Theo dự thảo, 12 đoạn, tuyến cao tốc do Nhà nước đầu tư, trong đó có 8 đoạn cao tốc Bắc - Nam phía Đông dự kiến được thu phí từ ngày 1/10. Các đoạn, tuyến cao tốc sẽ được thu phí gồm: Lào Cai - Kim Thành, Hà Nội - Thái Nguyên, TP HCM - Trung Lương, Cao Bồ - Mai Sơn, Mai Sơn - QL45, QL45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu, Cam Lộ - La Sơn, La Sơn - Hòa Liên, Vĩnh Hảo - Phan Thiết, Phan Thiết - Dầu Giây, Mỹ Thuận - Cần Thơ. Những đoạn, tuyến cao tốc này đều do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và trực tiếp quản lý, khai thác.
Có hai mức phí với hai loại cao tốc. Với cao tốc 4 làn xe, có làn dừng khẩn cấp liên tục (mức 1), mức phí thấp nhất từ 1.300 đồng/km (xe dưới 12 chỗ, xe tải dưới 2 tấn), cao nhất là 5.200 đồng/km (xe tải trên 18 tấn, container 40 feet).
Với cao tốc 4 làn xe, không có làn dừng khẩn cấp chạy liên tục (mức 2), mức phí từ 900 đồng/km đến 3.600 đồng/km tùy từng nhóm xe. Dự kiến, Nhà nước thu được 3.210 tỷ đồng mỗi năm, nộp ngân sách khoảng 2.850 tỷ đồng.
Bộ GTVT cho biết, thu phí sử dụng cao tốc sẽ không xảy ra hiện tượng "phí trùng phí". Cao tốc đem lại lợi ích cho người tham gia giao thông cao hơn so với quốc lộ song hành. Người dân có quyền lựa chọn đi trên quốc lộ hoặc trả tiền sử dụng cao tốc để hưởng chất lượng dịch vụ cao hơn.
Ngoài ra, việc thu phí nhằm quản lý phương tiện lưu thông, cân bằng giữa các tuyến cao tốc và quốc lộ, kiểm soát xe quá tải, giúp tăng khả năng khai thác của cao tốc. Nhà nước thu phí cao tốc không phải vì lợi nhuận mà nhằm bảo trì và đầu tư phát triển các tuyến cao tốc mới. Mức thu được nghiên cứu thận trọng, tránh tác động quá lớn đến Chỉ số CPI và chi phí logistics.
