Trung tâm có chức năng và nhiệm vụ tham mưu, giúp Giám đốc Ban quản lý Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng tổ chức khai thác và quản lý các hoạt động du lịch, dịch vụ du lịch tại các tuyến, điểm du lịch do Giám đốc Ban quản lý Vườn giao. Cụ thể:
- Tổ chức khai thác và quản lý các hoạt động du lịch, dịch vụ du lịch tại các tuyến, điểm du lịch gồm: Động Phong Nha, Động Tiên Sơn, Đền Tưởng niệm các Anh hùng liệt sỹ Đường 20 - Quyết Thắng (hang Tám Cô), Hang Y tá, Suối Nước Mọoc, Sông Chày - Hang Tối và các tuyến, điểm du lịch khác…
- Tổ chức kinh doanh các loại hình dịch vụ du lịch, gồm: Hướng dẫn, lữ hành, vận chuyển, hàng lưu niệm, lưu trú và các dịch vụ bổ trợ khác theo quy định của pháp luật.
- Tổ chức thu phí và lệ phí tham quan tại các tuyến, điểm du lịch được giao quản lý, khai thác; quản lý, sử dụng nguồn thu từ hoạt động kinh doanh du lịch, dịch vụ du lịch và các nguồn thu khác theo quy định của pháp luật; quản lý, sử dụng cơ sở vật chất, tài sản do nhà nước giao theo quy định của pháp luật.
- Xây dựng, kết nối các tuyến, điểm du lịch trong Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng, kết nối với các tuyến, điểm du lịch khác trong và ngoài tỉnh; liên doanh, liên kết với các tổ chức kinh doanh du lịch trong nước và quốc tế để thực hiện các hoạt động kinh doanh du lịch, dịch vụ tại các tuyến, điểm du lịch được giao quản lý, khai thác sau khi được Ban quản lý Vườn đồng ý về chủ trương.
- Xây dựng và thực hiện chiến lược, kế hoạch tuyên truyền, quảng cáo, quảng bá các tuyến, điểm du lịch được giao trực tiếp quản lý, khai thác cũng như các giá trị nổi bật khác của Di sản thiên nhiên thế giới - Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng nhằm thu hút khách tham quan.
- Tổ chức quản lý các hoạt động du lịch nhằm bảo đảm an ninh trật tự môi trường tự nhiên, môi trường xã hội, an toàn cho khách tham quan tại các tuyến, điểm du lịch, các bến thủy nội địa được giao; phối hợp với chính quyền địa phương các xã có liên quan quản lý, điều hành đội thuyền du lịch và các hoạt động du lịch, dịch vụ theo quy định của pháp luật.
