Đoàn kiểm tra có nhiệm vụ tổ chức kiểm tra công vụ đối với các sở, cơ quan tương đương sở; các đơn vị sự nghiệp trực thuộc thành phố; các cơ quan hành chính trung ương được tổ chức theo ngành dọc đặt tại thành phố; UBND các quận, huyện, thị xã; các xã, phường, thị trấn thuộc thành phố; các doanh nghiệp nhà nước thuộc thành phố...