Theo hồ sơ vụ án, bị can Nguyễn Trọng Phương (SN 1980, trú ở phường Phúc Xá, Ba Đình, Hà Nội) bị VKSND tỉnh Bắc Ninh truy tố về tội “Khủng bố”, theo khoản 3, Điều 230a-BLHS và bị can Trần Anh Thuận (SN 1981, trú tại TP Bắc Ninh, tỉnh Bắc Ninh) bị truy tố về tội Không tố giác tội phạm theo khoản 1, Điều 314 Bộ Luật hình sự.
Cáo trạng truy tố thể hiện, tháng 6/2014, Phương thành lập Công ty TNHH Song Lộc Miền Bắc với nhiều ngành nghề kinh doanh, trong đó có vật liệu xây dựng và khai thác cát sỏi.
Đến tháng 9/2015, Công ty Song Lộc đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh cho phép được nạo vét thanh thải và tận thu sản phẩm trên sông Đuống (từ Km 03 đến Km 14), thuộc xã Cao Đức đến xã Đại Lai (huyện Gia Bình) và tại xã Đào Viên (huyện Quế Võ) nhưng không được chấp thuận vì sẽ gây sạt lở bờ sông.
Biết tin anh Ngô Thành Sơn (SN 1980) – Chủ tịch HĐQT Công ty trục vớt luồng hạ lưu được cấp phép nạo vét sông Cầu địa phận tỉnh Bắc Giang và có mâu thuẫn với Thuận nên Phương nhắn tin bằng zalo cho Thuận bàn bạc và hướng dẫn cho Thuận nhắn tin đe dọa ông Nguyễn Tử Quỳnh – Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh, ông Phạm Hồng Sơn – Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh nhằm mục đích đe dọa để Phương được cấp phép khai thác cát trên sông Đuống.
Đồng thời, Phương còn dặn Thuận khi nào nhắn tin khủng bố thì phải đến gần nhà anh Sơn thao tác với mục đích nếu CQĐT lần ra địa chỉ thì sẽ nghĩ là anh Sơn làm.
Đêm 23/1/2017, Phương mang điện thoại di động đến ngồi ở quán nước cạnh cổng bệnh viện phụ sản và nhắn tin và số máy của Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh và Giám đốc Công an tỉnh với nội dung đe dọa, khủng bố tinh thần. Nội dung tin nhắn “Ông biết vụ Yên Bái như thế nào rồi nhỉ”.
Sau đó Phương đi về. Trên đường về, Sơn đã vứt chiếc điện thoại xuống sông Đuống. Trần Anh Thuận biết tin hai lãnh đạo của tỉnh bị nhắn tin đe dọa, khủng bố là do Phương làm nhưng không đến cơ quan chức năng tố giác.
