Theo bản án phúc thẩm số 336/2014/HSPT ngày 17-11-2014, đã chỉ rõ nhiều thiếu sót trong việc đưa ra chứng cứ buộc tội các bị cáo, việc đánh giá chủ thể bị thiệt hại chưa đúng… cụ thể như: Cơ quan điều tra, truy tố không tiến hành lấy lời khai của người đại diện hợp pháp của Cty Biển Đông và Cty VFC theo qui định của Bộ luật tố tụng hình sự để xác minh làm rõ số tiền thiệt hại là thiếu sót nghiêm trọng.
Tại Công văn số 588/BĐ ngày 28-11-2013 của Cty Biển Đông và Công văn số 1072/TCTT-VP ngày 29-11-2013 của Cty VFC gửi VKSNDTC đều cho rằng mình không hề bị thiệt hại trong vụ án. Không những vậy, các cơ quan tiến hành tố tụng vẫn không thực hiện lấy lời khai của hai công ty này theo qui định của Bộ luật hình sự. Việc xác định Cty Biển Đông và Cty VFC là nguyên đơn dân sự là không đúng với qui định của pháp luật. Trong vụ án này, căn cứ vào Điều lệ tổ chức và hoạt động của Vinashin thì Vinashin là chủ sở hữu hai công ty Biển Đông và VFC. Như vậy, cần thiết phải đưa Vinashin vào tham gia tố tụng với tư các là người có quyền lợi và nghĩ vụ liên quan trong vụ án. Việc không xác định tập đoàn Vinashin là người tham gia tố tụng trong vụ án ảnh hưởng đến việc giải quyết đúng đắn, toàn diện vụ án và ảnh hưởng quyền và lợi ích hợp pháp củaTập đoàn Vinashin theo qui định của pháp luật
Căn cứ vào Nghị định số 52/1999/NĐ-CP ngày 08-7-1999 của Chính phủ ban hành Quy chế Quản lý đầu tư và xây dựng và nghị định số 12/2000/N Đ-CP ngày 05-5-2000; Nghị định số 49/2006/NĐ-CP ngày 18-5-2006 của Chính phủ và Quyết định số 15/2001/Q Đ-BXD về việc ban hành định mức chi phí tư vấn đầu tư và xây dựng thì lập Báo cáo nghiên cứu khả thi (BCNCKT) là một phần bắt buộc của dự án mua tàu. Việc Cty Biển Đông đã có các tờ trình Vinashin mua các tàu Energy, Victory, Melody, tàu Vạn Hưng và tàu Biển Đông Star đã được Vinashin phê duyệt; chi phí lập các BCNCKT này đều nằm trong giới hạn pháp luật qui định.. Các BCNCKT đã được Tổng công ty Vinashin phê duyệt, dự án và các chi phí lập báo cáo khả thi được các Ngân hàng thẩm định và quyết định cho vay vốn. Mặc dù Cty Biển Đông đã thực hiện qui trình lập BCNCKT đúng qui định của pháp luật như vậy nhưng vẫn bị Cơ quan ANĐT-BCN qui kết tội làm sai!
Cty Biển Đông đã ký 04 hợp đồng tu vấn BCNCKT với Cty TMN. Các hợp đồng này đã được phía TMN xuất hóa đơn giá trị gia tăng (VAT) đầy đủ, các khoản chi phí được công ty hoạch toán vào tổng mức đầu tư hình thành tài sản cố định và cho đến nay không có vướng mắc nào với cơ quan thuế. Cả 04 dự án trong thời gian đầu tư đã được các đoàn kiểm tra như Thanh tra Chính phủ, Thanh tra Bộ tài chính, Kiểm toán nhà nước, Kiểm toán độc lập và đều không có kết luận nào nêu lên việc có thiệt hại với Công ty. Trên thực tế, cả 05 con tàu đã được Cty Biển Đông mua đưa vào khai thác có hiệu quả, dự án đầu tiên tàu Energy đã bán lại cho nước ngoài, làm lợi cho công ty hơn 10 triệu USD.
