Báo cáo chỉ ra vi phạm pháp luật của một số cơ quan thi hành án hình sự trong công tác quản lý, giáo dục, thực hiện chế độ với phạm nhân. Trong số này có việc không lập hồ sơ đề nghị hoặc đề nghị giảm thời hạn chấp hành án phạt tù không đúng. Cảnh sát quản giáo tuần tra, canh gác, lục soát chưa chặt chẽ để phạm nhân cất giấu vật cấm tại buồng giam, nhất là điện thoại di động.
Một số quản giáo chưa thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao để phạm nhân sử dụng điện thoại trong thời gian dài mà không phát hiện. Một số trại giam, tạm giam xếp loại thi đua cho phạm nhân không đúng; bán hàng căng tin cho phạm nhân vượt quá định lượng ăn hằng tháng; vi phạm về tổ chức liên lạc điện thoại, chế độ ở, lao động...
Báo cáo cho hay, thông qua công tác kiểm sát còn phát hiện nhiều vi phạm trong thi hành chữa bệnh tại cơ sở chữa bệnh bắt buộc. Ví dụ như áp dụng biện pháp tư pháp bắt buộc chữa bệnh trái quy định; chậm đưa người bị bắt buộc chữa bệnh vào cơ sở y tế; cho người bị bắt buộc chữa bệnh ra, vào tự do trong cơ sở điều trị; có người được bác sĩ điều trị cho về nhà.
VKSND tối cao đánh giá việc phối hợp quản lý người bị bắt buộc chữa bệnh còn "sơ hở, buông lỏng quản lý, để người bị bắt buộc chữa bệnh bỏ trốn". Các vi phạm xảy ra tại Bình Định, Quảng Ngãi, Tiền Giang, Đồng Nai, Viện Pháp y tâm thần Trung ương Biên Hòa, Viện Pháp y tâm thần Trung ương.
Một số cơ sở giam giữ một số tỉnh còn để bộc lộ nhiều sơ hở để phạm nhân trốn, phạm tội mới, đánh nhau, chết do tự sát. Trong đó 12 người chết do tự sát, hai người chết do lao động, 29 người trốn trại và nhiều người phạm các tội mới như Trộm cắp tài sản, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, Mua bán trái phép chất ma túy.
Báo cáo cũng nêu một số vi phạm khác liên quan hoạt động tư pháp. Trong ngành Kiểm sát, có một số vụ án phải rút một phần quyết định truy tố; một số kiểm sát viên có hành vi trái pháp luật khi thực thi công vụ. CQĐT VKSND tối cao đã khởi tố 4 vụ án với 10 bị can là công chức ngành Kiểm sát về tội Nhận hối lộ.
Trong ngành Tòa án, VKS cũng phát hiện một số vi phạm pháp luật về thời hạn chuẩn bị xét xử, hoãn phiên tòa, tống đạt bản án, một số bản án có sai sót; một số cán bộ, thẩm phán nhận hối lộ, làm sai lệch hồ sơ vụ án. CQĐT VKSND tối cao đã điều tra 11 vụ với 13 bị can là công chức ngành Tòa án về các tội Nhận hối lộ, Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản, Làm sai lệch hồ sơ vụ án.
Trong năm 2024, CQĐT VKSND tối cao đã thụ lý, điều tra 55 vụ với 115 bị can nguyên là điều tra viên, cán bộ điều tra để xử lý về các tội Nhận hối lộ (17 vụ, 39 bị can); Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ (2 vụ, 5 bị can); Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản (9 vụ, 16 bị can); Giả mạo trong công tác (3 vụ, 4 bị can); Dùng nhục hình (5 vụ, 8 bị can); Làm sai lệch hồ sơ vụ án, vụ việc (6 vụ, 24 bị can); Thiếu trách nhiệm để người bị bắt, người bị tạm giữ, tạm giam, người đang chấp hành án phạt tù trốn (3 vụ, 3 bị can).