Về nguyên tắc áp dụng, điều chỉnh ưu đãi đầu tư (ƯĐĐT) đặc biệt, theo Quyết định sẽ thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 20 Nghị định số 31/2021/NĐ-CP và năm nguyên tắc sau: Thứ nhất, ƯĐĐT đặc biệt được áp dụng cho dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng. Thứ hai, ƯĐĐT đặc biệt được quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc thỏa thuận bằng văn bản với cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Thứ ba, trong thời gian hưởng ƯĐĐT đặc biệt, tổ chức kinh tế đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi thực tế ở mức nào thì hưởng ưu đãi ở mức đó cho thời gian ưu đãi còn lại. Thời gian áp dụng ưu đãi còn lại được xác định bằng thời gian ưu đãi theo điều kiện hưởng ưu đãi thực tế trừ đi tương ứng số năm miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, số năm áp dụng thuế suất ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, số năm miễn giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước đã được áp dụng trước đó.
Thứ tư, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này, tổ chức kinh tế không thực hiện đúng cam kết và điều kiện áp dụng ƯĐĐT đặc biệt thì giải quyết như sau: Trường hợp chưa được hưởng ƯĐĐT đặc biệt, tổ chức kinh tế không được hưởng ưu đãi theo quy định tại Quyết định này; Trường hợp đã kê khai hưởng ƯĐĐT đặc biệt nhưng thực tế không đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi thì không được hưởng ƯĐĐT đặc biệt, đồng thời tổ chức kinh tế phải kê khai, nộp số tiền đã hưởng ưu đãi của các năm không đáp ứng điều kiện ưu đãi (nếu có) và số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm pháp luật theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Thứ năm, thời điểm áp dụng thuế suất ưu đãi, thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp. Thời điểm áp dụng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước thực hiện theo quy định của pháp luật về đất đai.
Theo Quyết định, thuế suất ưu đãi 9% trong thời gian 30 năm áp dụng đối với thu nhập của tổ chức kinh tế từ thực hiện dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư có quy mô vốn đầu tư từ 30.000 tỷ đồng trở lên, thực hiện giải ngân tối thiểu 10.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư.
Thuế suất ưu đãi 7% trong thời gian 33 năm áp dụng đối với thu nhập từ dự án đầu tư thành lập mới (bao gồm cả việc mở rộng dự án thành lập mới đó) các trung tâm đổi mới sáng tạo, trung tâm nghiên cứu và phát triển có tổng vốn đầu tư từ 3.000 tỷ đồng trở lên, thực hiện giải ngân tối thiểu 1.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư.
Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đặc biệt ƯĐĐT có quy mô vốn đầu tư từ 30.000 tỷ đồng trở lên, thực hiện giải ngân tối thiểu 10.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư và đáp ứng một trong bốn tiêu chí sau: Là dự án công nghệ cao mức 1; Có doanh nghiệp Việt Nam tham gia chuỗi mức 1; Giá trị gia tăng chiếm từ trên 30% đến 40% trong giá thành toàn bộ của sản phẩm đầu ra cuối cùng do tổ chức kinh tế cung cấp; Đáp ứng tiêu chí chuyển giao công nghệ mức 1c cũng áo dụng thuế suất ưu đãi 7% trong thời gian 33 năm.
Thuế suất ưu đãi 5% trong thời gian 37 năm áp dụng đối với thu nhập từ các hoạt động của Trung tâm đổi mới sáng tạo quốc gia được thành lập theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Thuế suất ưu đãi 5% trong thời gian 37 năm còn áp dụng với dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đặc biệt ƯĐĐT có quy mô vốn đầu tư từ 30.000 tỷ đồng trở lên, thực hiện giải ngân tối thiểu 10.000 tỷ đồng trong thời hạn 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư và đáp ứng một trong bốn tiêu chí sau: Là dự án công nghệ cao mức 2; Có doanh nghiệp Việt Nam tham gia chuỗi mức 2; Giá trị gia tăng chiếm trên 40% trong giá thành toàn bộ của sản phẩm đầu ra cuối cùng mà tổ chức kinh tế cung cấp; Đáp ứng tiêu chí chuyển giao công nghệ mức 2.
Về thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp với các đối tượng: Miễn thuế 5 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 10 năm tiếp theo đối với thu nhập của tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư thuộc trường hợp áp dụng thuế suất ưu đãi 9% nêu trên.
Miễn thuế 6 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 12 năm tiếp theo đối với thu nhập của tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư thuộc trường hợp áp dụng thuế suất ưu đãi 7% nêu trên.
Miễn thuế 6 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 13 năm tiếp theo đối với thu nhập từ các hoạt động của đối tượng hoặc tổ chức kinh tế thực hiện dự án đầu tư thuộc trường hợp áp dụng thuế suất ưu đãi 5% nêu trên.
