Trung tâm hành chính công tỉnh Thanh Hóa chịu sự điều hành trực tiếp của UBND tỉnh, chủ tịch UBND tỉnh đồng thời chịu sự quản lý về tổ chức biên chế và chuyên môn nghiệp vụ của văn phòng UBND tỉnh và các cơ quan có thẩm quyền.
Trung tâm hành chính công cấp tỉnh sẽ đặt tại thành phố Thanh Hóa, có con dấu và tài khoản riêng để hoạt động. Trung tâm hành chính công tỉnh Thanh Hóa sẽ có 3 tổ chuyên môn nghiệp vụ gồm; tổ hành chính tổng hợp, tổ tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính, tổ kiểm tra giám sát.
Trong những năm qua, để khai thác có hiệu quả các tiềm năng, thế mạnh cho phát triển kinh tế - xã hội, tỉnh Thanh Hóa đã chỉ đạo thực hiện đồng bộ các giải pháp nhằm tạo môi trường tốt nhất để thu hút đầu tư. Riêng về việc giải quyết thủ tục hành chính đã được giám sát chặt chẽ, đảm bảo công khai, minh bạch. Giảm tối thiểu 30% thời gian giải quyết thủ tục hành chính so với quy định.
Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa cũng đã quy định lịch tiếp giải quyết khó khăn, vướng mắc, kiến nghị của doanh nghiệp, vào ngày 21 hàng tháng; đồng thời, chỉ đạo Chủ tịch UBND các huyện, thị xã, thành phố phải bố trí ít nhất 01 ngày trong tháng để tiếp và giải quyết khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp.
Tại Hội nghị xúc tiến đầu tư vào tỉnh Thanh Hóa năm 2017, ông Nguyễn Đình Xứng, chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa cam kết: Tỉnh Thanh Hóa phấn đấu đến năm 2020 sẽ đạt 3 “nhất”: Hạ tầng thiết yếu phục vụ doanh nghiệp đồng bộ nhất; Chi phí thuê đất và sử dụng lao động cạnh tranh nhất; Giải quyết các thủ tục hành chính, các khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp kịp thời nhất.