Cụ thể, các trường hợp được tính vào thời gian để xét nâng bậc lương thường xuyên, bao gồm: Thời gian nghỉ làm việc được hưởng nguyên lương theo quy định của pháp luật về lao động; thời gian nghỉ hưởng chế độ thai sản theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; thời gian nghỉ ốm đau, tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp hưởng bảo hiểm xã hội cộng dồn từ 6 tháng trở xuống (trong thời gian giữ bậc) theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; thời gian được cấp có thẩm quyền quyết định cử đi làm chuyên gia, đi học, thực tập, công tác, khảo sát ở trong nước, ở nước ngoài (bao gồm cả thời gian đi theo chế độ phu nhân, phu quân theo quy định của Chính phủ) nhưng vẫn trong danh sách trả lương của cơ quan, đơn vị; thời gian cán bộ, công chức, viên chức và người lao động tham gia phục vụ tại ngũ theo Luật Nghĩa vụ quân sự.
Về thời gian không được tính để xét nâng bậc lương thường xuyên, Thông tư số 03 đã bổ sung thêm 4 trường hợp so với thông tư cũ. Chính vì thế, sẽ có 7 trường hợp không được tính để xét nâng bậc lương thường xuyên gồm: Thời gian nghỉ việc riêng không hưởng lương; thời gian đi làm chuyên gia, đi học, thực tập, công tác, khảo sát ở trong nước và ở nước ngoài vượt quá thời hạn do cơ quan có thẩm quyền quyết định; thời gian bị đình chỉ công tác, bị tạm giữ, tạm giam và các loại thời gian không làm việc khác ngoài quy định tại Thông tư; thời gian cán bộ, công chức, viên chức và người lao động đào ngũ trong quá trình thực hiện nghĩa vụ quân sự tại ngũ; thời gian thử thách đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động bị phạt tù nhưng cho hưởng án treo; trường hợp thời gian thử thách ít hơn thời gian bị kéo dài nâng bậc lương thường xuyên tính theo thời gian bị kéo dài nâng bậc lương thường xuyên; thời gian nghỉ công tác chờ đủ tuổi nghỉ hưu theo quy định hiện hành của pháp luật.
Về thời gian bị kéo dài xét nâng bậc lương thường xuyên, Thông tư 03 cũng sửa đổi khác nhiều so với thông tư cũ. Cụ thể, tại khoản 5 Điều 1 Thông tư 03 quy định, trong thời gian giữ bậc lương hiện hưởng, nếu cán bộ, công chức, viên chức và người lao động đã có thông báo hoặc quyết định bằng văn bản của cấp có thẩm quyền là không hoàn thành nhiệm vụ được giao hằng năm hoặc bị kỷ luật một trong các hình thức khiển trách, cảnh cáo, giáng chức, cách chức thì bị kéo dài thời gian tính nâng bậc lương thường xuyên so với thời gian quy định tại điểm a khoản 1 Thông tư này như sau: Kéo dài 12 tháng đối với các trường hợp: Cán bộ bị kỷ luật cách chức; công chức bị kỷ luật giáng chức hoặc cách chức; viên chức và người lao động bị kỷ luật cách chức.
Kéo dài 6 tháng đối với các trường hợp: Cán bộ, công chức và người lao động bị kỷ luật khiển trách hoặc cảnh cáo; viên chức bị kỷ luật cảnh cáo; cán bộ, công chức, viên chức và người lao động được cấp có thẩm quyền đánh giá và xếp loại chất lượng ở mức không hoàn thành nhiệm vụ được giao hằng năm; trường hợp trong thời gian giữ bậc có 02 năm không liên tiếp không hoàn thành nhiệm vụ được giao thì mỗi năm không hoàn thành nhiệm vụ được giao bị kéo dài 06 tháng. Kéo dài 03 tháng đối với viên chức bị kỷ luật khiển trách.
Trường hợp vừa bị đánh giá và xếp loại chất lượng ở mức không hoàn thành nhiệm vụ được giao vừa bị kỷ luật thì thời gian kéo dài nâng bậc lương thường xuyên là tổng các thời gian bị kéo dài quy định tại các điểm a, b và c khoản này. Trường hợp bị đánh giá và xếp loại chất lượng ở mức không hoàn thành nhiệm vụ do bị kỷ luật (cùng một hành vi vi phạm) thì thời gian kéo dài nâng bậc lương thường xuyên tính theo hình thức kỷ luật tương ứng quy định tại điểm a, b, c khoản này. Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức và người lao động là đảng viên bị kỷ luật Đảng: Nếu đã có quyết định kỷ luật về hành chính thì thực hiện kéo dài thời gian nâng bậc lương thường xuyên theo hình thức xử lý kỷ luật hành chính; nếu không có quyết định kỷ luật về hành chính thì thực hiện kéo dài thời gian nâng bậc lương thường xuyên theo hình thức xử lý kỷ luật Đảng tương ứng với các hình thức xử lý kỷ luật hành chính quy định tại khoản này.
