Thủ tướng Chính phủ đồng ý chuyển Văn phòng Thường trực Ban An toàn giao thông Thành phố vào cơ cấu tổ chức Sở Giao thông vận tải, bảo đảm không tăng số lượng đầu mối tổ chức của Sở.
Về số lượng Phó Giám đốc Sở và số lượng cấp Phó của các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện; con dấu, tài khoản cơ quan chuyên môn cấp huyện, Thủ tướng yêu cầu thực hiện theo Nghị định của Chính phủ quy định về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Nghị định số 37/2014/NĐ-CP ngày 5/5/2014 của Chính phủ quy định về tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và các Thông tư hướng dẫn thi hành.
Về chuyển đổi Văn phòng Ủy ban Phòng chống AIDS thành Trung tâm Phòng chống AIDS thuộc Sở Y tế, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu thực hiện theo quy định tại Thông tư liên tịch số 51/2015/TTLT-BYT-BNV ngày 11/12/2015 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Y tế thuộc UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và Phòng Y tế thuộc UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh.
Đối với việc giữ nguyên các Ban quản lý Đầu tư – Xây dựng Khu đô thị Tây Bắc Thành phố, Ban quản lý Đầu tư – Xây dựng Khu đô thị mới Nam Thành phố và Ban quản lý Đầu tư – Xây dựng Khu đô thị mới Thủ Thiêm theo mô hình cơ quan hành chính, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu tổ chức lại các Ban nêu trên thành các đơn vị sự nghiệp phù hợp với Nghị định số 11/2013/NĐ-CP ngày 14/1/2013 của Chính phủ về quản lý đầu tư phát triển đô thị.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu sắp xếp lại Ban Đổi mới quản lý doanh nghiệp theo hướng là tổ chức phối hợp liên ngành, không thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Về chức năng, nhiệm vụ của các Sở Xây dựng, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Giao thông vận tải và các cơ quan chuyên môn thuộc UBND huyện của TP HCM, Thủ tướng giao Bộ Nội vụ phối hợp UBND TP HCM rà soát, đánh giá việc triển khai quy định về tổ chức cơ quan chuyên môn trên địa bàn Thành phố, báo cáo Chính phủ xem xét, quyết định.