Theo đó, có 3 khu vực của TP Nha Trang được điều chỉnh cục bộ, gồm: cảng Nha Trang và vùng phụ cận (2 phường Vĩnh Nguyên và Vĩnh Trường); đảo Hòn Tre - Hòn Một (phường Vĩnh Nguyên); khu vực Hòn Thị (xã Phước Đồng).
Tổng điều chỉnh quy hoạch cục bộ khoảng 1.276,56ha, chiếm 4,5% diện tích tự nhiên theo quy hoạch chung TP Nha Trang đến năm 2025 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt năm 2012. Trong đó, chuyển đổi chức năng sử dụng đất từ đồi núi (1.162ha), đất chưa sử dụng (14,75ha), đất mặt nước (24,9ha), đất du lịch dịch vụ (64,3ha), đất giao thông và công trình đầu mối (10,25ha) thành đất trung tâm đô thị du lịch.
Tại khu vực cảng Nha Trang và vùng phụ cận, quyết định của Chính phủ bổ sung thêm 44,4ha đất trung tâm đô thị dịch vụ. Diện tích này được chuyển đổi từ 19,4ha đất mặt nước, 14,75ha đất chưa sử dụng và 10,25ha đất đã được xác định là đất giao thông và công trình đầu mối trong quy hoạch phê duyệt năm 2012.
Đặc biệt, tại khu vực này, Thủ tướng đã đồng ý cho xây dựng mới cầu Hòn Rớ, chạy qua cửa sông Quán Trường. Cây cầu này sẽ nối từ đường Trần Phú với đại lộ Nguyễn Tất Thành, tạo thành con đường ven biển liên tục chạy từ Sân bay quốc tế Cam Ranh về TP Nha Trang. Các chỉ tiêu về mật độ xây dựng tại đây vẫn giữ nguyên là tối đa 40% và 40 tầng.
Khu vực đảo Hòn Tre sẽ được bổ sung 1.165ha đất trung tâm đô thị du lịch. Diện tích này được chuyển đổi từ 5,5ha đất mặt nước, 1.123ha đất đồi núi chưa sử dụng và khoảng 46ha đất được xác định là đất dịch vụ du lịch trong quy hoạch được phê duyệt năm 2012.
Khu vực đảo Hòn Một sẽ bổ sung 37,24ha đất trung tâm đô thị du lịch được chuyển đổi từ đất đồi núi chưa sử dụng và đất đã được xác định là đất dịch vụ du lịch tại quy hoạch được phê duyệt năm 2012. Chiều cao trung bình công trình trên đảo Hòn Tre là 5 tầng, trên đảo Hòn Một là 3 tầng. Riêng tại 8 cụm trung tâm du lịch đảo Hòn Tre, tầng cao tối đa là 20 tầng. Tại đảo Hòn Một, một số công trình khách sạn chính sẽ áp dụng chiều cao tối đa là 5 tầng.
Khu vực điều chỉnh cục bộ ở Hòn Thị có quy mô gần 30ha, được chuyển đổi từ đất đồi núi được xác định trong quy hoạch được phê duyệt năm 2012. Chỉ tiêu quy hoạch sử dụng đất tại khu vực này sẽ có 9ha đất đơn vị ở, 3ha đất dịch vụ công cộng, 6ha đất giao thông và công trình đầu mối, 11ha đất cây xanh và các loại đất khác. Quy mô dân số dự báo khoảng 2.000 người, mật độ xây dựng khoảng 35%, chiều cao tối đa 15 tầng.