Ngay sau đó, Chủ tịch nước Trần Đại Quang và Tổng thống Joko Widodo đã tiến hành hội đàm. Tại cuộc hội đàm, Chủ tịch nước Trần Đại Quang nhiệt liệt chào mừng Tổng thống Joko Widodo lần đầu tiên thăm chính thức Việt Nam; bày tỏ tin tưởng chuyến thăm sẽ góp phần quan trọng vào việc củng cố và đẩy mạnh hơn nữa quan hệ hữu nghị truyền thống và Đối tác Chiến lược đang phát triển tốt đẹp giữa hai nước.
Trao đổi về quan hệ hai nước, Chủ tịch nước Trần Đại Quang và Tổng thống Joko Widodo cho rằng hai bên vẫn nhiều tiềm năng và thế mạnh có thể khai thác; nhất trí phấn đấu sớm đưa kim ngạch thương mại hai nước đạt 10 tỷ USD theo hướng cân bằng thông qua nhiều biện pháp, trong đó có hạn chế áp dụng các rào cản và thực hiện đầy đủ, nghiêm túc các cam kết song phương và đa phương. Indonesia ghi nhận đề xuất của Việt Nam về việc không tiếp tục áp dụng các quy định về tỷ lệ nội địa hóa đối với các mặt hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam như điện thoại di động, TV; ưu tiên cho hàng nông, lâm, thủy hải sản, thép, sản phẩm chế biến, chế tạo, vật liệu xây dựng, máy móc thiết bị điện của Việt Nam tiếp cận hơn nữa thị trường Indonesia.
Hai nhà lãnh đạo đánh giá cao kết quả hợp tác trên lĩnh vực quốc phòng – an ninh trong thời gian qua, nhất là việc triển khai Bản Ghi nhớ về Tăng cường hợp tác giữa quan chức quốc phòng và các hoạt động liên quan giữa hai nước ký năm 2010 và Tuyên bố Tầm nhìn chung về Hợp tác Quốc phòng giữa hai nước giai đoạn 2017 – 2022; nhất trí tăng cường hợp tác về hải quân, không quân, công nghiệp quốc phòng; phòng, chống tội phạm. Hai bên nhất trí tăng cường đàm phán phân định Vùng Đặc quyền Kinh tế giữa hai nước và giao Cuộc họp Nhóm Kỹ thuật đẩy nhanh tiến trình đàm phán nhằm sớm đạt được thỏa thuận dựa trên luật pháp quốc tế, nhất là Công ước Luật biển của Liên hợp quốc (UNCLOS) 1982.
Hai bên khẳng định giải quyết vấn đề ngư dân, tàu cá bị bắt trên tinh thần nhân đạo và quan hệ láng giềng hữu nghị giữa hai nước cũng như luật pháp quốc tế. Nhân dịp này, hai nhà lãnh đạo hoan nghênh việc phối hợp giải quyết vấn đề đánh bắt cá bất hợp pháp, trong đó có việc ký Thông cáo chung về tự nguyện tham gia hợp tác quốc tế về chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (IUU) và thúc đẩy quản lý nghề cá; đồng thời nhất trí sớm xây dựng Quy tắc hành xử trên biển và sớm ký kết Bản Ghi nhớ về hợp tác biển và nghề cá giữa hai nước. Hai nhà Lãnh đạo cũng trao đổi các biện pháp tăng cường hợp tác trong các lĩnh vực khác như năng lượng, nông nghiệp, văn hóa, du lịch và hợp tác biển…
Trao đổi về các vấn đề khu vực và quốc tế cùng quan tâm, hai bên khẳng định lập trường nhất quán trong vấn đề Biển Đông, theo đó cam kết ủng hộ việc giải quyết hòa bình các tranh chấp phù hợp với luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước của Liên hợp quốc về Luật Biển (UNCLOS 1982), không sử dụng vũ lực hoặc đe dọa sử dụng vũ lực, tôn trọng đầy đủ các tiến trình ngoại giao và pháp lý; nhấn mạnh tầm quan trọng của việc không quân sự hóa, tự kiềm chế hoạt động có thể gây căng thẳng hoặc làm leo thang căng thẳng, tuân thủ hơn nữa các nguyên tắc của luật pháp quốc tế và quy chuẩn đã được công nhận rộng rãi. Hai bên tái khẳng định ủng hộ việc thực hiện đầy đủ và hiệu quả Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC) và thúc đẩy việc đàm phán một Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC) hiệu quả và thực chất.