Hội đồng xét xử nhận định, về mặt chủ quan, các cựu lãnh đạo tỉnh biết rõ những sai phạm về thẩm quyền, song vì mục đích phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh, tạo điều kiện cho doanh nghiệp phát triển nên đã ký các văn bản, giấy chứng nhận đầu tư, có ý kiến bút phê, chỉ đạo vào các tài liệu khác có liên quan trái quy định của Luật Khoáng sản và các hệ thống pháp luật liên quan.
Hành vi phạm tội của các bị cáo đã xâm hại đến uy tín của Nhà nước, xâm phạm đến tính đúng đắn trong công tác quản lý Nhà nước, gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng.
Hội đồng xét xử (HĐXX) đánh giá, về cơ bản, các bị cáo đã thành khẩn khai báo và cho rằng, cơ quan truy tố đã cáo buộc đúng tội danh. Trong quá trình điều tra, truy tố, các điều tra viên, kiểm sát viên đã thực hiện đúng đắn chức năng, nhiệm vụ theo luật định. Hội đồng xét xử đã quyết định đưa ra bản án tương xứng với mức độ, tính chất phạm tội:
Bị cáo Nguyễn Văn Vịnh - cựu Bí thư Tỉnh uỷ Lào Cai - bị tuyên án 5 năm 6 tháng tù; Bị cáo Doãn Văn Hưởng – cựu Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai bị tuyên phạt 4 năm tù; hai cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai, gồm Nguyễn Thanh Dương và Lê Ngọc Hưng nhận mức án 3 năm 3 tháng tù cùng về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Các bị cáo nguyên là lãnh đạo, cán bộ, công chức bị Hội đồng xét xử tuyên phạt từ 2 năm 6 tháng đến 3 năm 3 tháng tù về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa, nguyên giám đốc Công ty Lilama bị tuyên 7 năm 6 tháng tù cho hai tội Rửa tiền và Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên. Bị cáo Thừa bị cáo buộc trực tiếp chỉ đạo, tổ chức khai thác, tiêu thụ trái phép hơn 1,5 triệu tấn quặng apatit các loại, trị giá hơn 610 tỷ đồng.
Các bị can là cựu lãnh đạo, cán bộ khác của Công ty Apatit bị Tòa án nhân dân tỉnh Lào Cai tuyên phạt từ 2 - 3 năm tù với tội danh “Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên”.
Cùng bị truy tố về tội danh trên, một số bị cáo được Hội đồng xét xử tuyên phạt án treo do có nhân thân tốt, có nhiều thành tích, khen thưởng trong công tác...
