Ngoài hướng dẫn về việc áp dụng hình phạt tương ứng với mức giá trị tài sản bị chiếm đoạt thì Nghị quyết 01/2001 của Hội đồng Thẩm phán TANDTC còn có một hướng dẫn quan trọng khác: người phạm tội bị xử phạt tử hình, nhưng người phạm tội đã bồi thường được một phần đáng kể giá trị tài sản bị chiếm đoạt (hoặc người thân thích, ruột thịt... của người phạm tội đã bồi thường thay cho người phạm tội) thì có thể không xử phạt tử hình người phạm tội và tùy vào số tiền đã bồi thường được mà có thể xử phạt người phạm tội tù chung thân hoặc tù có thời hạn.
Được coi là đã bồi thường được một phần đáng kể giá trị tài sản bị chiếm đoạt nếu: “a. Đã bồi thường được ít nhất một phần hai giá trị tài sản bị chiếm đoạt; b. Đã bồi thường được từ một phần ba đến dưới một phần hai giá trị tài sản bị chiếm đoạt, nếu có căn cứ chứng minh rằng người phạm tội (hoặc người thân thích, ruột thịt... của người phạm tội) đã thực hiện mọi biện pháp để bồi thường giá trị tài sản bị chiếm đoạt (đã bán hết nhà ở, tài sản có giá trị; cố gắng vay, mượn...) đến mức tối đa”.
Phần 4 của Nghị quyết 01 nêu trên có nội dung: “Khi áp dụng Điểm a Khoản 4 Điều 278 BLHS về tội “Tham ô tài sản” cần chú ý: Trong trường hợp không có tình tiết tăng nặng và không có tình tiết giảm nhẹ hoặc vừa có tình tiết tăng nặng, vừa có tình tiết giảm nhẹ, nhưng đánh giá tính chất tăng nặng và tính chất giảm nhẹ tương đương nhau thì xử phạt người phạm tội mức án tương ứng với giá trị tài sản bị chiếm đoạt như sau:… Xử phạt tử hình nếu tài sản bị chiếm đoạt có giá trị từ ba tỷ đồng trở lên. Trong trường hợp có nhiều tình tiết giảm nhẹ mà không có tình tiết tăng nặng hoặc có ít tình tiết tăng nặng hơn, đồng thời đánh giá tính chất giảm nhẹ và tính chất tăng nặng xét thấy có thể giảm nhẹ trách nhiệm hình sự cho người phạm tội, thì có thể xử phạt người phạm tội mức án nhẹ hơn mức án được hướng dẫn trên như sau:…Xử phạt tù chung thân nếu tài sản bị chiếm đoạt có giá trị từ ba tỷ đồng trở lên (không có mức tử hình- PV).
Trở lại nội dung bản án sơ thẩm có thể thấy, trong tội “Tham ô tài sản” thì Dương Chí Dũng đã bị Tòa áp dụng một tình tiết tăng nặng trách nhiệm hình sự là “có hành động xảo quyệt nhằm trốn tránh, che giấu tội phạm” (bỏ trốn sang Camphuchia để định đi Mỹ). Tuy nhiên, bị cáo này cũng được hưởng hai tình tiết giảm nhẹ là “trong quá trình công tác có nhiều thành tích, được tặng Huân chương, Bằng khen của Thủ tướng, của Bộ GTVT, được công nhận danh hiệu chiến sỹ thi đua…” (Điểm s, Khoản 1, Điều 46 BLHS) và “bố đẻ được tặng thưởng nhiều Huân chương, mẹ đẻ được tặng thưởng Huy chương kháng chiến” (Khoản 2, Điều 46 BLHS). Trong khi đó thì bị cáo Mai Văn Phúc cũng có hai tình tiết giảm nhẹ như bị cáo Dũng và không có tình tiết tăng nặng nào.
Tham khảo ý kiến của một số luật sư, được biết nếu các bị cáo nhận tội và có việc khắc phục hậu quả ở phiên tòa phúc thẩm tới đây thì Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc sẽ có hai tình tiết giảm nhẹ nữa ở tội “Tham ô tài sản” là người phạm tội “tự nguyện bồi thường, khắc phục hậu quả” và “thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải”. Nếu như vậy thì mỗi bị cáo sẽ có bốn tình tiết giảm nhẹ - thuộc trường hợp có nhiều tình tiết giảm nhẹ theo hướng dẫn ở Mục 4.2 Nghị quyết 01? Như vậy, có khả năng Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc sẽ được giảm án tử hình.
Tuy nhiên, nhiều chuyên gia pháp lý cũng cho rằng, Nghị quyết 01 nói trên cũng chỉ mang tính chất hướng dẫn trong công tác xét xử của Tòa án. Còn về nguyên tắc chung thì khi quyết định hình phạt, Tòa án phải căn cứ vào diễn biến công khai tại phiên tòa trên cơ sở các quy định của BLHS, cân nhắc tính chất và mức độ nguy hiểm cho xã hội của hành vi phạm tội, nhân thân người phạm tội, các tình tiết giảm nhẹ và tăng nặng trách nhiệm hình sự.