Triển khai đề án này, thay vì người nộp thuế nộp tiền tại ngân hàng thương mại, sau đó ngân hàng chuyển thông tin nộp thuế đến cơ quan Hải quan và Kho bạc Nhà nước, cơ quan Hải quan xác nhận thông tin và thông quan hàng hóa, thì nay người nộp thuế được lập bảng kê nộp thuế trực tiếp trên Cổng thanh toán điện tử hải quan mọi lúc, mọi nơi, mọi phương tiện có kết nối với internet và được ngân hàng xác nhận kết quả giao dịch nộp thuế thành công ngay sau khi nhận được yêu cầu chuyển tiền nộp thuế và thực hiện thông quan ngay hàng hóa.
Theo nhận định của Tổng cục Hải quan, thời gian qua, việc nộp tiền tại các tổ chức tín dụng, đặc biệt là các ngân hàng thương mại phối hợp thu với Tổng cục Hải quan đã phát huy hiệu quả, hỗ trợ nhiều trong việc nộp tiền của người nộp thuế. Hiện tỷ lệ thanh toán, nộp tiền điện tử qua ngân hàng phối hợp thu, Kho bạc Nhà nước hiện nay trong tổng số tiền thuế nộp vào NSNN tương đối cao (khoảng 92%), song hạn chế là chưa hỗ trợ cho người nộp thuế chuyển tiền ngoài giờ giao dịch (cut off time: COT), các đơn vị hải quan còn phải bố trí nhân lực để phục vụ thu tiền mặt.
Bên cạnh đó, số lượng giao dịch ngân hàng không truy vấn được thông tin hoặc đã truy vấn được thông tin nhưng thông tin không phù hợp với cơ sở dữ liệu của Hải quan nên không thực hiện thanh toán điện tử qua Cổng thanh toán điện tử hải quan. Nguyên nhân chủ yếu do DN khai báo không phù hợp với thông tin nộp tiền do Cổng thanh toán điện tử hải quan cung cấp nhưng ngân hàng không được phép sửa lại nếu người nộp thuế không chấp thuận, dẫn đến thông tin sai, lệch hoặc không chuyển tiền thanh toán điện tử cho người nộp thuế, ảnh hưởng đến thời gian thông quan hàng hóa, chưa đáp ứng được tốc độ thông quan của Hệ thống VNACCS.
Vì vậy, để đáp ứng được yêu cầu về cải cách thủ tục hành chính, đòi hỏi ngành Hải quan cần thiết phải nâng cấp Cổng thanh toán điện tử để thực hiện mục tiêu: Tạo thuận lợi tối đa cho người nộp thuế có thể nộp tiền thuế vào mọi lúc, mọi nơi, mọi phương tiện, hạn chế tối đa việc thanh toán bằng tiền mặt; đảm bảo thông tin nộp tiền được thanh khoản thuế kịp thời, chính xác; giảm thời gian nộp thuế, đồng thời thông quan hàng hóa ngay sau khi nộp thuế, qua đó rút ngắn thời gian hoàn thành thủ tục hải quan đối với hàng hóa XK, NK của DN xuống bằng mức trung bình của nhóm nước ASEAN-4 theo chỉ đạo của Chính phủ.
Mới đây, Tổng cục Hải quan đã phê duyệt đề án “Nộp thuế điện tử qua ngân hàng phối hợp thu và thông quan 24/7”.
Đây là đề án trọng tâm của Tổng cục Hải quan trong năm 2017 để hỗ trợ DN nộp tiền trực tiếp tại cổng thanh toán điện tử hải quan.
Còn theo đánh giá của nhiều doanh nghiệp, hình thức nộp thuế mới này sẽ tiếp tục đơn giản hóa thủ tục nộp tiền thuế, tiết kiệm thời gian và chi phí cho các DN, mở thêm kênh thanh toán cho người nộp thuế. Cùng với đó, DN có thể chủ động nộp tiền thuế tại bất cứ nơi nào có internet, vào mọi lúc, mọi nơi, mọi phương tiện. Việc nộp thuế không phụ thuộc vào thời gian làm việc, địa điểm làm việc của cơ quan thu như: Ngân hàng, Kho bạc Nhà nước, Hải quan.
Đặc biệt, hình thức nộp thuế mới này sẽ đảm bảo thông tin nộp thuế của người nộp thuế toàn vẹn, không lộ bí mật thông tin trong quá trình trao đổi trên hệ thống, đặc biệt sẽ khắc phục hạn chế về giới hạn trường thông tin nộp tiền khi trao đổi một hoặc nhiều giấy nộp tiền thanh toán qua liên ngân hàng, khắc phục được hạn chế về thời gian giao dịch của các ngân hàng thương mại.