Có nhiều nguyên nhân khiến chi phí khám chữa bệnh tăng như: tăng do điều chỉnh giá dịch vụ y tế (3.173 tỷ đồng, tương ứng 14,7%); tăng do thực hiện quy định khám chữa bệnh thông tuyến tại các bệnh viện huyện trên cả nước dẫn đến số lượt khám chữa bệnh đúng tuyến tại tuyến tỉnh, huyện tăng, đặc biệt số lượt khám chữa bệnh đúng tuyến nội trú tuyến huyện, tỉnh tăng khá cao (1.399 tỷ đồng, tương ứng 6,5%); tăng do đối tượng tham gia (nếu so với đối tượng của cả năm 2015 thì số tiền tăng thêm là 2.941 tỷ đồng), tương ứng 13,7%; tăng do các nguyên nhân khác như áp dụng kỹ thuật mới, chỉ định dịch vụ kỹ thuật quá mức cần thiết, sử dụng các loại thuốc có hàm lượng ít cạnh tranh với giá thành cao (1.032 tỷ đồng tương ứng 4,9%).
Cũng theo thống kê của Bảo hiểm xã hội Việt Nam, trong 6 tháng đầu năm đã có 37 tỉnh có số chi vượt quỹ khám chữa bệnh được giao, với tổng số tiền vượt quỹ gần 3.404 tỷ đồng, tăng 22 tỉnh so với cùng kỳ năm 2015 với số tiền bội chi tăng thêm 2.897 tỷ đồng và tăng thêm 12 tỉnh so với cả năm 2015.
Điều đáng nói là 25 tỉnh đã vượt quỹ trong năm 2015 thì tiếp tục vượt quỹ 6 tháng đầu năm. Nhiều tỉnh có số vượt quỹ 6 tháng đầu năm rất lớn (trên 100 tỷ đồng) gồm: Thanh Hóa 370 tỷ, Nghệ An 351 tỷ, Quảng Nam 238 tỷ, Cà Mau 221 tỷ, Thái Bình 213 tỷ, Đà Nẵng 167 tỷ, Bắc Giang 142 tỷ, Phú Thọ 125 tỷ, An Giang 116 tỷ, Hải Dương 115 tỷ, Bình Định 109 tỷ, Quảng Ninh 102 tỷ.
Về nguyên nhân các tỉnh vượt quỹ tăng cao theo Bảo hiểm xã hội Việt Nam, một phần do tác động tăng giá dịch vụ y tế và thông tuyến khám chữa bệnh. Do đó, một số tỉnh chưa bao giờ trong tình trạng bội chi nay đã trở thành đơn vị bội chi như Bắc Kạn, Lào Cai, Quảng Trị, Tuyên Quang. Điều đáng chú ý là 3 trong số 4 địa phương nêu trên thuộc các tỉnh miền núi phía Bắc, nơi mà việc tiếp cận dịch vụ y tế còn nhiều hạn chế.
Một số tỉnh có số bệnh nhân tỉnh khác đến khám, chữa bệnh gia tăng trên 50% so với cùng kỳ năm trước, chiếm hơn 50% dự toán đa tuyến đến giao như Phú Thọ, Nghệ An, Cà Mau, Bắc Giang, Bắc Ninh. Điển hình là Cà Mau, Nghệ An chi đa tuyến đến ngoại tỉnh tăng trên 100% so với cùng kỳ năm trước.
Theo dự toán của Bảo hiểm xã hội Việt Nam, năm 2016 mức độ gia tăng chi phí khám chữa bệnh (nếu chưa tính đến tác động của giá dịch vụ y tế mới) sẽ vào khoảng 15% so với năm 2015, tuy nhiên đến hết tháng 6 đầu năm 2016, tốc độ gia tăng chi phí khám chữa bệnh BHYT bình quân cả nước đang là 40% (nếu tính toàn bộ chi phí), 25% (nếu tính chi phí theo giá cũ, chưa tính tác động của giá dịch vụ y tế mới), cao hơn 10% so với dự báo.
