Dự thảo Thông tư đưa ra một số quy định quan trọng như: Thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa; hình thức chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa và thời hạn áp dụng. Theo đó, về thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, dự kiến quy định: Người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, người khai hải quan khai bổ sung và nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.
Người khai hải quan khai theo mức thuế suất thuế NK ưu đãi tối huệ quốc (MFN) hoặc thông thường. Khi khai, nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ trong thời hạn theo quy định, người khai hải quan khai bổ sung theo mức thuế suất ưu đãi đặc biệt tương ứng, được hoàn trả số tiền thuế chênh lệch đã nộp.
Về hình thức chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa dự thảo đưa ra các quy định cụ thể. Đối với hàng hóa nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, cơ quan Hải quan chấp nhận C/O sử dụng chữ ký và con dấu điện tử với điều kiện cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu có thông báo về việc cấp C/O sử dụng chữ ký và con dấu điện tử và cung cấp trang điện tử tra cứu C/O hoặc hình thức tra cứu khác về C/O.
Cơ quan Hải quan kiểm tra tính hợp lệ của C/O trên trang điện tử của cơ quan cấp để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định và in một bản C/O trên hệ thống do cơ quan cấp C/O cung cấp để lưu hồ sơ.
Bên cạnh đó, cơ quan Hải quan cũng chấp nhận bản chụp/bản scan C/O với điều kiện cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu thông báo về việc sử dụng bản chụp/bản scan của bản chính C/O và cung cấp bản chụp/bản scan C/O hoặc hình thức kiểm tra khác cho cơ quan để xác định tính hợp lệ của C/O.
Người khai hải quan nộp bản chụp/bản scan C/O cho cơ quan Hải quan. Cơ quan Hải quan căn cứ bản chụp/bản scan hoặc hình thức kiểm tra khác do cơ quan cung cấp kiểm tra tính hợp lệ C/O để áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.
Về chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa phải nộp cho cơ quan Hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 4 thông tư 38/2018/TT-BTC, dự kiến Thông tư quy định: Người khai hải quan nộp bản chính C/O cho cơ quan Hải quan.
Trường hợp người khai hải quan chưa có bản chính C/O tại thời điểm làm thủ tục hải quan, người khai hải quan nộp bản chụp/bản scan C/O. Cơ quan Hải quan căn cứ bản chụp/bản scan, hồ sơ hải quan, thực tế hàng hóa, hành trình lô hàng và những thông tin khác có liên quan để kiểm tra xác định xuất xứ hàng hóa theo quy định.
Về thời hạn áp dụng, dự kiến áp dụng từ thời điểm xảy ra dịch Covid-19: Từ ngày 23/1/2020 cho đến khi Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam hoặc Tổ chức Y tế thế giới (WHO) công bố hết dịch Covid-19.
