Bảo tàng Mỹ thuật Huế có 3 không gian gồm: Không gian trưng bày tác phẩm mỹ thuật; không gian trưng bày nghệ thuật Lê Bá Đảng và không gian trưng bày nghệ thuật Điềm Phùng Thị.
Về cơ cấu tổ chức, Bảo tàng Mỹ thuật Huế có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ gồm: Phòng Tổ chức – Hành chính; Phòng Trưng bày – Hướng dẫn; Phòng Nghiên cứu – Bảo quản.
Quyết định về việc thành lập Bảo tàng Mỹ thuật Huế sẽ có hiệu lực kể từ ngày 1/12/2018.
Bảo tàng Mỹ thuật Huế được xây dựng nhằm lưu giữ cũng như trưng bày các tác phẩm nghệ thuật, thực hiện công tác nghiên cứu, bảo tồn và phát huy, trao đổi, hợp tác và đối ngoại thông qua các hoạt động chuyên môn nghiệp vụ về bảo tàng và mỹ thuật.
