Theo Dự thảo, trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp với cơ quan ban hành kết luận Thanh tra (KLTT) thì Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ tịch UBND tỉnh chịu trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo việc thực hiện KLTT của Tổng Thanh tra Chính phủ, Thanh tra bộ, Thanh tra tỉnh. Tổng cục trưởng, Cục trưởng, Giám đốc sở chịu trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo việc thực hiện KLTT chuyên ngành của Thanh tra Tổng cục, Cục, Thanh tra sở.
Trong thời hạn 15 ngày, kể từ nhận được KLTT, Thủ trưởng cơ quan nhà nước được quy định phải ra văn bản chỉ đạo việc thực hiện KLTT: Xử lý, yêu cầu hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý sai phạm về kinh tế; Xử lý, yêu cầu hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý cán bộ, công chức, viên chức có hành vi vi phạm pháp luật; Áp dụng, yêu cầu hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền áp dụng biện pháp khắc phục, hoàn thiện cơ chế, chính sách, pháp luật.
Khi chỉ đạo việc thực hiện KLTT, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ tịch UBND tỉnh có quyền yêu cầu đối tượng thanh tra trình phương án khắc phục sai phạm về kinh tế, giao người ký KLTT và Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị có liên quan xem xét, trình để phê duyệt phương án khắc phục bảo đảm thu hồi triệt để tiền và tài sản nhà nước, tạo điều kiện cho đối tượng thanh tra tiếp tục duy trì, phát triển sản xuất, kinh doanh.
Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ tịch UBND tỉnh giao Bộ Nội vụ, Vụ Tổ chức cán bộ, Sở Nội vụ chủ trì, phối hợp với cơ quan có thẩm quyền quản lý cán bộ, công chức, viên chức tiến hành xử lý cán bộ, công chức, viên chức có hành vi vi phạm pháp luật được nêu trong KLTT; giao Thanh tra Chính phủ, Thanh tra bộ, Thanh tra tỉnh theo dõi, đôn đốc việc thực hiện.
Trường hợp Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền quản lý cán bộ, công chức, viên chức không thực hiện việc xử lý cán bộ, công chức, viên chức có hành vi vi phạm pháp luật hoặc xử lý nhẹ, không phù hợp với tính chất, mức độ hành vi vi phạm thì Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Chủ tịch UBND tỉnh xem xét, xử lý trách nhiệm đối với Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền quản lý cán bộ, công chức, viên chức.
Đối với những nội dung trong KLTT mà chưa thực hiện được ngay, trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày công khai KLTT, đối tượng thanh tra phải xây dựng phương án thực hiện KLTT trình người có thẩm quyền, trong đó, nêu rõ tiến độ và giải thích lý do.
Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày công khai KLTT, căn cứ nội dung KLTT, văn bản chỉ đạo, yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, người đứng đầu cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp đối tượng thanh tra có trách nhiệm: Thực hiện đầy đủ, kịp thời, đúng thời hạn yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra thuộc phạm vi trách nhiệm của mình; Kịp thời chỉ đạo đối tượng thanh tra tổ chức thực hiện KLTT, văn bản chỉ đạo, yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra; Áp dụng biện pháp theo thẩm quyền giải quyết khó khăn, vướng mắc của đối tượng thanh tra trong quá trình thực hiện KLTT, văn bản chỉ đạo, yêu cầu, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra; Kiểm tra việc thực hiện KLTT của đối tượng thanh tra.
Về xử lý vi phạm trong thực hiện KLTT, người có trách nhiệm theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện KLTT mà không tổ chức thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ thì bị xem xét xử lý trách nhiệm theo quy định của pháp luật. Đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan có trách nhiệm thi hành KLTT, quyết định xử lý về thanh tra mà không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ, không kịp thời thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm mà bị xử phạt vi phạm hành chính, xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
