Danh tính 3 bị cáo gồm: Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thuỵ và Lê Hữu Tuấn.
Theo hồ sơ điều tra, năm 2014, Phạm Chí Dũng và 40 người tuyên bố thành lập cái gọi là "Hội nhà báo độc lập Việt Nam". Các thành viên nhất trí bầu Dũng làm chủ tịch hội.
Phạm Chí Dũng đã chỉ đạo lập trang web "Việt Nam thời báo", đăng tải những bài viết có nội dung chống phá nhà nước CHXHCN Việt Nam, tuyên truyền về hoạt động của "Hội Nhà báo độc lập Việt Nam", lôi kéo, phát triển hội viên trong và ngoài nước, hoạt động chống phá nhà nước.
Phạm Chí Dũng đã sử dụng nhiều bút danh khác nhau, đăng tải 1.530 tin, bài viết xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân; bịa đặt, xâm phạm uy tín Đảng Cộng sản Việt Nam lên website trên.
Trong "Hội nhà báo độc lập Việt Nam", Nguyễn Tường Thuỵ giữ chức vụ phó chủ tịch phụ trách "Chi hội miền Bắc", Lê Hữu Minh Tuấn là thành viên hội. Hai bị cáo đăng tải nhiều bài viết có nội dung xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách; vi phạm pháp luật.
Ngày 18.11.2019, Cơ quan An ninh điều tra đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Phạm Chí Dũng vào ngày 21.11.2019; Ngày 23.5.2020, Nguyễn Tường Thụy bị bắt ; Lê Hữu Minh Tuấn bị bắt vào ngày 12.6.2020. Tất cả đều bị điều tra về tội "Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam"
Ngày 15.10.2020, Cơ quan An ninh điều tra đã có Kết luận điều tra và chuyển hồ sơ sang Viện Kiểm sát đề nghị truy tố đối với 3 bị can Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn, về tội "Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống phá Nhà nước CHXHCN Việt Nam", quy định tại Điều 117 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.
Theo cáo trạng của VKS, Phạm Chí Dũng, Nguyễn Tường Thuỵ và Lê Hữu Tuấn có quá trình hoạt động chống phá trong thời gian dài; thường xuyên đăng tải những bài viết xuyên tạc chủ trương, đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước. Đây là hành vi đặc biệt nguy hiểm; nếu không ngăn chặn kịp thời sẽ gây phương hại đến an ninh quốc gia. Các bị cáo đã tiếp tay những phần tử bất mãn, cơ hội chính trị; gây hoang mang trong dư luận quần chúng. Do đó, pháp luật cần xử lý nghiêm minh nhằm giáo dục, răn đe, phòng ngừa chung.