Có thể nói, đây là văn bản pháp lý quan trọng, quy định cụ thể đối tượng áp dụng, hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả, mức phạt tiền, thẩm quyền xử phạt... trong lĩnh vực an toàn thực phẩm. Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thực hiện trên thực tế đã phát sinh một số bất cập, vướng mắc rất cần được hướng dẫn, quy định cụ thể.
Thứ nhất: Việc áp dụng, vận dụng thuật ngữ chuyên ngành sử dụng trong Nghị định. Theo quy định tại khoản 6 Điều 6, Nghị định số 178/2013/NĐ-CP quy định về vi phạm quy định về sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm trong sản xuất, chế biến thực phẩm có nêu: "6. Phạt tiền từ 70.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm có chứa chất độc hại".
Hiện nay, chưa có một văn bản hay quy định nào hướng dẫn cụ thể như thế nào là "Chất hỗ trợ chế biến thực phẩm có chứa chất độc hại" hay "Chất độc hại". Trên thực tế, có nhiều cách hiểu và cách "suy luận" khác nhau, có thể nói là phụ thuộc nhiều vào ý chí của người có thẩm quyền trong quá trình áp dụng, xử lý các vi phạm hành chính liên quan đến vấn đề này.
Cũng có nhiều ý kiến cho rằng, chất độc hại là những chất gây nguy hiểm cho sức khỏe cá nhân và cộng đồng, là các loại hóa chất có chất độc hại ảnh hưởng cho cơ thể con người, ảnh hưởng đến môi trường... Tuy nhiên, đây chỉ là cách hiểu chung chung, rất khó có thể áp dụng cụ thể đối với từng vụ việc, hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực an toàn thực phẩm.
Trong khi đó, mức tiền phạt đối với hành vi này là rất lớn, không thể áp dụng một cách cảm tính và vận dụng chung chung được. Cùng với đó, nguyên tắc chung trong xử phạt vi phạm hành chính là "người có thẩm quyền xử phạt có trách nhiệm chứng minh vi phạm hành chính". Đây là vấn đề rất khó khăn cho người có thẩm quyền trong quá trình thực thi công vụ.
Thứ hai: Có một số quy định là hành vi vi phạm hành chính nhưng chưa hướng dẫn cụ thể "định lượng", nội dung hành vi như thế nào là vi phạm. Theo quy định tại khoản 1 Điều 11 Nghị định 178/2013/NĐ-CP quy định "xử phạt đối với hành vi không thực hiện cập nhật kiến thức an toàn thực phẩm theo quy định cho đối tượng thuộc diện phải cập nhật kiến thức”. Đến nay, chưa có một cơ quan có thẩm quyền nào ban hành văn bản để hướng dẫn cụ thể về nội dung này.
Trên thực tế thì cá nhân, tổ chức được cho là có hành vi vi phạm hành chính và người có thẩm quyền trong quá trình xử phạt vi phạm hành chính cũng chưa nắm được hình thức cập nhật kiến thức an toàn thực phẩm là như thế nào? Ai, cơ quan nào có thẩm quyền tổ chức cập nhật kiến thức an toàn thực phẩm? Và thời gian cập nhật kiến thức an toàn thực phẩm là trong bao lâu? Rồi nội dung cập nhật kiến thức an toàn thực phẩm bao gồm những nội dung gì...
Như vậy, vấn đề đặt ra là cơ sở, căn cứ nào để người có thẩm quyền trong quá trình thi hành công vụ có thể xem xét đối với những hành vi có thể được xem là vi phạm hành chính. Tương tự như vậy là quy định tại điểm a khoản 3 Điều 13 Nghị định số 178/2013/NĐ-CP quy định phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng về hành vi “sử dụng nước không đạt quy chuẩn kỹ thuật để sản xuất, kinh doanh thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm”.
Câu hỏi đặt ra nước không đạt quy chuẩn kỹ thuật là nước như thế nào? Chưa có một văn bản hướng dẫn cụ thể, rõ ràng từ các cơ quan chức năng có thẩm quyền về quy định này. Một khi các điều khoản, quy định của Nghị định xử phạt chưa quy định rõ ràng, cụ thể thì rất khó khăn cho người có thẩm quyền trong quá trình áp dụng trên thực tế, mặt khác, có thể ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp của cá nhân, tổ chức trong quá trình sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm.
Thiết nghĩ, cơ quan chức năng cần sớm xem xét, quy định, hướng dẫn thật cụ thể, rõ ràng về những nội dung, thuật ngữ chuyên ngành đã được nêu trong Nghị định số 178/2013/NĐ-CP, có thể là bằng hình thức thông tư để quy định hoặc củng có thể tham mưu ban hành Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều Nghị định số 178/2013/NĐ-CP. Có như vậy thì mới phù hợp với tình hình thực tiễn, cũng như tạo điều kiện thuận lợi cho người có thẩm quyền trong quá trình thi hành công vụ và hạn chế những thiệt hại có thể xảy ra trên thực tế đối với cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp có liên quan.