CT-TTg ngày 29/7/2019 của Thủ tướng về lập kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025 và Quyết định 26/2020/QĐ-TTg để báo cáo cấp thẩm quyền xem xét, quyết định.
Với bố trí 5.000 tỷ từ nguồn thu chuyển quyền sử dụng đất, cho thuê đất từ quỹ đất của địa phương, Bộ Tài chính nhấn mạnh, cần phân định rõ nguồn vốn ngân sách tham gia của từng địa phương theo phân kỳ đầu tư, đảm bảo thực hiện theo đúng quy định về quản lý, sử dụng NSNN và tài sản công, đảm bảo phù hợp, hài hòa các nguồn lực đầu tư và quy hoạch sử dụng đất, đồng thời phát huy hiệu quả kinh tế - xã hội chung của các địa phương.
Ngoài ra, Sơn La cần có phương án chủ động cân đối, bố trí nguồn vốn NSĐP để tham gia dự án trong trường hợp NSTW không bố trí đủ để góp vốn và hỗ trợ thực hiện một số hạng mục của dự án như đề xuất.
Theo Quyết định 579/QĐ-TTg ngày 17/5/2019 của Thủ tướng, mục tiêu Dự án cao tốc Hòa Bình - Mộc Châu là để đáp ứng nhu cầu vận tải kết nối trung tâm kinh tế, chính trị với các tỉnh Tây Bắc, các khu kinh tế, khu du lịch quốc gia, khu công nghiệp, phục vụ cho các mục tiêu thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội và đảm bảo quốc phòng - an ninh, góp phần tăng năng lực cạnh tranh của nền kinh tế. Kết nối các khu vực lân cận và dọc tuyến để tạo điều kiện phát triển kinh tế - xã hội cho các khu vực này; kết nối với các khu vực chính của tỉnh Hòa Bình và Sơn La, thay đổi tình trạng QL6 là đường độc đạo.