Theo đó, Tổng cục Thuế chỉ đạo cơ quan thuế (CQT) thực hiện tiếp nhận, phân loại hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo đúng quy định tại Điều 72, Điều 73 Luật Quản lý thuế (QLT) số 38/2019/QH14 và Điều 32, Điều 33 Thông tư 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Trường hợp người nộp thuế (NNT) có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 2 năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, CQT kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của NNT không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Điều 142 Luật QLT, hoặc hành vi trốn thuế quy định tại Điều 143 Luật QLT thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của NNT không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro cao về thuế theo phân loại quản lý rủi ro trong QLT quy định tại điểm d, Khoản 1, Điều 33 Thông tư 80/2021/TT-BTC, cơ quan thuế (CQT) thực hiện theo Quy trình hướng dẫn tại Quyết định 1388/QĐ-TCT.
Đối với hồ sơ được phân loại kiểm tra trước hoàn thuế, CQT thực hiện theo đúng quy định về thanh kiểm tra thuế tại Điều 110, Điều 112, Điều 115 Luật QLT, quy định tại Luật Thanh tra số 11/2022/QH15, Quy trình thanh tra thuế, Quy trình kiểm tra thuế.
Đồng thời, Tổng cục Thuế yêu cầu thủ trưởng các cục thuế chỉ đạo các bộ phận chức năng tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT, chú trọng thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế nhằm kịp thời phát hiện các hành vi vi phạm pháp luật trong hoàn thuế GTGT để xử lý nghiêm minh.
Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm hình sự, cần chuyển cơ quan công an để xử lý theo quy định của pháp luật. Phân công bộ phận kiểm tra nội bộ thực hiện phân tích, lập các chuyên đề kiểm tra công tác thực thi công vụ trong hoàn thuế của các phòng, chi cục thuế được giao nhiệm vụ giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc cục thuế, đảm bảo không để kéo dài, phát sinh thêm các thủ tục hành chính với NNT, đảm bảo việc giải quyết hoàn thuế GTGT kịp thời, đúng quy định pháp luật.
Đặc biệt, Tổng cục Thuế chỉ đạo cục thuế các địa phương khẩn trương giải quyết, xử lý dứt điểm các hồ sơ đề nghị hoàn thuế còn tồn đọng, nhất là các hồ sơ có thời gian giải quyết kéo dài của một số mặt hàng xuất khẩu có vướng mắc, phản ánh thời gian qua. Trường hợp chưa đủ căn cứ để xác định số thuế đủ điều kiện hoàn thuế, thì ban hành thông báo về việc hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế/không được hoàn thuế theo mẫu 04/TB-HT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, đảm bảo thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 75 Luật QLT. Trường hợp NNT không đồng ý với quyết định của CQT thì có quyền thực hiện khiếu nại, khởi kiện theo quy định pháp luật về QLT.
Báo cáo của Tổng cục Thuế cho biết, đến hết ngày 31/10/2023, CQT đã ban hành 15.025 quyết định hoàn thuế, tương ứng số thuế được hoàn là 112.873 tỷ đồng, bằng 60,7% so với dự toán đã được Quốc hội phê duyệt. Trong đó, hoàn cho xuất khẩu chiếm tỷ trọng 82,9%, hoàn cho dự án đầu tư 16,7% và hoàn cho các trường hợp khác chiếm 0,4% số đã hoàn. Theo số liệu của Kho bạc Nhà nước, tính đến hết ngày 30/10/2023, tổng số tiền đã chi hoàn thuế GTGT qua Kho bạc Nhà nước từ dự toán năm 2023 là 110.138 tỷ đồng.
Để tiếp tục đẩy nhanh tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT cho DN, Tổng cục Thuế cũng đã chỉ đạo CQT các cấp đẩy mạnh tuyên truyền về chính sách pháp luật, thủ tục hoàn thuế GTGT, cũng như pháp luật về hóa đơn điện tử bằng nhiều hình thức đến từng DN, NNT trên địa bàn quản lý, từng bước nâng cao nhận thức về chấp hành pháp luật về hóa đơn điện tử, hoàn thuế GTGT.
