Việc sắp xếp lại mô hình, tổ chức của cơ quan Hải quan tại Cảng hàng không quốc tế Nội Bài nhằm triển khai chủ trương của Đảng, Chính phủ về sắp xếp bộ máy tinh gọn, hiệu quả, đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ được giao; đồng thời cũng là cụ thể hóa các Quyết định của Bộ Tài chính về ban hành tiêu chí thành lập, tổ chức lại chi cục hải quan thuộc cục hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và Quyết định về tiêu chí thành lập, tổ chức lại đội (tổ) thuộc chi cục hải quan và tương đương thuộc cục hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Đối với Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài, là đơn vị lớn trong toàn Ngành, đóng trên địa bàn trọng điểm, chính vì vậy việc sắp xếp, tổ chức bộ máy được các đơn vị nghiệp vụ thuộc Tổng cục Hải quan và Cục Hải quan Hà Nội nghiên cứu, thảo luận kỹ lưỡng.
Hiện tại, Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài được sắp xếp, tổ chức thành 9 Tổ, Đội gồm: Đội Giám sát, thực hiện công tác giám sát, thủ tục hải quan đối với tàu nay xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và hàng hóa XK, NK, quá cảnh; Đội Thủ tục hành lý XK, thực hiện nhiệm vụ làm thủ tục hải quan cho hành khách và hành lý của khách xuất cảnh; Đội Thủ tục hành lý NK, làm thủ tục hải quan cho hành khách và hành lý của khách nhập cảnh; Đội thủ tục hàng hóa XK, thực hiện thủ tục cho hàng hóa XK theo hợp đồng thương mại, hàng TN-TX, hàng tạm nhập của cửa hàng miễn thuế, hàng NK của công ty cung ứng suất ăn, quản lý kho ngoại quan; Đội thủ tục hàng hóa NK, thực hiện thủ tục cho hàng hóa NK theo quy định pháp luật của các tổ chức và cá nhân; Đội Tổng hợp, tham mưu cho lãnh đạo chi cục về tổng hợp, báo cáo, công tác xử lý vi phạm, tổ chức cán bộ và đào tạo, hậu cần, quản lý tài sản, hồ sơ lưu trữ và công tác trực ban; Đội quản lý thuế, thực hiện công tác theo dõi, thu hồi nợ thuế, công tác hoàn thuế, không thu thuế, kế toán, kiểm tra sau thông quan, quyết toán đối với tờ khai kinh doanh TN-TX và hai tổ kiểm soát hải quan, tham mưu và thực hiện công tác kiểm soát chống buôn lậu hàng hóa, ma túy.
Tại cuộc họp, các đơn vị đã đưa ra nhiều ý kiến thảo luận về công tác tổ chức bộ máy tại cảng hàng không quốc tế Nội Bài gắn với yêu cầu quản lý. Trên cơ sở ý kiến các đơn vị đưa ra tại cuộc họp, Tổng cục trưởng Nguyễn Văn Cẩn định hướng, sẽ sắp xếp mô hình, cơ cấu, tổ chức Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay quốc tế Nội Bài từ 9 Tổ, Đội như hiện nay thành 6 Tổ, Đội gồm: Đội Tổng hợp, Tổ/Đội Kiểm soát; Đội thủ tục; Đội Giám sát; Đội Hành lý; Đội Quản lý thuế.
Trong đó, đối với công tác giám sát, Tổng cục trưởng nhấn mạnh: Phải đổi mới toán bộ khâu giám sát. “Việc giám sát dựa trên thông tin thu thập từ nhiều nguồn để phân tích, chuyển giao thông tin cho các bộ phận khác, đảm bảo công tác quản lý chứ không phải đơn thuần giám sát thủ công”.
Tổng cục trưởng chỉ đạo: “Trên cơ sở công việc, nhiệm vụ sẽ bố trí con người chứ không phải từ con người bố trí công việc”.
Tuy nhiên, trước khi ban hành Quyết định thay đổi chức năng nhiệm vụ của các đơn vị, trong đó có Nội Bài, Tổng cục trưởng yêu cầu các đơn vị nghiệp vụ phải chuẩn hóa quy trình theo yêu cầu quản lý mới, dự thảo quy trình các bước thao tác nghiệp vụ phải chi tiết hết tất cả mọi lĩnh vực và xuyên suốt, không để khoảng trống trong quản lý.
