Theo Nghị định, đối với những hành vi vi phạm quy định về giám sát bệnh truyền nhiễm sẽ bị phạt nặng với nhiều mức. Cụ thể, đối với hành vi không thực hiện xét nghiệm theo yêu cầu của cơ quan y tế có thẩm quyền trong quá trình thực hiện giám sát bệnh truyền nhiễm; không báo cáo hoặc báo cáo không đầy đủ về giám sát bệnh truyền nhiễm theo quy định của pháp luật; che giấu, không khai báo hoặc khai báo không kịp thời hiện trạng bệnh truyền nhiễm của bản thân sẽ bị phạt tiền từ 1 triệu đồng đến 3 triệu đồng.
Đáng chú ý, đối với hành vi che giấu, không khai báo hoặc khai báo không kịp thời hiện trạng bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A của bản thân hoặc của người khác mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A; cố ý khai báo, thông tin sai sự thật về bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A; cố ý làm lây lan tác nhân gây bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A sẽ bị phạt tiền từ 10 triệu đồng đến 20 triệu đồng.
Đối hành vi vi phạm quy định về phòng lây nhiễm bệnh truyền nhiễm tại cơ sở khám, chữa bệnh cũng được Nghị định quy định khá rõ. Theo đó, phạt tiền từ 1 triệu đến 3 triệu đồng đối với một trong các hành vi: Không khai báo hoặc khai báo không trung thực diễn biến bệnh truyền nhiễm của bản thân với thầy thuốc, nhân viên y tế; không đăng ký theo dõi sức khỏe với trạm y tế xã, phường, thị trấn, nơi cư trú của người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A sau khi ra viện hoặc kết thúc điều trị tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; không tư vấn về các biện pháp phòng, chống bệnh truyền nhiễm cho người bệnh và người nhà người bệnh đến cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
Phạt tiền từ 5 triệu đồng đến 7 triệu đồng đối với hành vi không thông báo cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền về y tế khi phát hiện môi trường có tác nhân gây bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, người bị nghi người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, người mang mầm bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A. Phạt tiền từ 7 triệu đồng đến 10 triệu đồng đối với hành vi không vệ sinh, khử trùng, tẩy uế và các biện pháp, phòng chống bệnh truyền nhiễm khác khi phát hiện môi trường có tác nhân gây bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, người bị nghi người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A.
Đối với những vi phạm quy định về cách ly y tế, cưỡng chế cách ly y tế cũng được Nghị định quy định nhiều mức xử phạt lên tới hàng chục triệu đồng. Cụ thể, đối với hành vi không tổ chức cách ly y tế với người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A; từ chối hoặc trốn tránh việc áp dụng các quyết định cách ly y tế của cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với người mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A đối tượng kiểm dịch y tế biên giới mắc bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A hoặc khi cơ quan nhà nước yêu cầu; cách ly y tế, cưỡng chế cách ly y tế tại địa điểm không đủ điều kiện sẽ bị xử phạt từ 15 triệu đồng đến 20 triệu đồng.
Phạt tiền từ 30 triệu đồng đến 40 triệu đồng đối với những hành vi không thực hiện yêu cầu kiểm tra và xử lý y tế đối với phương tiện vận tải trước khi đi ra khỏi vùng có tình trạng khẩn cấp về dịch; không thực hiện quyết định cấm tập trung đông người tại vùng đã được ban bố tình trạng khẩn cấp về dịch; đưa người, phương tiện không có nhiệm vụ vào ổ dịch tại vùng đã được ban bố tình trạng khẩn cấp về dịch; không thực hiện quyết định tiêu hủy động vật, thực phẩm và các vật khác có nguy cơ làm lây lan dịch bệnh sang người tại vùng đã được ban bố tình trạng khẩn cấp về dịch.
Đối với vi phạm quy định về kiểm dịch y tế biên giới, Nghị định quy định phạt tiền từ 3 triệu đồng đến 5 triệu đồng đối với hành vi: không báo cáo Bộ Y tế bằng văn bản khi mắc mới, mắc lại, thu hồi, hủy giá trị sử dụng, mất con dấu kiểm dịch y tế; không liên lạc ngay với tổ chức kiểm dịch y tế biên giới tại cửa khẩu trong trường hợp hành khách hoặc phi hành đoàn trên chuyến bay hoặc hành khách, thuyền viên trên tàu thuyền có triệu chứng hoặc có dấu hiệu mắc bệnh truyền nhiễm trước khi tàu bay cất, hạ cánh, tàu thuyền cập cảng;
Tự ý lên hoặc xuống tàu thuyền, tiến hành bốc dỡ hoặc tiếp nhận hàng hóa trong thời gian tàu thuyền chờ kiểm dịch y tế hoặc đang thực hiện kiểm dịch y tế, trừ trường hợp tàu thuyền đang gặp nạn. Phạt tiền từ 15 triệu đồng đến 20 triệu đồng đối với hành vi không chấp hành cách ly y tế, cưỡng chế cách ly y tế, xử lý y tế đối với phương tiện vận tải, hàng hóa và các đối tượng phải kiểm dịch khác mang tác nhân gây bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A.