Theo Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự (TCCQĐTHS), Cơ quan Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao thuộc Công an nhân dân, cơ quan Kiểm ngư là cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.
Luật cũng mở rộng phạm vi điều tra một số tội danh cho Bộ đội biên phòng ở vùng sâu, vùng xa, đáp ứng yêu cầu thực tiễn công tác đấu tranh phòng, chống tội phạm, vi phạm pháp luật ở khu vực biên giới.
Như vậy, theo Luật TCCQĐTHS vừa được thông qua, hệ thống Cơ quan điều tra bao gồm Cơ quan điều tra của Công an nhân dân, Cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân, Cơ quan điều tra của Viện kiểm sát nhân dân tối cao.
Ngoài hệ thống cơ quan điều tra chuyên ngành, một số cơ quan cũng được thực hiện một số công tác điều tra:
Các cơ quan của Bộ đội biên phòng được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Cục trinh sát biên phòng; Cục phòng, chống ma túy và tội phạm; Đoàn đặc nhiệm phòng, chống ma túy và tội phạm; Bộ chỉ huy Bộ đội biên phòng cấp tỉnh; Ban chỉ huy Biên phòng Cửa khẩu cảng; Đồn biên phòng.
Các cơ quan của Hải quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Cục Điều tra chống buôn lậu; Cục Kiểm tra sau thông quan; Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Chi cục Hải quan cửa khẩu.
Các cơ quan của Kiểm lâm được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Cục Kiểm lâm; Chi cục Kiểm lâm vùng; Chi cục Kiểm lâm cấp tỉnh; Hạt Kiểm lâm.
Các cơ quan của lực lượng Cảnh sát biển được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển; Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển; Cục Nghiệp vụ và Pháp luật; Đoàn đặc nhiệm phòng, chống tội phạm ma túy; Hải đoàn; Hải đội; Đội nghiệp vụ.
Các cơ quan của Kiểm ngư được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Cục Kiểm ngư, Chi cục Kiểm ngư Vùng.
Các cơ quan của Công an nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Cục Quản lý xuất nhập cảnh; các cục nghiệp vụ an ninh ở Bộ Công an; Phòng Quản lý xuất nhập cảnh; các phòng nghiệp vụ an ninh thuộc Công an tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là Công an cấp tỉnh) và Đội An ninh ở Công an huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là Công an cấp huyện); Cục Cảnh sát giao thông; Cục Cảnh sát phòng cháy, chữa cháy và cứu nạn, cứu hộ; Cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm về môi trường; Cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao; Phòng Cảnh sát giao thông; Phòng Cảnh sát phòng cháy, chữa cháy và cứu nạn, cứu hộ; Phòng Cảnh sát phòng, chống tội phạm về môi trường; Phòng Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao; Cảnh sát phòng cháy và chữa cháy tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Trại giam....
Các cơ quan khác trong Quân đội nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra gồm có Trại giam; đơn vị độc lập cấp trung đoàn và tương đương.
Nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan điều tra là tiếp nhận, giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố; Tiếp nhận hồ sơ vụ án do cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra chuyển giao; Tiến hành điều tra các tội phạm, áp dụng mọi biện pháp do luật định để phát hiện, xác định tội phạm và người thực hiện hành vi phạm tội; lập hồ sơ, đề nghị truy tố; Tìm ra nguyên nhân, điều kiện phạm tội và yêu cầu các cơ quan, tổ chức hữu quan áp dụng các biện pháp khắc phục và ngăn ngừa.
Luật cũng quy định rõ Nhiệm vụ, quyền hạn điều tra của Bộ đội biên phòng, Hải quan, Kiểm lâm, lực lượng Cảnh sát biển, Kiểm ngư và của các cơ quan thuộc lực lượng An ninh trong Công an nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.