Về quy định sắp xếp nhà, đất, Dự thảo đề xuất một số sửa đổi, bổ sung để phù hợp với pháp luật có liên quan và tình hình thực tế. Theo đó, phương thức xử lý đối với trường hợp nhà, đất sử dụng không đúng quy định được nêu tại các điểm a, b, c khoản 1 Điều 7 dự thảo. Theo quy định hiện hành, trường hợp cho thuê, liên doanh, liên kết chưa đúng quy định thì sau 06 tháng kể từ ngày Quyết định 09/2007/QĐ-TTg có hiệu lực không chấm dứt Nhà nước sẽ thu hồi.
Thực tế, những cơ sở nhà, đất chỉ cho thuê, liên doanh, liên kết một phần mà không thể tách biệt việc thực hiện thu hồi khó khả thi. Vì vậy, tại dự thảo lần này Bộ Tài chính dự kiến quy định phương án xử lý trong 02 trường hợp: (i) Trường hợp sử dụng không đúng quy định toàn bộ hoặc một phần khuôn viên có thể tách thành cơ sở độc lập, Nhà nước sẽ thu hồi. (ii) Trường hợp sử dụng không đúng quy định một phần khuôn viên mà không thể tách thành cơ sở độc lập: Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Bộ Tài chính căn cứ hiện trạng sử dụng, phương án tổng thể để quyết định xử lý theo quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước, pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính và pháp luật có liên quan.
Liên quan tới phương thức xử lý nhà, đất đã bố trí làm nhà ở (điểm d, đ khoản 1 Điều 7 dự thảo), để thống nhất trong thực hiện các văn bản có liên quan, dự thảo đã quy định: Nhà, đất đã bố trí làm nhà ở đủ điều kiện thì chuyển giao địa phương để xử lý theo quy định của pháp luật về nhà ở và pháp luật về đất đai; Nhà, đất đã bố trí làm nhà ở không đủ các điều kiện để chuyển giao thì Thủ trưởng cơ quan, tổ chức, đơn vị phải thực hiện di dời các hộ gia đình, cá nhân ra khỏi khuôn viên cơ sở nhà, đất để sử dụng đúng mục đích.
Dự thảo cũng bổ sung phương thức và thẩm quyền xử lý nhà, đất do công ty cổ phần, Công ty TNHH hai thành viên do Nhà nước nắm giữ trên 50% vốn điều lệ được chuyển đổi từ DN nhà nước quản lý, sử dụng (Điều 9 dự thảo). Cụ thể, bổ sung trường hợp thu hồi đối với nhà, đất trước đây do doanh nghiệp nhà nước quản lý, khi chuyển đổi không xác định cả giá trị tài sản trên đất và giá trị quyền sử dụng đất là phần vốn nhà nước tại công ty, nhưng công ty cổ phần vẫn sử dụng mà không đủ điều kiện để xác định giá trị bổ sung.
Nhà, đất mà tài sản trên đất đã được xác định vào giá trị doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về cổ phần hóa doanh nghiệp, công ty thuê đất của Nhà nước thực hiện bán tài sản trên đất, người mua tài sản trên đất được kế thừa quyền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai. Nhà, đất mà tài sản trên đất và giá trị quyền sử dụng đất đã được xác định vào giá trị doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về cổ phần hóa doanh nghiệp thực hiện bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất.
Việc quản lý, sử dụng tiền thu được từ bán tài sản trên đất, chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực hiện theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp. Tiền thu được từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất không thuộc trường hợp nêu trên nộp ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về ngân sách.
Dự thảo cũng sửa đổi, bổ sung quy định về ban hành danh mục di dời (Điều 13 dự thảo), theo đó đề xuất quy định cụ thể hơn về thẩm quyền ban hành danh mục di dời và thời hạn thực hiện kế hoạch di dời (05 năm). Đồng thời, bổ sung trường hợp thuộc đối tượng phải di dời nhưng chưa thuộc danh mục đã được phê duyệt thì có văn bản gửi cấp có thẩm quyền để xem xét, quyết định từng trường hợp cụ thể để đẩy nhanh tiến độ thực hiện di dời.