Theo cáo trạng tuy tố, năm 1997, Trương Duy Nhất được bổ nhiệm làm Trưởng Văn phòng đại diện khu vực Trung Trung Bộ của Báo Đại Đoàn Kết, đặt tại TP. Đà Nẵng.
Trước đó, Báo Đại Đoàn Kết có công văn gửi UBND TP. Đà Nẵng đề nghị được cấp (hoặc thuê) một căn nhà tại một địa điểm thuận lợi ở trung tâm thành phố để làm trụ sở Văn phòng đại diện của Báo. Báo Đại Đoàn Kết không có chủ trương xin mua nhà công sản. Lãnh đạo Báo giao cho Trương Duy Nhất liên hệ với chính quyền địa phương xin địa điểm thích hợp đặt trụ sở Văn phòng đại diện.
Lợi dụng nhiệm vụ được giao, năm 2003 và 2004, Trương Duy Nhất đã ký 3 văn bản gửi UBND TP. Đà Nẵng xin mua nhà, đất theo diện công sản, không áp dụng hệ số sinh lời, với lý do để làm Văn phòng đại diện cho Báo.
Sau khi được UBND TP. Đà Nẵng ra Quyết định đồng ý bán nhà, đất số 82 Trần Quốc Toản (quận Hải Châu) với giá ưu đãi hơn 674 triệu đồng cho Báo Đại Đoàn Kết, Trương Duy Nhất đã ký Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004 với Công ty Xây dựng 79 do Phan Văn Anh Vũ làm Giám đốc, để cho Công ty Xây dựng 79 thay thế nộp tiền theo giá được UBND TP. Đà Nẵng phê duyệt. Sau đó, Trương Duy Nhất làm các thủ tục bán, chuyển nhượng nhà đất này cho Công ty Xây dựng 79.
Để hợp thức nội dung đã thỏa thuận từ trước với Phan Văn Anh Vũ, ngày 4/10/2004, Trương Duy Nhất ký báo cáo gửi lãnh đạo Ban Biên tập Báo Đại Đoàn Kết và được chấp thuận. Sau đó, Trương Duy Nhất đã ký quyết định bán và chuyển quyền sử dụng nhà, đất tại 82 Trần Quốc Toản cho Công ty Xây dựng 79 với giá hơn 674 triệu đồng. Đổi lại, sau khi xây dựng tòa nhà mới, Công ty Xây dựng 79 dành một phần diện tích của tòa nhà 82 Trần Quốc Toản cho Báo Đại Đoàn Kết làm trụ sở Văn phòng đại diện khu vực Trung Trung Bộ.
Tuy nhiên, đến ngày 15/1/2011, Công ty Xây dựng 79 gỡ bỏ biển hiệu và đóng cửa Văn phòng Trung Trung Bộ, Báo Đại Đoàn Kết tại số nhà 82 Trần Quốc Toản. Ngày 20/4, lãnh đạo Báo Đại Đoàn Kết và Phan Văn Anh Vũ ký Biên bản làm việc, trong đó xác định lại nội dung Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004 và cho rằng một số văn bản giấy tờ chưa hợp lý, do lịch sử để lại và do yêu cầu khách quan. Công ty Xây dựng 79 đồng ý bồi thường cho Báo Đại Đoàn Kết thời gian sử dụng nhà còn lại với số tiền 1 tỷ đồng. Cùng ngày, hai bên đã ký Biên bản thanh lý Hợp đồng nguyên tắc số 64/TTB ngày 20/8/2004. Báo Đại Đoàn Kết đã sử dụng số tiền 1 tỷ đồng này để thuê trụ sở Văn phòng đại diện, nộp thuế thu nhập và đã hạch toán sử dụng hết.
Tại Kết luận số 04 ngày 29/3/2019 của Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự ở Trung ương đã kết luận: Tại thời điểm ngày 17/4/2018 (thời điểm Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại Đà Nẵng), giá trị quyền sử dụng đất số 82 Trần Quốc Toản là 13,8 tỷ đồng.
Tại phiên tòa hôm nay, sau khi xem xét, sau khi đánh giá toàn bộ hồ sơ chứng cứ của vụ án, HĐXX xác định hành vi xin mua, sau đó ký bán, chuyển nhượng nhà, đất công sản số 82 Trần Quốc Toản của Trương Duy Nhất đã giúp cho Công ty Xây dựng 79 của Phan Văn Anh Vũ mua được nhà, đất công sản không đúng đối tượng, nên Trương Duy Nhất đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hành trong khi thi hành công vụ, gây thiệt hại tài sản cho Nhà nước hơn 13 tỷ đồng.
Hành vi của bị cáo là rất nghiêm trọng, vi phạm pháp luật; gây mất niềm tin cho nhân dân.
Cũng theo HĐXX, trong vụ án này còn có hành vi của một số cá nhân ở UBND TP. Đà Nẵng và Ban biên tập Báo Đại Đoàn Kết. Hành vi của những người này đã bị đề nghị xử lý. Một số hành vi khác thì đã được xem xét trong vụ án khác nên HĐXX không xem xét.
Từ nhận định trên, HĐXX quyết định tuyên phạt Trương Duy Nhất án 10 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Về dân sự, nhà đất số 82 Trần Quốc Toản đã được xử lý trong vụ án khác nên HĐXX không xem xét.
