Tại Hội đàm, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nhiệt liệt chào mừng Ngài Thủ tướng Abe, lãnh đạo cấp cao nước ngoài đầu tiên thăm Việt Nam trong năm 2017; khẳng định lại chính sách nhất quán coi Nhật Bản là đối tác quan trọng hàng đầu và lâu dài của Việt Nam.
Thủ tướng Shinzo Abe tỏ xúc động khi thăm lại Việt Nam sau 4 năm; cảm ơn sự đón tiếp trọng thị của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc, Chính phủ và nhân dân Việt Nam dành cho đoàn Nhật Bản; khẳng định Nhật Bản ủng hộ sự phát triển vững mạnh của đất nước Việt Nam, coi trọng và mong muốn tăng cường quan hệ với Việt Nam.
Hai Thủ tướng nhất trí tiếp tục tăng cường sự tin cậy về chính trị thông qua việc duy trì các chuyến thăm và tiếp xúc cấp cao, tăng cường hiệu quả các cơ chế đối thoại; khẳng định sẽ phối hợp chặt chẽ để chuyến thăm Việt Nam của Nhà Vua và Hoàng hậu Nhật Bản vào mùa xuân năm 2017 thành công tốt đẹp.
Thủ tướng Abe tỏ mong muốn sớm được đón Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc thăm chính thức Nhật Bản vào mùa hè năm 2017 và sẽ tham dự Hội nghị Cấp cao APEC tại Đà Nẵng vào cuối năm 2017. Hai Thủ tướng cũng nhất trí tăng cường hợp tác thực chất về an ninh - quốc phòng, trong đó có lĩnh vực rà phá bom mìn và nâng cao năng lực thực thi pháp luật trên biển.
Về hợp tác kinh tế, hai bên đạt nhận thức chung về việc thúc đẩy triển khai kết nối hai nền kinh tế thông qua thúc đẩy đầu tư, thương mại, ODA và hợp tác trong các lĩnh vực có thể bổ trợ cho nhau như hợp tác địa phương, nông nghiệp, lao động. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cảm ơn Chính phủ và nhân dân Nhật Bản đã hỗ trợ Việt Nam phát triển kinh tế - xã hội thông qua cung cấp nguồn vốn ODA và đề nghị Nhật Bản tiếp tục cung cấp ODA cho Việt Nam trong thời gian tới, tập trung vào các dự án xây dựng cơ sở hạ tầng quy mô lớn trọng điểm quốc gia, đào tạo nguồn nhân lực và ứng phó với biến đổi khí hậu…
Thủ tướng Abe khẳng định sẽ tiếp tục hỗ trợ Việt Nam phát triển kinh tế - xã hội thông qua nguồn vốn ODA cũng như thúc đẩy hợp tác các dự án cơ sở hạ tầng chất lượng cao, cam kết cung cấp thêm khoản ODA vốn vay trong năm tài khóa 2016 cho Việt Nam trị giá khoảng 123 tỷ yên (tương đương 1,05 tỷ USD) trong các lĩnh vực an ninh hàng hải, ứng phó với biến đổi khí hậu, thoát nước và xử lý nước thải; Nhật Bản sẵn sàng thúc đẩy các hoạt động ứng dụng công nghệ cao, đầu tư trong các hình thức huy động vốn của các doanh nghiệp nhà nước, đào tạo cán bộ, tạo điều kiện để người Việt Nam du lịch Nhật Bản, thúc đẩy giao lưu văn hóa.
Hai bên nhất trí triển khai Chiến lược Công nghiệp hóa của Việt Nam trong khuôn khổ hợp tác Việt - Nhật đến năm 2020 tầm nhìn 2030 cũng như sáng kiến chung Nhật – Việt giai đoạn 6 nhằm cải thiện môi trường đầu tư tại Việt Nam; tiếp tục triển khai các dự án lớn về cơ sở hạ tầng hai nước như đường bộ cao tốc Bắc - Nam. Hai Thủ tướng hoan nghênh việc có nhiều đoàn doanh nghiệp Nhật Bản tháp tùng Thủ tướng Abe thăm Việt Nam cũng như việc hai nước lần đầu tiên tổ chức Tọa đàm giữa lãnh đạo địa phương Việt Nam và lãnh đạo doanh nghiệp Nhật Bản và tin rằng đây sẽ là cơ hội để thúc đẩy hơn nữa quan hệ đầu tư giữa hai nước trong thời gian tới.
Hai Thủ tướng cũng nhất trí thúc đẩy hợp tác Việt – Nhật trong các lĩnh vực nông nghiệp công nghệ cao, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, hợp tác địa phương và tăng số lượng và lĩnh vực tiếp nhận thực tập sinh Việt Nam sang Nhật Bản. Thủ tướng Abe đã tuyên bố Nhật Bản cấp phép nhập khẩu thanh long ruột đỏ của Việt Nam và Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cũng thông báo Việt Nam cấp phép nhập khẩu quả lê của Nhật Bản.
Hai Thủ tướng cũng đã trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm và khẳng định phối hợp chặt chẽ trên các diễn đàn quốc tế và khu vực như ASEAN, APEC, ASEM, Liên Hợp quốc (LHQ). Thủ tướng Abe khẳng định sẽ tích cực hỗ trợ Việt Nam tổ chức thành công Năm APEC 2017.
Hai bên nhất trí về tầm quan trọng của bảo đảm hòa bình, an ninh, an toàn và tự do hàng hải và hàng không, các bên liên quan không có những hành động gây căng thẳng và quân sự hóa dẫn đến thay đổi nguyên trạng tại Biển Đông, thúc đẩy giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình, tôn trọng đầy đủ các tiến trình ngoại giao và pháp lý, không sử dụng vũ lực hoặc đe dọa sử dụng vũ lực, nghiêm túc tuân thủ luật pháp quốc tế, nhất là Công ước của LHQ về Luật Biển 1982 cũng như Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC), sớm xây dựng Bộ quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC).
Sau hội đàm, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Shinzo Abe đã chứng kiến lễ trao đổi văn kiện ký kết giữa các bộ, ngành và doanh nghiệp hai nước gồm: Công hàm trao đổi ODA vốn vay cho Chương trình hỗ trợ ứng phó với biến đổi khí hậu chu kỳ 7 (trị giá 10 tỷ yên); Công hàm trao đổi cho Dự án viện trợ không hoàn lại cho Chương trình phát triển kinh tế - xã hội cung cấp trang thiết bị tăng cường năng lực bảo đảm an ninh đường thủy (trị giá 300 triệu yên);
Hiệp định vay ODA cho Dự án Quản lý kinh tế và nâng cao năng lực cạnh tranh (trị giá 11 tỷ yên); Hiệp định vay ODA cho Dự án Chương trình hỗ trợ ứng phó với biến đổi khí hậu chu kỳ 7 (trị giá 10 tỷ yên); Thỏa thuận đối tác chiến lược giữa Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex) và Công ty Dệt may Itochu, thuộc tập đoàn Itochu Nhật Bản; Thỏa thuận đầu tư dự án nhiệt điện Vũng Áng 2.
