Vụ án đầu tiên trong ba vụ án liên quan đến ông Nguyễn Đức Chung là vụ “Buôn lậu”, “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Rửa tiền”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiệm trọng” xảy ra tại Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại và Dịch vụ Kỹ thuật Nhật Cường (Cty Nhật Cường), Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội và một số đơn vị liên quan.
Thứ hai là vụ án “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại thành phố Hà Nội. Thứ ba là vụ án “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” mà Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã khởi tố vụ án.
Trước đó, ngày 14/5/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an đã khởi tố vụ án số 27/C03-P14 về tội “Buôn lậu” và “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Cty Nhật Cường, đồng thời khởi tố bị can đối với Bùi Quang Huy (SN 1974), Tổng Giám đốc Cty Nhật Cường và đồng phạm để điều tra về hai tội danh nêu trên. Đến ngày 18/5/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an ra quyết định truy nã toàn quốc và quốc tế Bùi Quang Huy.
Quá trình mở rộng điều tra vụ án, từ tháng 7 đến tháng 11/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an đã lần lượt ra quyết định bổ sung quyết định khởi tố vụ án hình sự và khởi tố bổ sung tội danh “Rửa tiền”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” đối với bị can Bùi Quang Huy, Tổng Giám đốc Cty Nhật Cường.
Ngày 18/11/2019, Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng đã thảo luận và quyết định đưa vụ án Nhật Cường vào diện theo dõi, chỉ đạo. Một tháng sau đó, C03 khởi tố hàng loạt bị can là và nguyên lãnh đạo Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội hành vi “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” do liên quan đến các gói thầu thực hiện với Nhật Cường Software.
Trong số các bị can có Nguyễn Văn Tứ - Chánh Văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Nguyễn Tiến Học - nguyên Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Phạm Thị Kim Tuyến – nguyên Trưởng phòng Đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Phạm Thị Thu Hường - nguyên Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội.
Nhóm bị can này được xác định có liên quan đến việc phê duyệt, thực hiện gói thầu “Số hóa tài liệu hồ sơ đăng ký doanh nghiệp trên địa bàn thành phố Hà Nội năm 2016”. Gói thầu trên được ký ngày 26/12/2016 giữa 3 bên là Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội; Công ty TNHH và dịch vụ kỹ thuật Nhật Cường và Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Đông Kinh. Giá trị hợp đồng là gần 43 tỷ đồng bao gồm toàn bộ chi phí vận hành, vận chuyển, hỗ trợ, chuyển giao các loại thuế, phí, lệ phí theo quy định của Nhà nước…
Trong khi đại án Nhật Cường đang gấp rút điều tra thì ngày 13/7/2020, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an phát hiện một số cán bộ dưới quyền ông Nguyễn Đức Chung đã câu kết với cán bộ thuộc C03 chiếm đoạt tài liệu mật liên quan đến đại án.
Đó là Nguyễn Anh Ngọc (46 tuổi, trú tại phường Bồ Đề, quận Long Biên, công tác tại Phòng Thư ký biên tập, Tổ giúp việc UBND thành phố Hà Nội), Nguyễn Hoàng Trung (37 tuổi, trú tại phường Bạch Đằng, quận Hai Bà Trưng, lái xe của ông Nguyễn Đức Chung, đồng thời là chuyên viên Phòng Thư ký biên tập, Văn phòng UBND thành phố Hà Nội), Phạm Quang Dũng (37 tuổi, trú tại xã Tân Triều, huyện Thanh Trì, cán bộ công an thuộc C03, Bộ Công an).
Ngày 22/7, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với cả 3 người nêu trên để phục vụ điều tra.
Theo điều tra ban đầu, Phạm Quang Dũng đã có hành vi lấy cắp các thông tin điều tra vụ án từ C03 để chuyển cho Nguyễn Anh Ngọc và Nguyễn Hoàng Trung. Hiện cơ quan điều tra đang làm rõ lý do các bị can lấy tài liệu để tiêu hủy, tẩu tán hay vì mục đích nào khác…
