Các bến thủy nội địa phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Bình An, Thảo Điền (quận 2), Tầm Vu, Thanh Đa (quận Bình Thạnh), Hiệp Bình Chánh, Linh Đông (quận Thủ Đức); Các bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: cầu Chữ Y (quận 5), Bình Tây, Lò Gốm (quận 6), Bình Đông, chùa Long Hoa (quận 8).
Sở Giao thông vận tải cũng sẽ tiếp tục thống nhất vị trí, diện tích, pháp lý đối với 7 bến thủy nội địa khác để phục vụ 2 tuyến buýt đường thủy số 1 và số 2.
Ngoài ra, UBND TP HCM cũng chấp thuận chủ trương cho Sở Giao thông vận tải đề xuất vị trí mới thay thế vị trí các bến không còn phù hợp. Mở rộng diện tích các bến hiện hữu phù hợp quy hoạch chức năng bến bãi, phát triển thành các điểm dừng chân, dịch vụ đô thị, du lịch ven sông.
UBND TP HCM giao các quận rà soát quy hoạch các bến thuộc địa bàn, phối hợp với các sở, ngành đề xuất điều chỉnh quy hoạch xây dựng cho phù hợp.
Sở Tài nguyên và Môi trường được giao rà soát nguồn gốc, cơ sở pháp lý và hiện trạng các khu đất dự kiến xây dựng các bến thủy nội địa và báo cáo UBND TP HCM trong tháng 11/2020.