Việc Cty Biển Đông ký hợp đồng tư vấn BCNCKT với Cty VFC là đúng thỏa thuận của hai bên. Việc ký kết hợp đồng, sau khi các bên triển khai nội dung công việc (lập BCNCKT) không phải là hành vi lập khống hợp đồng. Tòa cấp sơ thẩm xác định “Trong năm 2006, 2007, 2008 Bùi Quốc Anh, Đôc Thị Bích Thủy, Ngô Văn Nhuận đã có hành vi bàn bạc thống nhất ký hợp đồng khống giữa Cty Biển Đông, Cty TMN, Cty VFC, BCNCKT năm dự án mua tàu cũ… Để hợp thức hóa chi số tiền 4.782.000.000 đồng” là không phù hợp với diễn biến của vụ án. Ngoài lời khai của Đỗ Thị Bích Thủy, không có tài liệu, chứng cứ nào khác chứng minh Ngô Văn Nhuận và Bùi Quốc Anh có bàn bạc thỏa thuận gì về ký kết hợp đồng giữa Cty Biển Đông và Cty TMN về việc lập BCNCKT. Tại phiên tòa phúc thẩm bị cáo Nhuận, bị cáo Anh đều khai thống nhất về nội dung này.
Từ những phân tích nêu trên, trên thực tế đối với các dự án mua tàu của Cty Biển Đông đều có các BCNCKT, các báo cáo này đều được các cơ quan chức năng phê duyệt, thông qua và sử dụng như một bộ phận của dự án mua tàu. Cơ quan điều tra một mặt khẳng định, việc ký hợp đồng với TMN chỉ nhằm hợp thức hóa hồ sơ thanh toán, xong chưa điều tra , làm rõ trên trên thực tế ai là người xây dựng báo cáo này là chưa đầy đủ, toàn diện.
Trong vụ án này, các cơ quan tiến hành tố tụng cấp sơ thẩm xác định “con dấu mang tên Cty TMN đóng trên hợp đồng; biên bản nghiệm thu thanh quyết toán hợp đồng; giấy đề nghị thanh toán của Cty TMN; chữ ký mang tên Bùi Tiến Hải – Giám đốc Cty TMN… các tài liệu trên đều giả do Nguyễn Thúy Hạnh ở số 5, Phù Đổng Thiên Vương, Hai Bà Trưng, Hà Nội thông qua đối tượng là Thành (buôn bán ở khu vực chợ trời) làm giả. Hội đồng xét xử phúc thẩm cho rằng việc cơ quan tiến hành tố tụng chỉ căn cứ vào các lời khai của Nguyễn Thúy Hạnh, chưa tiến hành việc trưng cầu giám định đối với chữ ký, con dấu của Cty TMN trên các tài liệu nêu trên đã xác định các giấy tài liệu này là giả, trong khi lại không khởi tố vụ án làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan tổ chức nhà nước là chưa có căn cứ vững chắc.
Hơn nữa, việc các cơ quan tố tụng cấp sơ thẩm khẳng định các bị cáo đã lập khống hồ sơ thanh toán tiền tiền BCNCKT để rút tiền chi ngoại giao trát pháp luật cho lợi ích cục bộ của Cty Biển Đông, các nội dung chi têu ngoại giao thể hiện đầy đủ trên các hóa đơn, chứng từ có bút phê của lãnh đạo Cty Biển Đông là từ nguồn nào? Chưa làm rõ xem việc chi ngoại giao, lễ tết có sử dụng từ nguồn quỹ phúc lợi khen thương hay không là chưa đủ căn cứ…
Ngoài ra, việc tòa án cấp sơ thẩm xác định số tiền do các bị cáo, gia đình các bị cáo hoặc người liên quan nộp tại kho bạc để khắc phục hậu quả là vật chứng và áp dụng qui định của Bộ luật tố tụng hình sự về xử lý vật chứng đối với các khoản tiền này là không đúng. Bởi lẽ các khoản tiền này không phải là vật chứng theo qui định tại Điều 74 Bộ luật hình sự.
Từ những chứng cứ buộc tội của cơ quan tố tụng cấp sơ thẩm nêu trên đã vi phạm tố tụng nghiêm trọng nên Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm ngày 11-7-2014 quyết định hủy bản án sơ thẩm số 79/HSST ngày 28-4-2014 của TAND thành phố Hà Nội.
