Theo đó, Cơ chế một cửa tại cơ quan Tổng cục Hải quan là cách thức giải quyết công việc của tổ chức, cá nhân thuộc trách nhiệm, thẩm quyền Tổng cục Hải quan (cấp Tổng cục) trong việc công khai, hướng dẫn thủ tục hành chính, tiếp nhận hồ sơ, giải quyết và trả kết quả được thực hiện tại một đầu mối là Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của cơ quan Tổng cục Hải quan (gọi tắt là Bộ phận một cửa).
Cơ chế một cửa tại cơ quan Tổng cục Hải quan được áp dụng để giải quyết các thủ tục hành chính cấp Tổng cục Hải quan quy định tại Bộ thủ tục hành chính trong lĩnh vực hải quan do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành tại từng thời điểm.
Quyết định 369/QĐ-TCHQ quy định rõ thời hạn giải quyết hồ sơ đối với các trường hợp cụ thể. Đối với hồ sơ miễn thuế, trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận bộ hồ sơ miễn thuế đầy đủ, hợp lệ, đơn vị thực hiện giải quyết miễn thuế cho tổ chức, cá nhân.
Về thời hạn trả lời, giải quyết vướng mắc: Các đơn vị phải có văn bản trả lời tối đa không quá 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu, giải quyết vướng mắc của tổ chức, cá nhân và hồ sơ đã đủ điều kiện giải quyết.
Trường hợp phải bổ sung thông tin, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu, giải quyết vướng mắc của tổ chức, cá nhân, các đơn vị nghiệp vụ phải thông báo (bằng văn bản hoặc qua email, điện thoại...) cho tổ chức, cá nhân đề nghị bổ sung thông tin; tối đa không quá 05 ngày làm việc kể từ khi tổ chức, cá nhân cung cấp đầy đủ hồ sơ, thông tin, các đơn vị nghiệp vụ phải có văn bản trả lời.
Trường hợp nội dung giải quyết vượt thẩm quyền, trong vòng 05 ngày làm việc, đơn vị chủ trì phải có văn bản lấy ý kiến của cấp có thẩm quyền, đồng thời thông báo để tổ chức, cá nhân được biết. Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được ý kiến của cấp có thẩm quyền, đơn vị chủ trì phải có văn bản trả lời.
Trong quá trình nghiên cứu thấy rằng hồ sơ không thuộc thẩm quyền thì đơn vị nghiệp vụ chuyển lại cho Bộ phận một cửa để trả lại tổ chức, cá nhân. Trường hợp nội dung thuộc thẩm quyền xử lý nhưng cần lấy ý kiến tham gia của các đơn vị khác thì trong vòng 03 ngày làm việc, đơn vị chủ trì phải có văn bản lấy ý kiến tham gia của các đơn vị có liên quan.
Quy chế này cũng nêu rõ, trong vòng 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được ý kiến tham gia của các đơn vị có liên quan, đơn vị chủ trì phải có văn bản trả lời. Thời gian xử lý đối với trường hợp này không quá 10 ngày làm việc và khi đã hết thời gian xử lý theo quy định mà vẫn chưa giải quyết xong thì đơn vị phải thông tin cho tổ chức, cá nhân biết. Thời hạn giải quyết khiếu nại, tố cáo được thực hiện theo quy định của Luật Khiếu nại, Luật Tố cáo.
Bộ phận một cửa giải quyết thủ tục hành chính cấp Tổng cục Hải quan đặt tại tầng 1 trụ sở cơ quan Tổng cục Hải quan, lô E3 đường Dương Đình Nghệ, Cầu Giấy, Hà Nội. Các đơn vị gồm: Cục Thuế xuất nhập khẩu, Cục Giám sát quản lý về hải quan, Cục Kiểm tra sau thông quan, Cục Điều tra chống buôn lậu, Vụ Pháp chế, Trung tâm phân tích phân loại hàng hóa xuất nhập khẩu, Thanh tra Tổng cục phải cử 1 lãnh đạo cấp Vụ, Cục và tương đương phụ trách và 01 công chức làm nhiệm vụ kiêm nhiệm tại Bộ phận một cửa, là đầu mối tiếp nhận, đề xuất, theo dõi việc giải quyết các thủ tục hành chính liên quan đến lĩnh vực chuyên môn của đơn vị theo cơ chế một cửa.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/4/2016, thay thế Quyết định số 854/QĐ-TCHQ ngày 11/5/2007 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.
