Ngoài 7 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đã được quy định tại khoản 1 Điều 16 Nghị định số 123/2020, Nghị định bổ sung một số trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử như sau: Người nộp thuế tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo văn bản gửi cơ quan thuế; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh chuyển đổi phương pháp từ kê khai sang phương pháp khoán hoặc nộp thuế theo từng lần phát sinh theo thông báo của cơ quan thuế;
Có hành vi lập hóa đơn điện tử phục vụ mục đích bán khống hàng hóa, cung cấp dịch vụ bị cơ quan chức năng khởi tố; cơ quan công an, viện kiểm sát, tòa án có văn bản đề nghị cơ quan thuế ngừng sử dụng hóa đơn điện tử;
Cơ quan chức năng phát hiện và thông báo cho cơ quan thuế người nộp thuế có hành vi vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn;
Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đang áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có thay đổi ngành nghề kinh doanh dẫn đến không đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền thì cơ quan thuế ra thông báo người nộp thuế ngừng sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra, nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp có hành vi trốn thuế, doanh nghiệp được thành lập để thực hiện mua bán, sử dụng hóa đơn điện tử không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn điện tử để trốn thuế theo quy định thì cơ quan thuế ban hành thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử; doanh nghiệp bị xử lý theo quy định.
Người nộp thuế có hành vi trốn thuế; người nộp thuế thuộc diện rủi ro rất cao theo mức độ rủi ro người nộp thuế thì cơ quan thuế thực hiện ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
Trình tự thực hiện ngừng sử dụng hóa đơn điện tử được quy định cụ thể thành 04 thủ tục khác nhau tương ứng với từng trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử được quy định tại khoản 1 Điều 16, cụ thể:
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động ngừng tiếp nhận hóa đơn điện tử và không cần gửi thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đối với người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a, điểm b, điểm d và hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại điểm c khoản 1 Điều 16;
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động ngừng tiếp nhận và gửi thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đối với trường hợp điểm c, điểm h khoản 1 Điều 16;
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp ban hành thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đối với người nộp thuế thuộc trường hợp điểm e, điểm i khoản 1 Điều 16;
Thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp gửi Thông báo đến người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm đ, điểm g, điểm k khoản 1 Điều 16 thì người nộp thuế được giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp ban hành thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin theo đúng quy định pháp luật thì người nộp thuế tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử.
Hiện nay, Nghị định số 123/2020 quy định Cơ quan thuế quản lý trực tiếp gửi thông báo đến người nộp thuế thuộc các trường hợp tại điểm đ, điểm e, điểm g khoản 1 Điều 16 đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu.
